Фибробактериты
Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Фибробактериты
Научная классификация е
Домен:Бактерии
(без рейтинга):Группа ФКБ
Тип:Fibrobacterota
Гаррити и Холт 2021 [1]
Классы
Синонимы
  • "Fibrobacteraeota" Oren et al. 2015
  • «Фибробактерии» Гаррити и Холт, 2001 г.
  • «Fibrobacterota» Whitman et al. 2018
  • «Raymondbacteria» Anantharaman et al. 2016

Fibrobacterota представляет собой небольшой бактериальный тип , который включает в себя многие из основных бактерий рубца , что позволяет разлагать растительную целлюлозу у жвачных животных. Члены этого типа были отнесены к другим типам. Род Fibrobacter (единственный род Fibrobacterota) был удален из рода Bacteroides в 1988 г. [2]

Филогенез и сравнительные геномные исследования

Хотя Fibrobacterota , который состоит из одного рода Fibrobacter , содержащего два вида, в настоящее время признан отдельным типом, филогенетические исследования, основанные на последовательностях белка RpoC и гиразы B, показывают, что Fibrobacter succinogenes тесно связан с видами из типов Bacteroidetes и Chlorobi . [3] Виды из этих трех типов также разветвляются в одном и том же положении на основе консервативных сигнатурных вставок в ряде важных белков. [4] Наконец, что наиболее важно, сравнительные геномные исследования идентифицировали две консервативные сигнатурные индели (вставка из 5-7 аминокислот в белке RpoC и вставка из 13-16 аминокислот в белке RpoC).серингидроксиметилтрансфераза ) и один сигнатурный белок (PG00081), которые однозначно являются общими для всех видов этих трех типов. [5] Все эти результаты предоставляют убедительные доказательства того, что виды из этих трех типов имели общего предка, исключающего все другие бактерии, и было предложено, чтобы все они были признаны частью одного надтипа «FCB». [3] [5]

филогения

Филогения Fibrobacterota.

LTP на основе 16S рРНК, выпуск 132 от The All-Species Living Tree Project [6]Annotree v1.2.0 [7] [8] , который использует GTDB 05-RS95 ( База данных таксономии генома ) [9] [10]
Фибробактериты
 

Хитинивибрион алкалифилус

 
Фибробактерия
 

Ф. кишечный

 
Ф. сукциногенес
 

Ф. с. удлиненный

 
 

Ф. с. сукциногены

 
 
 
 
 
 

« Раймондбактерии » ( внешняя группа )

 
Фибробактериты
Хитинивибрионалес
 

Хитиниспириллум алкалифилум

 
 

Хитинивибрион алкалифилус

 
 
Фибробактерии
 

" Ка. Fibromonas termitidis "

 
Фибробактерия
 

Ф. кишечный

 
Ф. сукциногенес
 

Ф. с. удлиненный

 
 

Ф. с. сукциногены

 
 
 
 
 
 

Таксономия

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот со статусом в номенклатуре (LSPN) [11] и Национальном центре биотехнологической информации (NCBI). [12]

  • Класс Chitinispirillia Sorokin et al. 2016
    • Заказать Chitinispirillales Sorokin et al. 2016 ]
      • Семейство Chitinispirillaceae Sorokin et al. 2016
        • Род Chitinispirillum Sorokin et al. 2016
          • Вид C.alcaliphilum Sorokin et al. 2016
  • Класс Chitinivibrionia Sorokin et al. 2014
    • Отряд Chitinivibrionales Sorokin et al. 2014
      • Семейство Chitinivibrionaceae Sorokin et al. 2014
        • Род Chitinivibrio Sorokin et al. 2014
          • Вид C.alcaliphilus Sorokin et al. 2014
  • Класс Fibrobacteria Spain et al. 2012
    • Заказать Fibrobacterales Spain et al. 2012 ["Fibromonadales" Абдул Рахман и др. 2016 ]
      • Семейство Fibrobacteraceae, Испания и соавт. 2012 [Fibromonadaceae" Абдул Рахман и др. 2016 ]
        • Род " Hallerella " Wylensek et al. 2020
          • Вид " H. porci " Wylensek et al. 2021
          • Вид " H. succinigenes " Wylensek et al. 2020
        • Род " Candidatus Fibromonas " Abdul Rahman et al. 2016
          • Вид " Ca. F. termitidis " Abdul Rahman et al. 2016
        • Род Fibrobacter Montgomery et al. 1988 г.
          • Виды F. enteralis Montgomery et al. 1988 г.
          • Виды F. succinogenes (Hungate 1950) Montgomery et al. 1988 г.
            • Подвид Ф. с. elongatus Montgomery и др. 1988 г.
            • Подвид Ф. с. succinogenes (Hungate 1950) Montgomery et al. 1988 г.
тип Fibrobacterota и некоторые его филогенетические соседи

