Концепция минимального генома предполагает, что геномы можно сократить до минимума, учитывая, что они содержат много несущественных генов, имеющих ограниченное или ситуативное значение для организма. Следовательно, если собрать набор всех основных генов , минимальный геном можно создать искусственно в стабильной среде. Добавляя больше генов, возможно создание организма с желаемыми свойствами. Концепция минимального генома возникла из наблюдений, что многие гены не нужны для выживания. [1] [2] Чтобы создать новый организм, ученый должен определить минимальный набор генов, необходимых для метаболизма и репликации.. Это может быть достигнуто путем экспериментального и компьютерного анализа биохимических путей, необходимых для осуществления основного обмена веществ и воспроизводства. [3] Хорошей моделью минимального генома является Mycoplasma genitalium из-за очень маленького размера генома. Большинство генов, используемых этим организмом, обычно считаются необходимыми для выживания; на основе этой концепции был предложен минимальный набор из 256 генов. [4]
Редукция генома в природе
Бактерии
Многие природные бактерии имеют уменьшенные геномы, даже если они не могут быть сокращены до минимума. Хотя эти геномы, таким образом, не являются «минимальными», они являются хорошими моделями сокращения генома и, следовательно, «минимальными геномами». Редукция генома чаще всего происходит у эндосимбиотических , паразитарных или патогенных бактерий, которые живут у их хозяев. Хозяин обеспечивает большинство питательных веществ, необходимых таким бактериям, следовательно, бактериям не нужны гены для производства таких соединений. Примеры включают виды Buchnera , Chlamydia , Treponema , Mycoplasma и многие другие. Один из наиболее редуцированных геномов свободноживущих бактерий был обнаружен у Pelagibacter ubique, который кодирует 1354 белка. Mycoplasma genitalium использовалась в качестве основной модели для минимальных геномов. Это урогенитальный патоген человека, имеющий самый маленький геном размером 580 т.п.н. и состоящий всего из 482 генов, кодирующих белок. [5]
Вирусы
У вирусов самый маленький геном в природе. Например, бактериофаг MS2 состоит всего из 3569 нуклеотидов (одноцепочечная РНК) и кодирует всего четыре белка. [6] Точно так же среди эукариотических вирусов цирковирусы свиней являются одними из самых маленьких. [7] Они кодируют только 2–3 открытых рамки считывания .
Возникновение минимального генома и создание синтетической микоплазмы
Эта концепция возникла в результате совместных усилий Национального управления по аэронавтике и исследованию космического пространства (НАСА) и двух ученых: Гарольда Моровица и Марка Туртеллотта. В 1960-х годах НАСА искало внеземные формы жизни, предполагая, что если они и существуют, то могут быть простыми существами. Чтобы привлечь внимание людей, Моровиц опубликовал статью о микоплазмах как о самых маленьких и простейших самовоспроизводящихся существах. НАСА и двое ученых объединились и пришли к идее собрать живую клетку из компонентов микоплазм. Микоплазмы были выбраны как лучший кандидат для повторной сборки клеток, поскольку они состоят из минимального набора органелл, таких как плазматическая мембрана, рибосомы и кольцевая двухцепочечная ДНК. Основная идея Моровица состояла в том, чтобы определить весь механизм микоплазм клеток на молекулярном уровне. Он объявил, что международные усилия помогут ему в достижении этой главной цели.
- Основной план состоял из:
- физическое и функциональное картирование с полным секвенированием микоплазмы
- Определите открытые рамки считывания (ORF)
- Определение кодируемых аминокислот
- Понимание функций генов
- Последний шаг: заново собрать клеточный аппарат микоплазмы.
К 1980-м годам лаборатория Ричарда Херрмана полностью секвенировала и генетически охарактеризовала геном M. pneumoniae размером 800 килобайт . Несмотря на небольшой размер генома, это все еще длилось три года. В 1995 году другая лаборатория из Мэриленда - Институт геномных исследований (TIGR) - сотрудничала с командами Джона Хопкинса и Университета Северной Каролины. Эта группа решила секвенировать геном Mycoplasma genitalium, состоящий всего из 580 т.п.н. генома. Это было сделано за 6 месяцев.
