В популяционной генетике тест с четырьмя гаметами - это метод обнаружения исторических событий рекомбинации . [1]
Описание
Учитывая набор из четырех или более выбранных гаплоидных хромосом , тест с четырьмя гаметами (FGT) выявляет события рекомбинации путем определения пар сегрегационных сайтов, которые не могут возникнуть без рекомбинации или повторной мутации . В предположении бесконечности сайтов (т.е. повторные мутации имеют нулевую вероятность) вероятность повторной мутации равна нулю, и, следовательно, предполагается событие рекомбинации. Например, если изучаемые данные состоят из данных биаллельного однонуклеотидного полиморфизма , то следующая конфигурация может быть сгенерирована без рекомбинации.
Хромосома | Сайт 1 | Сайт 2 |
---|---|---|
1 | 0 | 0 |
2 | 1 | 0 |
3 | 0 | 1 |
Однако следующая конфигурация не может быть создана без рекомбинации.
Хромосома | Сайт 1 | Сайт 2 |
---|---|---|
1 | 0 | 0 |
2 | 1 | 0 |
3 | 0 | 1 |
4 | 1 | 1 |
FGT обнаруживает событие рекомбинации, если указанная выше конфигурация встречается в данных. Данные в приведенной выше конфигурации считаются несовместимыми с какой-либо историей предков без рекомбинации.
FGT имеет низкую статистическую мощность для обнаружения рекомбинации. Кроме того, FGT подходит только тогда, когда скорость мутации значительно меньше, чем скорость рекомбинации. Если частота мутаций высока, то предположение о бесконечности сайтов нарушается. Например, FGT обычно подходит для наборов данных о людях, но не подходит для наборов данных о бактериях.