Из Википедии, свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Не путать с номером Европейского сообщества .

Номер комиссии по ферментам ( номер ЕС ) представляет собой схему числовой классификации ферментов , основанную на химических реакциях, которые они катализируют . [1] В системе номенклатуры ферментов каждый номер EC связан с рекомендуемым названием для соответствующего фермента.

Строго говоря, числа ЕС указывают не на ферменты, а на реакции, катализируемые ферментами. Если разные ферменты (например, из разных организмов) катализируют одну и ту же реакцию, то они получают одинаковый номер ЕС. [2] Более того, в результате конвергентной эволюции совершенно разные белковые складки могут катализировать идентичную реакцию и, следовательно, им будет присвоен идентичный номер EC (они называются негомологичными изофункциональными ферментами или NISE). [3] Напротив, идентификаторы UniProt однозначно определяют белок по его аминокислотной последовательности. [4]

Формат числа [ править ]

Код каждого фермента состоит из букв «ЕС», за которыми следуют четыре числа, разделенных точками. Эти числа представляют собой более точную классификацию фермента. Существуют предварительные номера EC, и в четвертой (порядковой) цифре присутствует буква «n» (например, EC 3.5.1.n3). [2]

Например, трипептидные аминопептидазы имеют код «EC 3.4.11.4», компоненты которого указывают на следующие группы ферментов:

Коды верхнего уровня [ править ]

Номера EC высшего уровня [5]
КлассКатализированная реакцияТипичная реакцияПример (ы) фермента с тривиальным названием
EC 1
Оксидоредуктазы		Катализировать реакции окисления / восстановления; перенос атомов или электронов H и O из одного вещества в другоеAH + B → A + BH ( восстановленный )
A + O → AO ( окисленный )		Дегидрогеназа , оксидаза
EC 2
Трансферазы		Перенос функциональной группы от одного вещества к другому. Группа может быть метильной, ацильной, амино- или фосфатной группой.AB + C → A + BCТрансаминаза , киназа
EC 3
гидролазы		Образование двух продуктов из субстрата путем гидролизаAB + H 2 O → AOH + BHЛипаза , амилаза , пептидаза , фосфатаза
EC 4
Lyases		Негидролитическое добавление или удаление групп с субстратов. Связи CC, CN, CO или CS могут быть разорваныRCOCOOH → RCOH + CO 2 или [X-A + BY] → [A = B + XY]Декарбоксилаза
EC 5
Изомеразы		Внутримолекулярная перегруппировка, т.е. изменения изомеризации внутри одной молекулы.ABC → BCAИзомераза , мутаза
EC 6
лигазы		Соедините вместе две молекулы путем синтеза новых связей CO, CS, CN или CC с одновременным разрушением АТФ.X + Y + АТФ → XY + ADP + P iСинтетаза
EC 7
Транслоказы		Катализируйте движение ионов или молекул через мембраны или их разделение внутри мембранТранспортер

Сходство реакции [ править ]

Сходство между ферментативными реакциями ( ЕС ) можно рассчитать, используя изменения связей, реакционные центры или показатели субструктуры (ранее EC-BLAST , теперь энзимный портал EMBL-EBI ). [6]

История [ править ]

Схема номенклатуры ферментов была разработана в 1955 году, когда Международный конгресс биохимиков в Брюсселе учредил Комиссию по ферментам. Первая версия была опубликована в 1961 году. Текущее шестое издание, опубликованное Международным союзом биохимии и молекулярной биологии в 1992 году, содержит 3196 различных ферментов. Приложения 1-4 были опубликованы в 1993-1999 гг. Последующие дополнения были опубликованы в электронном виде на веб-сайте Номенклатурного комитета Международного союза биохимии и молекулярной биологии. [5] В августе 2018 года Комиссия по ферментам реорганизовала номенклатуру, добавив категорию EC 7 верхнего уровня, описывающую транслоказы. [7]

См. Также [ править ]

  • Список номеров ЕС
  • Список ферментов
  • Номер TC (классификация белков мембранного транспорта)

Ссылки [ править ]

  1. Перейти ↑ Webb, EC (1992). Номенклатура ферментов 1992: рекомендации Номенклатурного комитета Международного союза биохимии и молекулярной биологии по номенклатуре и классификации ферментов . Академическая пресса. ISBN 978-0-12-227164-9.
  2. ^ a b «ФЕРМЕНТ (база данных номенклатуры ферментов)» . ExPASy. Архивировано 21 марта 2019 года . Проверено 24 апреля 2019 .
  3. ↑ Омельченко М.В., Гальперин М.Ю., Вольф Ю.И., Кунин Е.В. (2010). «Негомологичные изофункциональные ферменты: систематический анализ альтернативных решений в эволюции ферментов» . Биология Директ . 5 (1): 31. DOI : 10.1186 / 1745-6150-5-31 . PMC 2876114 . PMID 20433725 .  
  4. ^ Apweiler R, Bairoch А, В СН, Баркер туалет, Бекман В, С Ферро, Gasteiger , Е, Хуанг Н, R Лопес, Magrane М, Мартин МДж, Наталя Д.А., О'Доновано С, Redaschi Н, Е LS (январь 2004 ). «UniProt: универсальная база знаний о протеине» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (Выпуск базы данных): D115–9. DOI : 10.1093 / NAR / gkh131 . PMC 308865 . PMID 14681372 .  
  5. ^ a b Мосс Г.П. «Рекомендации Номенклатурного комитета» . Международный союз биохимии и молекулярной биологии по номенклатуре и классификации ферментов по реакциям, которые они катализируют. Архивировано из оригинала на 2018-09-10 . Проверено 14 марта 2006 .
  6. ^ Rahman С.А., Куэста С.М., Furnham N, Holliday GL, Thornton JM (февраль 2014). «EC-BLAST: инструмент для автоматического поиска и сравнения ферментативных реакций» . Методы природы . 11 (2): 171–174. DOI : 10.1038 / nmeth.2803 . PMC 4122987 . PMID 24412978 .  
  7. ^ Типтон, Кейт (август 2018). «Новости номенклатуры ферментов: транслоказы (EC 7): новый класс EC» . ExplorEnz: основной источник списка ферментов IUBMB. Архивировано 10 сентября 2018 года . Проверено 3 ноября 2018 .

Внешние ссылки [ править ]

  • Enzyme Nomenclature , авторитетный веб-сайт Номенклатурного комитета Международного союза биохимии и молекулярной биологии, поддерживаемый GP Moss
  • База данных номенклатуры ферментов - по ExPASy
  • Список всех номеров EC - BRENDA
  • Просмотр структур PDB по номеру EC
  • Поиск доменов SCOP по номеру EC - по dcGO
  • Сравните номера ЕС с помощью EC-Blast