Данные секвенирования M. genitalium привели к открытию некоторых консервативных генов, которые в конечном итоге помогли определить жизнеспособность минимальной самовоспроизводящейся клетки. Отчасти поэтому M. genitalium стала главным кандидатом для проекта минимального генома.
Поиск минимального набора основных генов обычно осуществляется путем выборочной инактивации или делеции генов с последующим тестированием эффекта каждого из них при заданном наборе условий. Институт Дж. Крейга Вентера провел подобные эксперименты на M. genitalium и обнаружил 382 основных гена.
Позже институт Дж. Крейга Вентера начал проект по созданию синтетического организма под названием Mycoplasma labratorium с использованием минимального набора генов, идентифицированных из M. genitalium . [5]
Как начать реконструкцию
Реконструкция минимального генома возможна при использовании знаний о существующих геномах, с помощью которых также могут быть определены наборы генов, необходимые для жизни. Как только набор основных генетических элементов известен, можно приступить к определению ключевых путей и основных игроков путем моделирования моделирования и инженерии генома в лаборатории. Двумя организмами, на которых был применен «минимальный набор генов для клеточной жизни», были: Haemophilus influenzae и M. genitalium . Список ортологичных белков был составлен в надежде, что он будет содержать белок, необходимый для выживания клеток, поскольку ортологический анализ определяет, как два организма эволюционировали и отбрасывали все несущественные гены. Поскольку H. influenza и M. genitalium являются грамотрицательными и грамположительными бактериями, и в связи с их обширной эволюцией ожидалось, что эти организмы будут обогащены генами, имеющими универсальное значение. Однако 244 обнаруженных ортолога не содержали специфичных для паразитизма белков. Вывод этого анализа заключался в том, что аналогичные биохимические функции могут выполняться неортологичными белками. Даже когда были нанесены на карту биохимические пути этих двух организмов, несколько путей присутствовали, но многие из них были неполными. Белки, которые были определены как общие для двух организмов, не были ортологичны друг другу. Большая часть исследований в основном сосредоточена на наследственном геноме и меньше на минимальном геноме. Исследования этих существующих геномов помогли определить, что ортологичный ген, обнаруженный у этих двух видов, не обязательно необходим для выживания, на самом деле было обнаружено, что неортологичные гены более важны. Также было определено, что для того, чтобы белки имели одинаковые функции, им не обязательно иметь одинаковую последовательность или общие трехмерные складки. Различение ортологов и паралогов и обнаружение смещений ортологов оказалось весьма полезным для реконструкции эволюции и определения минимального набора генов, необходимого для клеточной жизни. Вместо проведения строгого ортологического исследования сравнение групп ортологов и встречаемости в большинстве клад вместо каждого вида помогло обнаружить потерянные или смещенные гены. Только полностью секвенированные геномы позволили изучить ортологи в группе организмов. Без полностью секвенированного генома невозможно определить необходимый минимальный набор генов, необходимый для выживания. [2]
Основные гены M. genitalium
J. Крейг Вентер институт (JCVI) провел исследование , чтобы найти все необходимые гены из M. гениталий через глобальные транспозоны мутагенез. В результате они обнаружили, что 382 из 482 генов, кодирующих белок, были важны. Гены, кодирующие белки с неизвестной функцией, составляют 28% набора генов, кодирующих основные белки. Перед проведением этого исследования JCVI провела еще одно исследование несущественных генов, генов, не требующихся для роста, M.genitalium , в котором они сообщили об использовании транспозонного мутагенеза . Несмотря на выяснение несущественных генов, не подтверждено, что продукты, которые производят эти гены, имеют какие-либо важные биологические функции. Только благодаря исследованиям существенности генов бактерий JCVI смогла составить гипотетический минимальный набор генов.
Исследование, опубликованное в 1999 и 2005 гг.
