Гемматимонадота
| Гемматимонадота | |
|---|---|
Научная классификация  | |
| Домен: | Бактерии |
| (без рейтинга): | Группа ФКБ |
| Тип: | Gemmatimonadota Zhang et al. 2021 |
| Классы | |
| |
| Синонимы | |
| |
Gemmatimonadota - это тип бактерий, созданный в 2003 году. Этот тип включает два класса Gemmatimonadetes и Longimicrobia .
Разновидность
Типовой вид Gemmatimonas aurantiaca штамм T-27 T был выделен из активного ила в системе очистки сточных вод в 2003 г. [1] Это грамотрицательная бактерия, способная расти как при аэробном, так и при анаэробном дыхании. [2]
Вторым культивируемым видом был Gemmatirosa kalamazoonensis gen. ноябрь, сп. ноябрь штамм KBS708, выделенный из органически обрабатываемой сельскохозяйственной почвы в штате Мичиган, США. [3]
Третий культивируемый вид Gemmatimonas phototrophica , штамм AP64 T , был выделен из мелководного пресноводного пустынного озера Тяньэху (Лебединое озеро) в Северном Китае. [4] Уникальной особенностью этого организма является наличие у бактерий фотосинтетических реакционных центров. Вероятно, он приобрел гены аноксигенного фотосинтеза посредством горизонтального переноса генов . G. phototrophica — факультативный фотогетеротрофный организм. Для роста ему требуется органический субстрат, но он может получать дополнительную энергию для своего метаболизма от света. [5]
Штамм Longimobium terrae CB-286315T был выделен из образца почвы типичной средиземноморской лесной экосистемы, расположенной в Гранаде, Испания. Из-за этого большого филогенетического расстояния от других культивируемых Gemmatimonades был создан новый класс под названием Longimicrobia. [6]
Экологическое распространение
Данные независимых от культуры исследований показывают, что Gemmatimonadota широко распространены во многих естественных средах обитания. Они составляют около 2% сообществ почвенных бактерий и были определены как один из девяти основных типов, обнаруженных в почвах; тем не менее, в настоящее время существует только шесть культивируемых изолятов. [7] Gemmatimonadota были обнаружены в различных засушливых почвах, таких как пастбища, прерии и пастбища, а также в эвтрофных озерных отложениях и альпийских почвах. Этот широкий диапазон сред, в которых были обнаружены Gemmatimonadota, предполагает адаптацию к низкой влажности почвы. [8]Проведенное исследование показало, что распространение Gemmatimonadota в почве, как правило, больше зависит от наличия влаги, чем от агрегации, что подтверждает мнение о том, что представители этого типа предпочитают более сухие почвы. [9] Меньшие количества были также обнаружены в различных водных средах, таких как пресные воды и отложения.
Таксономия
Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот со статусом в номенклатуре (LSPN), [10] Национального центра биотехнологической информации , [11] All-Species Living Tree Project [12] и GTDB 05-RS95 ( База данных таксономии генома ). ). [13] [14]
- Тип Gemmatimonadota Zhang et al. 2003 г.
- Класс Gemmatimonadetes Zhang et al. 2003 г.
- Заказать Gemmatimonadales Zhang et al. 2003 г.
- Семейство Gemmatimonadaceae Zhang et al. 2003 г.
- Род Roseisolibacter Pascual et al. 2018
- Виды R. agri Pascual et al. 2018
- Род " Gemmatirosa " DeBruyn et al. 2013
- Виды G. kalamazoonesis DeBruyn et al. 2013
- Род Gemmatimonas Zhang et al. 2003 эм. Цзэн и др. 2015
- Виды G. phototrophica Zeng et al. 2015
- Виды G. aurantiaca Zhang et al. 2003 эм. Цзэн и др. 2015
- Род Roseisolibacter Pascual et al. 2018
- Семейство Gemmatimonadaceae Zhang et al. 2003 г.
- Заказать Gemmatimonadales Zhang et al. 2003 г.
- Класс Longimicrobia Pascual et al. 2016
- Заказ Longimicrobiales Pascual et al. 2016
- Семейство Longimicrobiaceae Pascual et al. 2016
- Род Longimicrobium Pascual et al. 2016
- Виды L. terrae Pascual et al. 2016
- Род Longimicrobium Pascual et al. 2016
- Семейство Longimicrobiaceae Pascual et al. 2016
- Заказ Longimicrobiales Pascual et al. 2016
- Класс Gemmatimonadetes Zhang et al. 2003 г.
Смотрите также
- Список бактериальных отрядов
Рекомендации
- ^ Чжан Х, Секигути Ю, Ханада С, Хугенхольц П, Ким Х, Камагата Ю, Накамура К (2003). "Gemmatimonas aurantiaca gen. nov., sp. nov., грамотрицательный, аэробный, накапливающий полифосфаты микроорганизм, первый культивируемый представитель нового бактериального типа Gemmatimonadetes phyl. nov" . Int J Syst Evol Microbiol . 53 (часть 4): 1155–1163. doi : 10.1099/ijs.0.02520-0 . PMID 12892144 .
