Эукариотный Линейный мотив (ВЯЗ) ресурс является вычислительной биологией ресурсом (разработанным в Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL)) для исследования коротких линейных мотивов (SLIMS) в эукариотических белках . [2] [3] В настоящее время это самая большая коллекция классов линейных мотивов с аннотированными и экспериментально подтвержденными экземплярами линейных мотивов.
Содержание | |
---|---|
Описание | эукариотические линейные мотивы. |
Контакт | |
Авторы | Хольгер Динкель Тоби Гибсон |
Первичное цитирование | Динкель и др. (2012) [1] |
Дата выпуска | 2011 г. |
Доступ | |
Веб-сайт | вяз |
Линейные мотивы задаются как шаблоны с использованием правил регулярных выражений . Эти выражения используются в конвейере предсказания ELM, который обнаруживает предполагаемые экземпляры мотивов в белковых последовательностях. Чтобы улучшить предсказательную способность, разрабатываются и применяются контекстные правила и логические фильтры, чтобы уменьшить количество ложных срабатываний совпадений.
По состоянию на 2010 год ELM содержал 146 различных мотивов, которые аннотировали более 1300 экспериментально определенных экземпляров в белках. [3] Текущая версия сервера ELM обеспечивает фильтрацию по компартменту ячеек, филогенезу, конфликту глобулярных доменов (с использованием баз данных SMART / Pfam ) и структуре. [4] Кроме того, идентифицируются и отображаются как известные экземпляры ELM, так и любые сохраняющиеся по положению совпадения в последовательностях, подобных последовательностям экземпляров ELM.
Смотрите также
Рекомендации
- ^ Динкель, Хольгер; Майкл Сушама; Weatheritt Роберт Дж; Дэйви Норман Э; Ван Рой Ким; Альтенберг Бриджит; Тодт Гриша; Уяр Бора; Зайлер Маркус; Бадд Эйдан; Йодике Лиза; Даммерт Марсель А; Шрётер Кристиан; Молоток Марии; Шмидт Тобиас; Jehl Peter; Макгиган Кэролайн; Димецка Магдалена; Чика Клаудиа; Удачи Кате; Via Allegra; Чатр-Арьямонтри Эндрю; Хаслам Найл; Гребнев Глеб; Эдвардс Ричард Дж; Steinmetz Michel O; Meiselbach Heike; Диелла Франческа; Гибсон Тоби Дж (январь 2012 г.). «ELM - база данных линейных мотивов эукариот» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (D1): D242 – D251. DOI : 10.1093 / NAR / gkr1064 . PMC 3245074 . PMID 22110040 .
- ^ Пунтерволл П., Линдинг Р., Гемюнд С. и др. (Июль 2003 г.). «Сервер ELM: новый ресурс для исследования коротких функциональных сайтов в модульных эукариотических белках» . Nucleic Acids Res . 31 (13): 3625–30. DOI : 10.1093 / NAR / gkg545 . PMC 168952 . PMID 12824381 .
- ^ а б Гулд С.М., Диелла Ф., Виа А и др. (Январь 2010 г.). «ELM: статус ресурса линейных мотивов эукариот 2010 года» . Nucleic Acids Res . 38 (Выпуск базы данных): D167–80. DOI : 10.1093 / NAR / gkp1016 . PMC 2808914 . PMID 19920119 .
- ^ Via A, Гулд С.М., Гемюнд С., Гибсон Т.Дж., Хелмер-Читтерих М. (2009). «Структурный фильтр для ресурса линейных мотивов эукариот» . BMC Bioinformatics . 10 : 351. DOI : 10,1186 / 1471-2105-10-351 . PMC 2774702 . PMID 19852836 .
Внешние ссылки
- Домашняя страница ELM