В исследовании JCVI 1999 года среди двух организмов, M. genitalium и Mycoplasma pneumoniae, они картировали около 2200 сайтов вставки транспозонов и идентифицировали 130 предполагаемых несущественных генов в генах, кодирующих белок M. genitalium, или ортологов M. pneumoniae генов M. genitalium . В своем эксперименте они вырастили набор трансформированных Tn4001 клеток в течение многих недель и выделили геномную ДНК из этой смеси мутантов . Ампликоны секвенировали для обнаружения сайтов встраивания транспозонов в геномах микоплазм. Гены, содержащие вставки транспозонов, были гипотетическими белками или белками, которые считались несущественными.
Между тем, во время этого процесса некоторые из деструктивных генов когда-то считались несущественными, после того как дальнейшие исследования оказались необходимыми. Причина этой ошибки могла быть связана с тем, что гены были толерантны к вставкам транспозонов и, следовательно, не были нарушены; клетки могли содержать две копии одного и того же гена; или генный продукт поставлялся более чем одной клеткой в этих смешанных пулах мутантов. Включение транспозона в ген означало, что он был нарушен, следовательно, несущественен, но поскольку они не подтвердили отсутствие генных продуктов, они ошибочно приняли все разрушающие гены как несущественные гены.
То же исследование 1999 года было позже расширено, а обновленные результаты были опубликованы в 2005 году.
Некоторые из подрывных генов считается важной были изолейцил и тирозил-тРНК синтетазы (MG345 и MG455), ДНК гена репликации DnaA (MG469), и ДНК - полимеразы III , субъединицы А (MG261). Они улучшили это исследование, выделив и охарактеризовав вставки M. genitalium Tn4001 в каждой колонии одну за другой. Индивидуальный анализ каждой колонии показал больше результатов и оценок основных генов, необходимых для жизни. Ключевым улучшением, которое они сделали в этом исследовании, было выделение и характеристика отдельных мутантов транспозонов. Ранее они выделили множество колоний, содержащих смесь мутантов. Подход клонирования фильтра помог в разделении смесей мутантов.
Теперь они заявляют о совершенно разных наборах несущественных генов. 130 несущественных генов, заявленных вначале, теперь сократились до 67. Из оставшихся 63 генов 26 генов были повреждены только у M. pneumoniae, что означает, что некоторые ортологи M. genitalium несущественных генов M. pneumoniae действительно были существенными.
К настоящему времени они полностью идентифицировали почти все несущественные гены в M. genitalium , количество нарушений генов на основе проанализированных колоний достигло плато в зависимости от функции, и они заявляют, что в общей сложности 100 несущественных генов из 482 генов, кодирующих белок. в M. genitalium
Конечным результатом этого проекта стало создание синтетического организма Mycoplasma labratorium на основе 387 кодирующей области белка и 43 структурных генов РНК, обнаруженных в M. genitalium . [8]
Лаборатория микоплазм
Этот проект в настоящее время все еще продолжается, и он, возможно, станет самой первой формой жизни, созданной людьми. Вполне вероятно, что это направление исследований может привести к созданию бактерии, которую в дальнейшем можно будет модифицировать для производства топлива, изготовления лекарств, принятия мер по борьбе с глобальным потеплением и производства антибиотиков .
В мае 2010 года JCVI успешно создала «синтетическую форму жизни», которая позволит им проанализировать набор генетических инструкций бактериальной клетки и увидеть, как это действительно работает. [9] Синтетическая форма жизни была создана путем замены ДНК существующей бактерии и ее замены ДНК, которая была создана и сконструирована искусственно.
