Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Корархеота
Korarchaeota.jpg
Сканирующая электронная микрофотография обогащенной культуры Обсидианового бассейна , на которой видны корархеи
Научная классификация
Домен:
Археи
Королевство:
« Протеоархея »
Суперфилум:
TACK
Тип:
Корархеота

Barns et al. 1996 г.
Разновидность
Синонимы
  • Korarchaeota Barns et al. 1996 г.
  • Xenarchaea
  • Xenarchaeota

В таксономии , то Korarchaeota является филом из археи . [1] Название происходит от греческого существительного koros или kore, что означает молодой мужчина или молодая женщина, и греческого прилагательного archaios, что означает древний. [2] Они также известны как Xenarchaeota .

Таксономия [ править ]

Корархей считается типом , который сам по себе является частью архейного суперфила TACK, который включает Thaumarchaeota , Aigarchaeota , Crenarchaeota и Korarchaeota. [3]

Филогения [ править ]

Анализ их последовательностей гена 16S рРНК позволяет предположить, что они представляют собой глубоко разветвленную линию, не принадлежащую к основным группам архей, Crenarchaeota и Euryarchaeota . [4] Анализ генома одной корархеоты, который был обогащен из смешанной культуры, выявил ряд особенностей как Crenarchaeota-, так и Euryarchaeota, и поддерживает гипотезу о глубоко ветвящемся предке. [5]

Контрольные виды [ править ]

Штамм Korarchaeum cryptofilum культивировали в обогащающей культуре из горячего источника в Йеллоустонском национальном парке в США, 2008 г. [5] Клетки длинные и игольчатые, что дало этому виду название, намекающее на его «криптические нити».

Экология [ править ]

Korarchaeota только были найдены в гидротермальных условиях. Похоже, что они диверсифицировались на разных филогенетических уровнях в зависимости от температуры, солености (пресная или морская вода) и / или географии. [6] Корархеи встречаются в природе лишь в небольшом количестве. [6] [7] [8]

В каждом из этих шести горячих источников (сверху слева по часовой стрелке: Узон4, Узон7, Узон8, Узон9, Мут11, Мут13) на Камчатке были обнаружены корархеи.
В каждом из этих шести горячих источников (по часовой стрелке сверху слева: Узон4, Узон7, Узон8, Узон9, Мут11, Мут13) на Камчатке обнаружены корархеи. [6]

Ссылки [ править ]

  1. ^ См. Веб-страницу NCBI о Корархеоте . Данные извлечены из "ресурсов таксономии NCBI" . Национальный центр биотехнологической информации . Проверено 19 марта 2007 .
  2. ^ Элкинс, JG; Подар, М; Graham, DE; и другие. (Июнь 2008 г.). «Геном корархей раскрывает понимание эволюции архей» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 105 (23): 8102–7. Bibcode : 2008PNAS..105.8102E . DOI : 10.1073 / pnas.0801980105 . PMC 2430366 . PMID 18535141 .  
  3. ^ Guy L, Ettema TJ (2011). «Суперфилум архей TACK и происхождение эукариот». Trends Microbiol . 19 (12): 580–7. DOI : 10.1016 / j.tim.2011.09.002 . PMID 22018741 . 
  4. ^ Сараи SM, Delwiche CF, Palmer JD, Pace NR (август 1996). «Перспективы разнообразия архей, термофилии и монофилии из экологических последовательностей рРНК» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 93 (17): 9188–93. Bibcode : 1996PNAS ... 93.9188B . DOI : 10.1073 / pnas.93.17.9188 . PMC 38617 . PMID 8799176 .  
  5. ^ a b Элкинс JG, Podar M, Graham DE, Makarova KS, Wolf Y, Randau L, Hedlund BP, Brochier-Armanet C, Kunin V, Anderson I, Lapidus A, Goltsman E, Barry K, Koonin EV, Hugenholtz P, Кирпидес Н., Ваннер Г., Ричардсон П., Келлер М., Стеттер К.О. (июль 2008 г.). «Геном корархей раскрывает понимание эволюции архей» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 105 (1): 8805–6. Bibcode : 2008PNAS..105.8102E . DOI : 10.1073 / pnas.0801980105 . PMC 2430366 . PMID 18535141 .  
  6. ^ a b c Auchtung TA, Шиндряева G, Cavanaugh CM (2011). «Филогенетический анализ 16S рРНК и количественное определение корархеот, обитающих в горячих источниках Камчатки, Россия». Экстремофилы . 15 (1): 105–116. DOI : 10.1007 / s00792-010-0340-5 . PMID 21153671 . S2CID 12091232 .  
  7. ^ Reigstad LJ, Йоргенсен SL, Schleper C (2010). «Разнообразие и обилие корархеот в наземных горячих источниках Исландии и Камчатской Ямайки» . ИСМЕ Дж . 4 (3): 346–56. DOI : 10.1038 / ismej.2009.126 . PMID 19956276 . 
  8. ^ Auchtung Thomas A. (2007) Экология гидротермального кандидата археологического подразделения, Korarchaeota . Кандидатская диссертация, Гарвардский университет.

