Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
ГИМИАС
GimiasLogo.jpg
VirtualAngiography2.jpg
Графический интерфейс GIMIAS включает мультисрезовый просмотр мультимодальных биомедицинских изображений и инструменты навигации по сигналам.
Стабильный выпуск
1.5.r4 / октябрь 2012 г . ; 8 лет назад ( 2012-10 )
Написано вC ++
Операционная системаWindows , Linux
ТипНаучная визуализация и вычисление изображений
ЛицензияBSD-стиль
Веб-сайтgimias .org

GIMIAS - это среда, ориентированная на рабочий процесс, ориентированная на вычисление и моделирование биомедицинских изображений . С открытым исходным кодом рамки является расширяемой с помощью плагинов и ориентирован на создание научно - исследовательских и клинических программ прототипов . Gimias использовался для разработки клинических прототипов в области визуализации и моделирования сердца , ангиографической визуализации и моделирования и неврологии [1] [2]

GIMIAS финансируется несколькими национальными и международными проектами, такими как cvREMOD, euHeart или VPH NoE. [3]

О ГИМИАС [ править ]

GIMIAS означает графический интерфейс для анализа и моделирования медицинских изображений. GIMIAS предоставляет графический пользовательский интерфейс со всеми основными функциями ввода-вывода данных, визуализацией и взаимодействием для изображений, сеток и сигналов. Возможности GIMIAS включают:

  • Браузер DICOM и соединение PACS
  • Поддержка различных методов визуализации
  • Визуализация биомедицинских данных в 2D и 3D: мультипланарное преобразование, ортосрезы, мультисрезы, объемный рендеринг , рентгеновский рендеринг, проекция максимальной интенсивности
  • Несколько форматов ввода и вывода: DICOM , vtk, stl, Nifty, Analyze.
  • Управление фильмом: воспроизведение, пауза, контроль скорости
  • Несколько объектов данных: 2D-изображения DICOM, 3D-изображения, поверхностные сетки, объемные сетки, сигналы или аннотации.
  • Аннотации к изображениям и поверхностным сеткам: ориентиры, измерения и области интереса
  • Навигация по клиническим рабочим процессам, которая может помочь пользователю переходить от данных пациента к полезной информации для лечения пациента. [4]
  • Другие дополнительные инструменты для сегментации изображений , манипулирования сетками и навигации по сигналам. [5]

GIMIAS - это среда разработки, которая позволяет разработчикам создавать свои собственные медицинские приложения, используя различные плагины, которые можно динамически загружать и комбинировать. Прототипы, разработанные на GIMIAS, могут быть проверены конечными пользователями в реальных сценариях и с реальными данными на ранних этапах разработки. [6]

Разработан с использованием языка C ++ , имеет подключаемую архитектуру и является кроссплатформенным с помощью стандартного инструмента CMake . Можно интегрировать новые библиотеки с помощью инструмента CSnake и основан на распространенных библиотеках с открытым исходным кодом, таких как VTK , ITK , MITK, BOOST и wxWidgets . Подключаемый модуль может расширять структуру, добавляя новые компоненты обработки, компоненты графического интерфейса пользователя, такие как панели инструментов или окна, новые типы обработки данных или новые библиотеки визуализации. [7]

GIMIAS поддерживает несколько типов подключаемых модулей, начиная с простой библиотеки DLL, подключаемого модуля командной строки, совместимого с 3D Slicer, или более сложного подключаемого модуля GIMIAS с настраиваемым графическим интерфейсом. Автоматическое создание графического интерфейса пользователя и расширяемая объектная модель данных позволяют использовать плагины совместно с другими платформами и расширять возможности взаимодействия.

Программное обеспечение доступно на Windows , и Linux , 64-бит и 32-бит . [8]

История [ править ]

Первые версии фреймворка с открытым исходным кодом были выпущены к концу 2009 года (GIMIAS 0.6.15 был выпущен в октябре 2009 года). [9]

В 2010 году были предприняты дополнительные усилия для расширения возможностей самой платформы с открытым исходным кодом, предоставляющей больше функций, таких как диспетчер рабочих процессов, совместимость с плагинами 3D Slicer , средство просмотра сигналов и настраиваемые представления. В этом году были выпущены версии GIMIAS 0.8.1, 1.0.0, 1.1.0 и 1.2.0.