Минимальные проекты генома
В ряде проектов предпринимались попытки идентифицировать основные гены вида. Это число должно приблизительно соответствовать «минимальному геному». Например, геном E. coli был уменьшен примерно на 30%, демонстрируя, что этот вид может жить с гораздо меньшим количеством генов, чем содержит геном дикого типа. [10]
В следующей таблице содержится список таких проектов минимального генома (включая различные используемые методы). [11]
Год | Организм | Метод |
---|---|---|
1996 г. | H. influenzae, кишечная палочка | In silico сравнение геномов [12] |
1998 г. | H. influenzae, S. pneumoniae | Мутагенез Tn и ДНК-фингерпринтинг [13] |
1999 г. | М. гениталий | Насыщающий мутагенез Tn [14] |
2000 г. | V. cholerae | Мутагенез Tn и промотор арабинозы [15] |
2001 г. | S. aureus | Антисмысловая РНК [16] |
2001 г. | М. bovis | Tn мутагенез и микроматрица [4] |
2002 г. | H. influenzae | Мутагенез Tn и ДНК-фингерпринтинг [17] |
2002 г. | Buchnera spp. | Сравнение последовательностей [18] |
2002 г. | С. cerevisiae | Систематическая делеция гена [19] |
2002 г. | S. aureus | Антисмысловая РНК [20] |
2002 г. | Кишечная палочка | Удаление красной рекомбиназы [21] |
2002 г. | Кишечная палочка | Cre / LoxP иссечение [22] |
Для получения дополнительной информации, пожалуйста, обратитесь также к разделу «Минимальный геномный проект» в «Лаборатории микоплазм» .
Количество основных генов
Количество основных генов у каждого организма разное. Фактически, каждый организм имеет разное количество основных генов, в зависимости от того, какой штамм (или индивидуум) тестируется. Кроме того, количество зависит от условий, в которых тестируется организм. У некоторых бактерий (или других микробов, таких как дрожжи) все или большинство генов были удалены индивидуально, чтобы определить, какие гены «необходимы» для выживания. Такие тесты обычно проводят на богатых средах, содержащих все питательные вещества. Однако, если все питательные вещества обеспечены, гены, необходимые для синтеза питательных веществ, не являются «необходимыми». Когда клетки выращивают на минимальной среде, гораздо больше генов необходимо, поскольку они могут потребоваться для синтеза таких питательных веществ (например, витаминов). Цифры, приведенные в следующей таблице, обычно были собраны с использованием мультимедийных материалов (но подробности см. В оригинальных ссылках).
Организм | Основные гены |
---|---|
кишечная палочка | 1617 |
Bacillus subtiis | 271 |
Haemophilus influenzae | 642 |
Пневмококк | 244 |
Mycoplasma genitalium | 381 |
Холерный вибрион | 779 |
Золотистый стафилококк | 653 |
Saccharomyces cerevisiae | 1110 |
Количество основных генов было собрано из Базы данных основных генов (DEG) [23], за исключением B. subtilis , где данные взяты из Genome News Network [24] [25] Организмы, перечисленные в этой таблице, были систематически протестированы. для основных генов. Для получения дополнительной информации о минимальном геноме, пожалуйста, обратитесь также к разделу «Другие роды» в «Mycoplasma labratorium» .
Первая самовоспроизводящаяся синтетическая клетка
20 мая 2010 г. - Исследователи из JCVI успешно создали синтетическую бактериальную клетку, способную к самовоспроизводству. Команда синтезировала 1,08 миллиона пар оснований хромосомы модифицированной Mycoplasma mycoides . Синтетическая клетка называется Mycoplasma mycoides JCVI-syn1.0. Одна из замечательных особенностей этой клетки заключается в том, что ее ДНК была встроена в компьютер и трансплантирована в клетку, из которой был удален ее собственный (исходный) геном. Исходные молекулы и протекающие реакционные сети клетки-реципиента затем использовали искусственную ДНК для создания дочерних клеток. Эти дочерние клетки имеют синтетическое происхождение и способны к дальнейшей репликации. Это доказывает, что геномы можно проектировать на компьютерах. Шаги, которые они применили для создания этого, заключались в том, что сначала они смоделировали модель этого генома с помощью вычислений, они идентифицировали ДНК с помощью водяных знаков; Затем они химически произвели этот геном в лаборатории и, наконец, трансплантировали этот геном в реципиентную клетку, чтобы получить синтетическую клетку, полностью контролируемую этим синтетическим геномом.