Дальнейшее чтение [ править ]

Научные журналы [ править ]

  • Stackebrandt, E; Фредериксен В; Гаррити ГМ; Гримонт PA; Кампфер П; Maiden MC; Nesme X; Росселло-Мора Р; Качели J; Truper HG; Vauterin L; Палата переменного тока; Whitman WB (2002). «Отчет специального комитета по переоценке определения видов в бактериологии». Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 52 (Pt 3): 1043–1047. DOI : 10.1099 / ijs.0.02360-0 . PMID  12054223 .
  • Гуртлер, В; Mayall BC (2001). «Геномные подходы к типированию, систематике и эволюции бактериальных изолятов». Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 51 (Pt 1): 3–16. DOI : 10.1099 / 00207713-51-1-3 . PMID  11211268 .
  • Далеви, Д; Hugenholtz P; Блэколл LL (2001). «Подход нескольких внешних групп к разрешению филогенетических отношений на уровне деления с использованием данных 16S рДНК» . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 51 (Pt 2): 385–391. DOI : 10.1099 / 00207713-51-2-385 . PMID  11321083 .
  • Кесвани, Дж; Уитмен ВБ (2001). «Связь сходства последовательности 16S рРНК с гибридизацией ДНК в прокариотах» . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 51 (Pt 2): 667–678. DOI : 10.1099 / 00207713-51-2-667 . PMID  11321113 .
  • Янг, JM (2001). «Последствия альтернативных классификаций и горизонтального переноса генов для бактериальной таксономии». Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 51 (Pt 3): 945–953. DOI : 10.1099 / 00207713-51-3-945 . PMID  11411719 .
  • Christensen, H; Bisgaard M; Фредериксен В; Mutters R; Kuhnert P; Олсен JE (2001). «Достаточно ли характеристики одного изолята для достоверной публикации нового рода или вида? Предложение изменить рекомендацию 30b Бактериологического кодекса (пересмотр 1990 г.)» . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 51 (Pt 6): 2221–2225. DOI : 10.1099 / 00207713-51-6-2221 . PMID  11760965 .
  • Christensen, H; Angen O; Mutters R; Olsen JE; Бисгаард М (2000). «Гибридизация ДНК-ДНК определяется в микролунках с использованием ковалентного присоединения ДНК» . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 50 (3): 1095–1102. DOI : 10.1099 / 00207713-50-3-1095 . PMID  10843050 .
  • Сюй, HX; Кавамура Y; Ли Н; Zhao L; Ли ТМ; Li ZY; Шу С; Эзаки Т. (2000). «Экспресс-метод определения содержания G + C в бактериальных хромосомах путем мониторинга интенсивности флуоресценции во время денатурации ДНК в капиллярной трубке» . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 50 (4): 1463–1469. DOI : 10.1099 / 00207713-50-4-1463 . PMID  10939651 .
  • Янг, JM (2000). «Предложения по предотвращению продолжающейся путаницы с Бактериологическим Кодексом» . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 50 (4): 1687–1689. DOI : 10.1099 / 00207713-50-4-1687 . PMID  10939677 .
  • Hansmann, S; Мартин В. (2000). «Филогения 33 рибосомных и шести других белков, закодированных в древнем кластере генов, который сохраняется в геномах прокариот: влияние исключения плохо выравниваемых сайтов из анализа» . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 50 (4): 1655–1663. DOI : 10.1099 / 00207713-50-4-1655 . PMID  10939673 .
  • Тиндалл, Би Джей (1999). «Предложение об изменении Правила, регулирующего обозначение типовых штаммов, депонированных под номерами коллекции культур, выделенными для патентных целей» . Int. J. Syst. Бактериол . 49 (3): 1317–1319. DOI : 10.1099 / 00207713-49-3-1317 . PMID  10490293 .
  • Тиндалл, Би Джей (1999). «Предложение изменить Правило 18a, Правило 18f и Правило 30, чтобы ограничить обратные последствия изменений, принятых ICSB» . Int. J. Syst. Бактериол . 49 (3): 1321–1322. DOI : 10.1099 / 00207713-49-3-1321 . PMID  10425797 .
  • Тиндалл, Би Джей (1999). «Непонимание бактериологического кода» . Int. J. Syst. Бактериол . 49 (3): 1313–1316. DOI : 10.1099 / 00207713-49-3-1313 . PMID  10425796 .
