Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

ilastik
Разработчики)Кристоф Зоммер, Кристоф Штреле, Торбен Крегер, Бернхард X. Кауслер, Ульрих Кете, Фред А. Хампрехт и другие
Первый выпуск2011 ; 10 лет назад ( 2011 )
Стабильный выпуск
1.3.3 / 7 октября 2019 г . ; 18 месяцев назад ( 2019-10-07 )
Репозиторий
Отредактируйте это в Викиданных
Операционная системаЛюбой (на основе Python )
ТипОбработка изображений и Компьютерное зрение и машинное обучение
ЛицензияGPL2
Веб-сайтwww .ilastik .org

ilastik [1] - это удобное бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом для классификации и сегментации изображений . Для запуска программного обеспечения не требуется предыдущего опыта обработки изображений.

Особенности [ править ]

ilastik позволяет пользователю аннотировать произвольное количество классов в изображениях с помощью интерфейса мыши . Используя эти пользовательские аннотации и общие ( нелинейные ) функции изображения , пользователь может обучить случайный классификатор леса . ilastik имеет модуль CellProfiler для использования классификаторов ilastik для обработки изображений в среде CellProfiler .

История [ править ]

Приложение ilastik было впервые выпущено в 2011 году учеными из Гейдельбергской коллаборации обработки изображений (HCI) Гейдельбергского университета .

Заявление [ править ]

  • Набор инструментов для интерактивного обучения и сегментации
  • Резьба [2] [3]
  • Классификация клеток и классификация нейронов [4]
  • Обнаружение синапсов
  • Отслеживание ячеек [5]

Ресурсы [ править ]

Проект ilastik размещен на GitHub . Это совместный проект, любой вклад, такой как комментарии, отчеты об ошибках, исправления ошибок или добавление кода, приветствуется.

Ссылки [ править ]

  1. ^ Соммер, C; Straehle C; Koethe U; Хампрехт Ф.А. (2011). ilastik: Набор инструментов для интерактивного обучения и сегментации . Международный симпозиум IEEE по биомедицинской визуализации . С. 230–33. DOI : 10.1109 / ISBI.2011.5872394 . ISBN 978-1-4244-4127-3. S2CID  206949135 .
  2. ^ Straehle, C; Köthe U; Briggman K; Denk W; Хампрехт Ф.А. (2012). «Оценки неопределенности разрезов засеянных водоразделов для управляемой интерактивной сегментации». CVPR .
  3. ^ Straehle, CN; Köthe U; Knott G; Хампрехт Ф.А. (2011). «Карвинг: масштабируемая интерактивная сегментация изображений нейронной объемной электронной микроскопии» . MICCAI . 14 (Pt 1): 653–60. DOI : 10.1007 / 978-3-642-23623-5_82 . PMID 22003674 . 
  4. ^ Крешук, А; Straehle CN; Sommer C; Koethe U; Cantoni M; и другие. (2011). "Автоматическое обнаружение и сегментация синаптических контактов в почти изотропных последовательных изображениях электронной микроскопии" . PLOS ONE . 6 (10): e24899. DOI : 10.1371 / journal.pone.0024899 . PMC 3198725 . PMID 22031814 .  
  5. ^ Берг, Стюарт; Кутра, Доминик; Крегер, Торбен; Straehle, Christoph N .; Kausler, Bernhard X .; Хобольд, Карстен; Шигг, Мартин; Алес, Янез; Байер, Торстен; Руди, Маркус; Эрен, Кемаль; Сервантес, Хайме I; Сюй, Буоте; Бейттенмюллер, Финн; Вольны, Адриан; Чжан, Чонг; Кете, Ульрих; Hamprecht, Fred A .; Крешук, Анна (30 сентября 2019). «ilastik: интерактивное машинное обучение для анализа (био) изображений» . Методы природы . 16 (12): 1226–1232. DOI : 10.1038 / s41592-019-0582-9 . PMID 31570887 . S2CID 203609613 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • Официальный веб-сайт
  • ilastik на GitHub