Команда ГИМИАС сотрудничала с:

  • Команда cmgui: для тестирования использования промежуточного cmgui API на программной платформе GIMIAS [10] [11]
  • Группа CTK [12]
  • Группа B3C (MAF) [13]

ГИМИАС - один из инструментов, используемых в Virtual Physiological Human . [14]

Клинические прототипы [ править ]

  • Ангиолаб- это программный инструмент, разработанный в рамках GIMIAS и являющийся частью более амбициозной программы комплексного лечения аневризм головного мозга. В настоящее время AngioLab включает четыре дополнительных модуля: ангиоморфологическое стентирование, виртуальное стентирование и виртуальная ангиография. В декабре 2009 г. 23 врача заполнили оценочную анкету по AngioLab. Это мероприятие было частью учебного курса, проведенного во время 2-го учебного курса Европейского общества минимально инвазивного нейроваскулярного лечения (ESMINT), который проводился в Университете Помпеу Фабра, Барселона, Испания. Были оценены автоматический морфологический анализ (модуль ангиоморфологии) и планирование эндоваскулярного лечения (модуль стентирования). В целом результаты, полученные с помощью этих инструментов, были признаны актуальными и возникающими в их клинической сфере.[15] [16]
  • CardioLab : пакет CardioLab для GIMIAS позволяет выполнять весь рабочий процесс от медицинских изображений до характеристики и количественной оценки заболеваний миокарда и планирования сердечной ресинхронизирующей терапии (CRT) . [17]
  • FocusDET : Точная локализация эпилептогенных очагов при трудноизлечимой парциальной эпилепсии имеет важное значение для оценки возможности хирургического вмешательства в качестве лечения. Был разработан специальный программный пакет для определения эпилептогенного очага с использованием изображений Ictal и Inter-ictal SPECT и МРТ с использованием методологии SISCOM. FocusDET был разработан с использованием средств GIMIAS. [18]
  • QuantiDopa - это программное обеспечение, которое позволяет выполнять полуавтоматическую количественную оценку поглощения полосатым телом в исследованиях нейротрансмиссионной ОФЭКТ дофаминергической системы. [19]

Ссылки [ править ]

  1. ^ I. Ларрабиде, П. Омедас, Ю. Мартелли, X. Плэйнс, М. Нибер, Дж. А. Мойя, К. Бутакофф, Р. Себастьян, О. Камара, М. Де Крейн, Б. Бийненс, А. Ф. Франги, ГИМИАС: Платформа с открытым исходным кодом для эффективной разработки инструментов исследования и клинических прототипов , в Functional Imaging and Modeling of the Heart, 417-426, 2009.
  2. ^ «Требования VPH и Упражнение по оценке технологий» . Виртуальная физиологическая сеть передового опыта человека. п. 95. Архивировано из оригинала на 2011-07-20.
  3. ^ "Веб-сайт cvREMOD" . Архивировано из оригинала на 2010-05-30.
  4. ^ ahc. «Я занимаюсь визуализацией» .
  5. ^ П. Омедас; Ю. Мартелли; И. Ларрабид; BH Bijnens; AF Frangi. «Расширенный инструмент для визуализации мультимодальных и многомасштабных кардиологических данных» (PDF) . UPF. п. 42. Архивировано из оригинального (PDF) на 2011-06-15.
  6. ^ "Домашняя страница ГИМИАС" . Архивировано из оригинала на 2011-07-20.
  7. ^ Команда ГИМИАС. «Архитектура ГИМИАС» . Slideshare.
  8. ^ Хамза Эмадин Муса. «Решение GIMIAS для анализа и моделирования медицинских изображений для Windows и Linux» . goomedic.
  9. ^ Команда ГИМИАС. «ГИМИАС на SourceForge» . SourceForge.
  10. ^ «CMGUI и слияние данных» . Виртуальная физиологическая сеть передового опыта человека. п. 30. Архивировано из оригинала на 2011-07-20.
  11. ^ «Введение в cmgui» . Оклендский институт биоинженерии.
  12. ^ "CTK-Hackfest-May-2010" .
  13. ^ «Сотрудничество B3C» (PDF) . Архивировано из оригинального (PDF) 25 июля 2011 года.
  14. ^ «Виртуальный физиологический человек» . Архивировано из оригинала на 2011-05-07.
  15. ^ MC Villa-Uriol, И. Larrabide, JM Pozo, Х. Bogunović, П. Omedas, В. Barbarito, Л. Каротенуто, С. Рикобене, X. Planes, Ю. Мартелли, AJ Geers и AF Frangi, AngioLab: Интегрированный технология индивидуального лечения внутричерепных аневризм , 32-я ежегодная международная конференция IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBS), Буэнос-Айрес, Аргентина, 2010 г.
  16. ^ "Набор инструментов GIMIAS для разрыва аневризмы" . вф-ное. Архивировано из оригинала на 2011-07-20.
  17. ^ «Создание конвейера для моделирования сердечной ресинхронизирующей терапии in-silico» . вф-ное. п. 11. Архивировано из оригинала на 2011-07-20.
  18. ^ Б. Марти; Ó. Эстебан; X. Самолеты; П. Омедас; Г. Волльни; Детская кроватка; X. Сетоайн; А. Франги; М. Ледесма-Карбайо; Дж. Павия (2009). «FocusDET: программный инструмент для определения эпилептогенных очагов при трудноизлечимой парциальной эпилепсии» . ЭНАМ .[ постоянная мертвая ссылка ]
  19. ^ «Расписание презентаций конференции VPH2010» . вф-ное. Архивировано из оригинала на 2011-07-20.

Внешние ссылки [ править ]

  • Официальный веб-сайт
  • МИТК