  • Тиндалл, Би Джей (1999). «Предложения по обновлению и внесению изменений в Бактериологический кодекс» . Int. J. Syst. Бактериол . 49 (3): 1309–1312. DOI : 10.1099 / 00207713-49-3-1309 . PMID  10425795 .
  • Палис, Т; Накамура Л.К .; Cohan FM (1997). «Открытие и классификация экологического разнообразия в бактериальном мире: роль данных последовательности ДНК» . Int. J. Syst. Бактериол . 47 (4): 1145–1156. DOI : 10.1099 / 00207713-47-4-1145 . PMID  9336922 .
  • Euzeby, JP (1997). «Список названий бактерий со статусом в номенклатуре: папка, доступная в Интернете» . Int. J. Syst. Бактериол . 47 (2): 590–592. DOI : 10.1099 / 00207713-47-2-590 . PMID  9103655 .
  • Burggraf, S; Heyder P; Эйс Н (1997). «Основная группа архей». Природа . 385 (6619): 780. Bibcode : 1997Natur.385..780B . DOI : 10.1038 / 385780a0 . PMID  9039908 . S2CID  4357113 .
  • Сараи, СМ; Delwiche CF; Палмер Дж. Д.; Пейс Н.Р. (1996). «Перспективы разнообразия архей, термофилии и монофилии из экологических последовательностей рРНК» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 93 (17): 9188–9193. Bibcode : 1996PNAS ... 93.9188B . DOI : 10.1073 / pnas.93.17.9188 . PMC  38617 . PMID  8799176 .
  • Клейтон, РА; Sutton G; Hinkle PS Jr; Bult C; Поля C (1995). «Внутривидовые вариации в последовательностях малых субъединиц рРНК в GenBank: почему отдельные последовательности могут неадекватно представлять прокариотические таксоны» . Int. J. Syst. Бактериол . 45 (3): 595–599. DOI : 10.1099 / 00207713-45-3-595 . PMID  8590690 .
  • Сараи, СМ; Fundyga RE; Джеффрис М.В.; Пейс Н.Р. (1994). «Замечательное разнообразие архей обнаружено в среде горячих источников Йеллоустонского национального парка» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 91 (5): 1609–1613. Bibcode : 1994PNAS ... 91.1609B . DOI : 10.1073 / pnas.91.5.1609 . PMC  43212 . PMID  7510403 .
  • Мюррей, Р.Г.; Шлейфер KH (1994). «Таксономические заметки: предложение по регистрации свойств предполагаемых таксонов прокариот» . Int. J. Syst. Бактериол . 44 (1): 174–176. DOI : 10.1099 / 00207713-44-1-174 . PMID  8123559 .
  • Винкер, S; Woese CR (1991). «Определение доменов Archaea, Bacteria и Eucarya с точки зрения характеристик малых субъединиц рибосомной РНК». Syst. Appl. Microbiol . 14 (4): 305–310. DOI : 10.1016 / s0723-2020 (11) 80303-6 . PMID  11540071 .
  • Woese, CR; Кандлер О; Уилис М.Л. (1990). «К естественной системе организмов: предложение о доменах архей, бактерий и эукариев» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 87 (12): 4576–4579. Bibcode : 1990PNAS ... 87.4576W . DOI : 10.1073 / pnas.87.12.4576 . PMC  54159 . PMID  2112744 .
  • Ахенбах-Рихтер, L; Woese CR (1988). «Спейсерная область рибосомного гена в архебактериях». Syst. Appl. Microbiol . 10 (3): 211–214. DOI : 10.1016 / s0723-2020 (88) 80002-х . PMID  11542149 .
  • McGill, TJ; Юрка Дж; Собески JM; Пикетт MH; Woese CR; Фокс Г.Е. (1986). «Характерные олигонуклеотиды 16S рРНК архебактерий». Syst. Appl. Microbiol . 7 (2–3): 194–197. DOI : 10.1016 / S0723-2020 (86) 80005-4 . PMID  11542064 .
  • Woese, CR; Олсен GJ (1984). «Филогенетические отношения трех серозависимых архебактерий». Syst. Appl. Microbiol . 5 : 97–105. DOI : 10.1016 / S0723-2020 (84) 80054-5 . PMID  11541975 .
  • Woese, CR; Fox GE (1977). «Филогенетическая структура прокариотического домена: первичные царства» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 74 (11): 5088–5090. Bibcode : 1977PNAS ... 74.5088W . DOI : 10.1073 / pnas.74.11.5088 . PMC  432104 . PMID  270744 .

Научные книги [ править ]

Научные базы данных [ править ]

  • Ссылки PubMed для Korarchaeota
  • Ссылки PubMed Central для Korarchaeota
  • Ссылки Google Scholar по Korarchaeota

Внешние ссылки [ править ]

  • Страница таксономии NCBI для Korarchaeota
  • Поиск по страницам таксономии Tree of Life для Korarchaeota
  • Поиск Species2000 page для Korarchaeota
  • Страница MicrobeWiki для Korarchaeota
  • Страница LPSN для Korarchaeota