Распределение

Тип Fibrobacterota считается тесно связанным с CFB [Cytophaga-Flavibacterium-Bacteroidota]. [5] Единственным родом в этом типе является Fibrobacter , который содержит штаммы из кишечника многих млекопитающих, включая крупный рогатый скот и свиней. [13] Два описанных вида этого рода, а именно Fibrobacter succinogenes и Fibrobacter кишечные , являются важными членами фибролитических сообществ в кишечнике млекопитающих, и в последние десятилетия им уделяется большое внимание из-за давнего интереса к микробам, способным разлагать растительную клетчатку.

Молекулярные данные, основанные на амплификации генов 16 рРНК из различных сред, позволяют предположить, что этот тип гораздо шире, чем считалось ранее. [14] [15] Большинство клонов из окружающей среды млекопитающих группируются вместе с известными изолятами в так называемом подтипе 1. [15] Члены подтипа 2, однако, до сих пор были обнаружены только в кишечнике термитов. [15] [16] и у некоторых тараканов, питающихся подстилкой. [17] Преобладание подтипа 2 в бактериальных сообществах, связанных с целлюлозными волокнами, в задних кишках Nasutitermes corniger , питающихся древесиной , предполагает, что они играют важную роль в разрушении растительного материала у высших термитов. [18]

Смотрите также

  • Фибробактерии сукциногены
  • Кандидат на тип TG3
  • Список бактериальных отрядов

