MetaCyc

MetaCyc

Содержание
Описание	База данных метаболических путей и ферментов
Контакт
Исследовательский центр	SRI International
Авторы	Р. Каспи, Х. Ферстер, Калифорния Фулчер, Л.А. Мюллер, Питер Карп
Первичное цитирование	Caspi et al. (2014) ^[1]
Дата выпуска	1997 г.
Доступ
Веб-сайт	metacyc .org

MetaCyc база данных является одним из крупнейших метаболических путей и ферментов база данных , доступных в настоящее время. Данные в базе данных собраны вручную из научной литературы и охватывают все области жизни. MetaCyc содержит обширную информацию о химических соединениях, реакциях, метаболических путях и ферментах. Данные были собраны из более чем 58 000 публикаций. ^[1]^[2]^[3]

MetaCyc был разработан для нескольких типов использования. Его часто используют как обширную онлайн-энциклопедию метаболизма. Кроме того, MetaCyc используется в качестве эталонного набора данных для компьютерного прогнозирования метаболической сети организмов на основе их секвенированных геномов; он использовался для прогнозирования путей распространения для тысяч организмов, в том числе в коллекции базы данных BioCyc . MetaCyc также используется в исследованиях метаболической инженерии и метаболомики .

MetaCyc включает мини-обзоры путей и ферментов, которые предоставляют справочную информацию, а также соответствующие ссылки на литературу. Он также предоставляет обширные данные об отдельных ферментах с описанием их субъединичной структуры, кофакторов, активаторов и ингибиторов, субстратной специфичности и, при наличии, кинетических констант. Данные MetaCyc о метаболитах включают химические структуры, прогнозируемую стандартную энергию образования и ссылки на внешние базы данных. Реакции в MetaCyc представлены на визуальном дисплее, который включает в себя структуры всех компонентов. Реакции сбалансированы и включают числа EC, направление реакции, предсказанные сопоставления атомов, которые описывают соответствие между атомами в соединениях-реагентах и соединениях-продуктах, а также вычисленную свободную энергию Гиббса .

Все объекты в MetaCyc кликабельны и обеспечивают легкий доступ к связанным объектам. Например, на странице L-лизина перечислены все реакции, в которых участвует L-лизин, а также ферменты, которые их катализируют, и пути, по которым эти реакции протекают.

Ссылки [ править ]

^ ^a ^b Каспи Р., Альтман Т., Биллингтон Р., Дреер К., Ферстер Х., Фулчер КА, Холланд Т.А., Кеселер И.М., Котари А., Кубо А., Крамменакер М., Латендресс М., Мюллер Л.А., Онг К., Палей С., Субхравети П. , Уивер Д.С., Вирасингхе Д., Чжан П., Карп П.Д. (январь 2014 г.). «База данных метаболических путей и ферментов MetaCyc и коллекция баз данных путей / генома BioCyc» . Nucleic Acids Res . 38 (выпуск базы данных): D473–9. DOI : 10.1093 / NAR / gkp875 . PMC 2808959 . PMID 19850718 .
^ "Публикации MetaCyc" .
^ Карп PD, Каспи R (сентябрь 2011). «Обзор метаболических баз данных с акцентом на семейство MetaCyc» . Arch. Toxicol . 85 (9): 1015–33. DOI : 10.1007 / s00204-011-0705-2 . PMC 3352032 . PMID 21523460 .

[pmid24225315-1] Каспи Р., Альтман Т., Биллингтон Р., Дреер К., Ферстер Х., Фулчер КА, Холланд Т.А., Кеселер И.М., Котари А., Кубо А., Крамменакер М., Латендресс М., Мюллер Л.А., Онг К., Палей С., Субхравети П. , Уивер Д.С., Вирасингхе Д., Чжан П., Карп П.Д. (январь 2014 г.). «База данных метаболических путей и ферментов MetaCyc и коллекция баз данных путей / генома BioCyc» . Nucleic Acids Res . 38 (выпуск базы данных): D473–9. DOI : 10.1093 / NAR / gkp875 . PMC 2808959 . PMID 19850718 .

[metacyc.org-2] "Публикации MetaCyc" .

[pmid21523460-3] Карп PD, Каспи R (сентябрь 2011). «Обзор метаболических баз данных с акцентом на семейство MetaCyc» . Arch. Toxicol . 85 (9): 1015–33. DOI : 10.1007 / s00204-011-0705-2 . PMC 3352032 . PMID 21523460 .

[1]