- ^ Такаичи, С; Маока, Т; Такасаки, К; Ханада, С. (2009). «Каротиноиды Gemmatimonas aurantiaca (Gemmatimonadetes) : идентификация нового каротиноида, дезоксиосциллол-2-рамнозида, и предполагаемый путь биосинтеза осциллол-2,2'-дирхамнозида» . Микробиология . 156 (3): 757–763. doi : 10.1099/мик.0.034249-0 . PMID 19959572 .
- ^ ДеБрейн Дж. М.; Фаваз М.Н.; Павлин, AD; Данлэп младший; Никсон ЛТ; Купер К.Е.; Радосевич М. (2013). « Gemmatirosa kalamazoonesis gen. nov., sp. nov., представитель редко культивируемого бактериального типа Gemmatimonadetes» . J Gen Appl Microbiol . 59 (4): 305–312. doi : 10.2323/jgam.59.305 . PMID 24005180 .
- ^ Цзэн Ю .; Селянин В.; Лукеш М.; Дин Дж.; Кафтан Д.; Фэн Ф.; Коближек М. (2015). «Характеристика микроаэрофильных, бактериохлорофилл-а-содержащих бактерий Gemmatimonas phototrophica sp. nov. и исправленные описания родов Gemmatimonas и Gemmatimonas aurantiaca » . Int J Syst Evol Microbiol . 65 (8): 2410–2419. doi : 10.1099/ijs.0.000272 . PMID 25899503 .
- ^ Цзэн Ю .; Фэн Ф.; Медова Х.; Дин Дж.; Коближек М. (2014). «Функциональные фотосинтетические реакционные центры 2 типа, обнаруженные в редком бактериальном типе Gemmatimonadetes» . Proc Natl Acad Sci USA . 111 (21): 7795–7800. Бибкод : 2014PNAS..111.7795Z . doi : 10.1073/pnas.1400295111 . ПМЦ 4040607 . PMID 24821787 .
- ^ Паскуаль Дж .; Гарсия-Лопес М.; Векселя Г.Ф.; Жениллуд О. (2016). « Longimicrobium terrae gen. nov., sp. nov., новая олиготрофная бактерия недостаточно представленного типа Gemmatimonadetes, выделенная через систему миниатюрных диффузионных камер» . Int J Syst Evol Microbiol . 66 (5): 1976–1985. doi : 10.1099/ijsem.0.000974 . PMID 26873585 .
- ^ Фаваз, Мариам (2013). «Выявление экологической роли Gemmatimonadetes посредством культивирования и молекулярного анализа сельскохозяйственных почв». Магистерская диссертация, Университет Теннесси : vi.
- ^ ДеБрейн, Дж; Никсон, Л; Фаваз, М; Джонсон, М.; Радосевич, М. (2011). «Глобальная биогеография и количественная сезонная динамика Gemmatimonadetes в почве» . заявл. Окружающая среда. микробиол . 77 (17): 6295–300. doi : 10.1128/AEM.05005-11 . ПВК 3165389 . PMID 21764958 .
- ^ Фаваз, Мариам (2013). «Выявление экологической роли Gemmatimonadetes посредством культивирования и молекулярного анализа сельскохозяйственных почв». Магистерская диссертация, Университет Теннесси : vi.
- ^ Дж. П. Эзеби. «Гемматимонадетес» . Список имен прокариот со статусом в номенклатуре (LPSN) . Проверено 20 марта 2016 г. .
- ^ Сэйерс; и другие. «Гемматимонадетес» . Таксономическая база данных Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 20 марта 2016 г. .
- ^ Проект «Живое дерево для всех видов» «LTP на основе 16S рРНК, выпуск 132» . Комплексная база данных рибосомных РНК Silva . Проверено 20 августа 2015 г. .
- ^ «Выпуск GTDB 05-RS95» . База данных таксономии генома .
- ^ Парки, DH; Чувочина, М; Шомейл, Пенсильвания; Ринке, К; Массиг, Эй Джей; Хугенхольц, П. (сентябрь 2020 г.). «Полная таксономия от домена к виду для бактерий и архей» . Природная биотехнология . 38 (9): 1079–1086. bioRxiv 10.1101/771964 . doi : 10.1038/s41587-020-0501-8 . PMID 32341564 . S2CID 216560589 .
Внешние ссылки
- Краткая таксономия
- Фаваз, Миннесота (2013). Выявление экологической роли Gemmatimonadetes посредством культивирования и молекулярного анализа сельскохозяйственных почв. 44–60. Краткий обзор филума.
- Гемматимонадота
- Бактерии типа
- Бактерии заглушки