использованная литература

  1. ^ Орен А., Гаррити GM (2021). «Действительная публикация названий сорока двух типов прокариот» . Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . PMID  34694987 .
  2. ^ Монтгомери Л., Флешер Б., Шталь Д. (1988). «Перенос Bacteroides succinogenes (Hungate) в Fibrobacter gen. nov. как Fibrobacter succinogenes comb. nov. и описание Fibrobacter кишечного вида nov.» . Междунар. Дж. Сист. Бактериол . 38 (4): 430–435. doi : 10.1099/00207713-38-4-430 .
  3. ^ б Гупта, RS (2004) . «Филогения и сигнатурные характеристики Fibrobacteres, Chlorobi и Bacteroidetes». Критические обзоры микробиологии . 30 (2): 123–140. дои : 10.1080/10408410490435133 . PMID 15239383 . S2CID 24565648 .  
  4. ^ Гриффитс, Э; Гупта, Р. С. (2001). «Использование сигнатурных последовательностей в различных белках для определения относительного порядка ветвления бактериальных делений: свидетельство того, что Fibrobacter разошлись в одно и то же время с Chlamydia и делением Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides» . Микробиология . 147 (9): 2611–22. doi : 10.1099/00221287-147-9-2611 . PMID 11535801 . 
  5. ^ a b c Гупта, RS; Лоренцини, Э. (2007). «Филогения и молекулярные сигнатуры (консервативные белки и инделы), специфичные для видов Bacteroidetes и Chlorobi» . Эволюционная биология BMC . 7 : 71. doi : 10.1186/1471-2148-7-71 . ПВК 1887533 . PMID 17488508 .  
  6. ^ Проект живого дерева для всех видов . «Выпуск 132 LTP на основе 16S рРНК» . Комплексная база данных рибосомных РНК Silva . Проверено 20 августа 2015 г. .
  7. Викискладе есть медиафайлы по теме AnnoTree v1.2.0 . АнноТри .
  8. ^ Мендлер, К; Чен, Х; Парки, ДХ; Обнять, Лос-Анджелес; Докси, AC (2019). «AnnoTree: визуализация и исследование функционально аннотированного микробного древа жизни» . Исследование нуклеиновых кислот . 47 (9): 4442–4448. doi : 10.1093/нар/gkz246 . ПМС 6511854 . PMID 31081040 .  
  9. ^ «Выпуск GTDB 05-RS95» . База данных таксономии генома .
  10. ^ Парки, DH; Чувочина, М; Шомейл, Пенсильвания; Ринке, К; Массиг, Эй Джей; Хугенхольц, П. (сентябрь 2020 г.). «Полная таксономия от домена к виду для бактерий и архей» . Природная биотехнология . 38 (9): 1079–1086. bioRxiv 10.1101/771964 . doi : 10.1038/s41587-020-0501-8 . PMID 32341564 . S2CID 216560589 .   
  11. ^ Эзеби Дж. П. «Фибробактерии» . Список имен прокариот со статусом в номенклатуре (LPSN) . Проверено 20 марта 2021 г. .
  12. ^ Сэйерс. «Фибробактерии» . Таксономическая база данных Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 20 марта 2021 г. .
  13. ^ Ци, М. и Нельсон, К.Э., и Догерти, С.К., и Нельсон, В.К., и Ханс, И.Р., и Моррисон, М., и Форсберг, К.В. (2005). «Новые молекулярные особенности фибролитической кишечной бактерии Fibrobacter enteralis, не общие с Fibrobacter succinogenes , как определено супрессивной субтрактивной гибридизацией» . Журнал бактериологии . 187 (11): 3739–3751. doi : 10.1128/jb.187.11.3739-3751.2005 . ПМЦ 1112041 . PMID 15901698 .  {{cite journal}}: CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
  14. ^ Макдональд, JE; Локхарт, Р. Дж.; Кокс, МДж; Эллисон, ОН; Маккарти, Эй Джей (2008). «Обнаружение новых популяций Fibrobacter на свалках и определение их относительной численности с помощью количественной ПЦР». Экологическая микробиология . 10 (5): 1310–1319. doi : 10.1111/j.1462-2920.2007.01544.x . PMID 18266756 . 
  15. ^ a b c Hongoh, Y. и Deevong, P. и Hattori, S. и Inoue, T. и Noda, S. и Noparatnaraporn, N. и Kudo, T. и Okuma, M. (2006). «Филогенетическое разнообразие, локализация и морфология клеток представителей кандидатного типа TG3 и подтипа в типе Fibrobacteres , недавно обнаруженные бактериальные группы, доминирующие в кишечнике термитов» . Прикладная и экологическая микробиология . 72 (10): 6780–6788. doi : 10.1128/aem.00891-06 . ПМЦ 1610327 . PMID 17021231 .  {{cite journal}}: CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
  16. ^ Микаелян, А .; Дитрих, К.; Келер, Т .; Поулсен, М.; Силлам-Дюссес, Д.; Брюн, А. (2015). «Диета является основным фактором, определяющим структуру бактериального сообщества в кишечнике высших термитов». Молекулярная экология . 24 (20): 5824–5895. doi : 10.1111/mec.13376 . PMID 26348261 . S2CID 206182668 .  
  17. ^ Микаелян, А .; Келер, Т .; Ламперт, Н.; Роланд, Дж.; Бога, Х .; Меузер, К.; Брюн, А. (2015). «Классификация бактериальной микробиоты кишечника термитов и тараканов: курируемая филогенетическая справочная база данных (DictDb)». Систематическая и прикладная микробиология . 38 (7): 472–482. doi : 10.1016/j.syapm.2015.07.004 . PMID 26283320 . 
  18. ^ Микаелян, А .; Штрассерт, Дж.; Токуда, Г.; Брюн, А. (2014). «Сообщество целлюлозолитических бактерий, связанных с волокнами, в задней кишке высших термитов, питающихся древесиной (Nasutitermes spp.)». Экологическая микробиология . 16 (9): 2711–2722. дои : 10.1111/1462-2920.12425 .
  • Холт Дж. Г., изд. (1994). Руководство Берджи по определяющей бактериологии (9-е изд.). Уильямс и Уилкинс. ISBN 978-0-683-00603-2.

внешние ссылки

  • Список прокариотических названий со статусом в номенклатуре - род Fibrobacter
  • Классификация Systema Naturae 2000: Тип Fibrobacteres
Получено с https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Fibrobacterota&oldid=1080590093 .
Contribute a better translation