На выполнение первой половины проекта ушло 15 лет. Команда разработала точный оцифрованный геном M. mycoides . Всего было построено 1078 кассет длиной 1080 базовых пар. Эти кассеты были сконструированы таким образом, что конец каждой кассеты ДНК перекрывался 80 парами оснований. Собранный геном полностью пересаживали в дрожжевые клетки и выращивали как искусственную хромосому дрожжей. Эта синтетическая клетка теперь сможет показать ученым, как на самом деле работает клетка.
Теперь, когда в их лаборатории растут синтетические клетки, группа JCVI может сосредоточиться на своей конечной цели - синтезировать минимальную клетку, содержащую только основные гены, необходимые для жизни. [26]
Будущее направление и использование
Будущее направление: на основе достижений JCVI в области синтетической биологии, возможно, что в ближайшем будущем ученые смогут распространить геном M. genitalium в форме голой ДНК в реципиентные клетки микоплазмы и заменить их исходный геном синтетическим. геном. Поскольку микоплазмы не имеют клеточной стенки, возможен перенос голой ДНК в их клетки. Единственным требованием сейчас является метод включения синтетического генома M. genitalium в клетки микоплазмы. В какой-то степени это стало возможным, первая реплицирующаяся синтетическая клетка уже была разработана JCVI, и теперь они создают свою первую синтетическую жизнь, состоящую из минимального количества основных генов. Этот новый прорыв в синтетической биологии, безусловно, принесет новый подход к пониманию биологии; и эта переработка и создание прототипов геномов позже станет выгодным для биотехнологических компаний, позволяя им производить синтетические микробы, которые производят новые, более дешевые и лучшие биопродукты. [5]
Использование минимального генома:
- Идентификация основных генов
- Пониженная генетическая сложность, позволяющая повысить предсказуемость созданных штаммов.
- Создавайте растения, устойчивые к гербицидам или суровым условиям окружающей среды.
- Синтетическое производство фармацевтических препаратов
- Крупномасштабные преимущества: чистая энергия
- Возобновляемые химические вещества
- Удаление углерода из атмосферы.
- Создавайте полезных микробов, чтобы они производили биопродукты. [27]
Рекомендации
- ^ Манилов, Джек (1996). «Минимальный клеточный геном:« Правильный размер » » . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 93 (19): 10004–6. Bibcode : 1996PNAS ... 9310004M . DOI : 10.1073 / pnas.93.19.10004 . JSTOR 40326 . PMC 38325 . PMID 8816738 .
- ^ а б Мушегян, Аркадий (1999). «Концепция минимального генома». Текущее мнение в области генетики и развития . 9 (6): 709–14. DOI : 10.1016 / S0959-437X (99) 00023-4 . PMID 10607608 .
- ^ Ogata, H .; Перейти к с.; Sato, K .; Fujibuchi, W .; Bono, H .; Канехиса, М. (1999). «KEGG: Киотская энциклопедия генов и геномов» . Исследования нуклеиновых кислот . 27 (1): 29–34. DOI : 10.1093 / NAR / 27.1.29 . PMC 148090 . PMID 9847135 .
- ^ а б Хатчисон III, Калифорния; Петерсон, С. Н.; Gill, SR; Клайн, РТ; Белый, О; Фрейзер, СМ; Смит, Х.о .; Вентер, JC (1999). «Глобальный мутагенез транспозонов и минимальный геном микоплазмы». Наука . 286 (5447): 2165–9. DOI : 10.1126 / science.286.5447.2165 . PMID 10591650 .
- ^ а б в Разин, С; Хейфлик, L (2010). «Основные моменты исследования микоплазм - историческая перспектива». Биологические препараты . 38 (2): 183–90. DOI : 10.1016 / j.biologicals.2009.11.008 . PMID 20149687 .
