Из Википедии, бесплатной энциклопедии
  (Перенаправлено с JSmol )
Перейти к навигации Перейти к поиску
О судебной процедуре см. Судебное решение с точки зрения закона .
Jmol
Логотип J (S) mol 2013.svg
Jmol визуализация трехмерной структуры стрептавидина
Jmol визуализация трехмерной структуры стрептавидина
Разработчики)Команда разработчиков jmol
изначальный выпуск2001 ; 20 лет спустя ( 2001 )
Стабильный выпуск14.6.4 (15 октября 2016 г . ; 4 года назад ) [±] ( 2016-10-15 )
Предварительный выпуск14.5.0 (12 августа 2000 г . ; 20 лет назад ) [±] ( 2000-08-12 )
Репозиторийsourceforge .net / проекты / jmol
Написано вЯва
Операционная системаКроссплатформенность
ПлатформаСистемы с Java и веб-браузеры без Java
Доступно в16 языков
Список языков
Каталонский, китайский, чешский, датский, голландский, английский, французский, немецкий, венгерский, индонезийский, итальянский, корейский, португальский, испанский, турецкий, украинский [1]
ТипМолекулярное моделирование
ЛицензияLGPL 2.0
Интернет сайтwww .jmol .org

Jmol - это компьютерная программа для молекулярного моделирования химических структур в 3-х измерениях . [2] Jmol возвращает трехмерное представление молекулы, которое можно использовать в качестве обучающего инструмента [3] или для исследований, например, в химии и биохимии . Он написан на языке программирования Java , поэтому может работать в операционных системах Windows , macOS , Linux и Unix , если Java установлена. Это бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом, выпущенное подСтандартная общественная лицензия ограниченного применения GNU (LGPL) версии 2.0. Существуют автономное приложение и комплект для разработки программного обеспечения (SDK), которые можно интегрировать в другие приложения Java, такие как Bioclipse и Taverna .

Популярной функцией является апплет, который можно интегрировать в веб-страницы для отображения молекул различными способами. Например, молекулы могут отображаться в виде моделей мяч и пряника , заполняющей пространство модели , ленточные диаграммы и т.д. [4] Jmol поддерживает широкий спектр химических форматов файлов , в том числе Protein Data Bank (PDB), кристалографически Information File ( cif), MDL Molfile (mol) и язык химической разметки (CML). Существует также версия JSmol только для JavaScript ( HTML5 ), которую можно использовать на компьютерах без Java. [5]

Апплет Jmol, среди других возможностей, предлагает альтернативу подключаемому модулю Chime [3], который больше не находится в стадии активной разработки. Хотя Jmol имеет множество функций, которых не хватает Chime, он не претендует на воспроизведение всех функций Chime, в первую очередь режима Sculpt . Chime требует установки подключаемого модуля и Internet Explorer 6.0 или Firefox 2.0 в Microsoft Windows или Netscape Communicator 4.8 в Mac OS 9 . Jmol требует установки Java и работает на самых разных платформах. Например, Jmol полностью работает в Mozilla Firefox ,Internet Explorer , Opera , Google Chrome и Safari .

Скриншоты [ править ]

  • Кристаллическая структура РНП H / ACA-бокса Pyrococcus furiosus .

  • Выделение двух солевых мостиков в тетрамере гемоглобина (гемогруппа в виде палочек внизу справа).

  • Фрагмент фактора транскрипции TFIIIA, образующий три последовательных мотива «цинковые пальцы», связанный с участком ДНК.

  • Эубактериальная 70S рибосома из Thermus thermophilus .

См. Также [ править ]

  • Комплект для разработки химии (CDK)
  • Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
  • Список бесплатных программных пакетов и пакетов с открытым исходным кодом
  • Список систем молекулярной графики
  • Молекулярная графика
  • Редактор молекул
  • Протеопедия
  • PyMOL
  • САМСОН
  • Улыбки

Ссылки [ править ]

  1. ^ Jmol переводы
  2. Перейти ↑ Chen, Jim X. (2008), Springer (ed.), Guide to Graphics Software Tools , p. 471, ISBN 978-1-84800-900-4
  3. ^ Б Herráez, A (2006), "биомолекулы в компьютере: Jmol к спасению" , биохимия и молекулярная биология Образования , 34 (4): 255-61, DOI : 10.1002 / bmb.2006.494034042644 , PMID 21638687 , S2CID 36319720  
  4. ^ Herráez, A (2007), Лула (ред.), Как использовать Jmol для изучения и Present молекулярных структур, том 1 , стр. 21, ISBN 978-1-84799-259-8
  5. ^ "JSmol" . Архивировано из оригинала на 2018-01-01 . Проверено 2 ноября 2015 .

Внешние ссылки [ править ]

  • Официальный веб-сайт
    • Wiki со списками веб-сайтов , вики и Mudles
  • Виллигаген, Эгон; Ховард, Мигель (июнь 2007 г.). «Быстрая молекулярная графика с возможностью создания сценариев в веб-браузерах без Java3D» . Природа предшествует . DOI : 10.1038 / npre.2007.50.1 .
  • Расширение jmol для MediaWiki