- ^ Fiers, W .; Contreras, R .; Duerinck, F .; Haegeman, G .; Iserentant, D .; Merregaert, J .; Мин Джоу, Вт .; Molemans, F .; Raeymaekers, A .; Van Den Berghe, A .; Volckaert, G .; Изебаерт, М. (1976). «Полная нуклеотидная последовательность РНК бактериофага MS2: первичная и вторичная структура гена репликазы». Природа . 260 (5551): 500–507. Bibcode : 1976Natur.260..500F . DOI : 10.1038 / 260500a0 . PMID 1264203 .
- ^ Эллис, Дж (2014). «Цирковирус свиней: историческая перспектива». Ветеринарная патология . 51 (2): 315–27. DOI : 10.1177 / 0300985814521245 . PMID 24569612 .
- ^ Гласс, Иоанн I .; Асад-Гарсия, Накира; Альперович, Нина; Юсеф, Шибу; Льюис, Мэтью Р .; Маруф, Махир; Hutchison, Clyde A .; Смит, Гамильтон O .; Вентер, Дж. Крейг (2006). «Основные гены минимальной бактерии» . Труды Национальной академии наук . 103 (2): 425–30. Bibcode : 2006PNAS..103..425G . DOI : 10.1073 / pnas.0510013103 . JSTOR 30048318 . PMC 1324956 . PMID 16407165 .
- ^ http://www.jcvi.org/cms/research/projects/first-self-replicating-synthetic-bacterial-cell/overview [ требуется полная ссылка ]
- ^ Като, Дзюн-ичи; Хашимото, Масаюки (2008). Конструирование мутантов Escherichia coli с длинной хромосомной делецией и минимизация генома . Методы молекулярной биологии. 416 . С. 279–293. DOI : 10.1007 / 978-1-59745-321-9_18 . ISBN 978-1-58829-378-7. ISSN 1064-3745 . PMID 18392974 .
- ^ Смолли, Даррен Дж; Уайтли, Марвин; Конвей, Тиррелл (2003). «В поисках минимального генома Escherichia coli». Тенденции микробиологии . 11 (1): 6–8. DOI : 10.1016 / S0966-842X (02) 00008-2 . PMID 12526847 .
- ^ Липтон, Мэри С .; Паа-Толи, Льяна; Андерсон, Гордон А .; Андерсон, Дэвид Дж .; Auberry, Deanna L .; Баттиста, Джон Р .; Дейли, Майкл Дж .; Фредриксон, Джим; и другие. (2002). «Глобальный анализ протеома Deinococcus radiodurans с использованием точных массовых меток» . Труды Национальной академии наук . 99 (17): 11049–54. Bibcode : 2002PNAS ... 9911049L . DOI : 10.1073 / pnas.172170199 . JSTOR 3059520 . PMC 129300 . PMID 12177431 .
- ^ Сассетти, Кристофер М .; Бойд, Дана Х .; Рубин, Эрик Дж. (2001). «Комплексная идентификация условно незаменимых генов у микобактерий» . Труды Национальной академии наук . 98 (22): 12712–7. Bibcode : 2001PNAS ... 9812712S . DOI : 10.1073 / pnas.231275498 . JSTOR 3056971 . PMC 60119 . PMID 11606763 .
- ^ Гиавер, Гури; Чу, Анджела М .; Ni, Li; Коннелли, Карла; Райлз, Линда; Веронно, Стив; Доу, Салли; Лукау-Данила, Анкута; и другие. (2002). «Функциональное профилирование генома Saccharomyces cerevisiae». Природа . 418 (6896): 387–91. Bibcode : 2002Natur.418..387G . DOI : 10,1038 / природа00935 . PMID 12140549 .
- ^ Акерли, Брайан Дж .; Рубин, Эрик Дж .; Новик, Вероника Л .; Амая, Кенсей; Джадсон, Николас; Мекаланос, Джон Дж. (2002). «Анализ в масштабе генома для идентификации генов, необходимых для роста или выживания Haemophilus influenzae» . Труды Национальной академии наук . 99 (2): 966–71. Bibcode : 2002PNAS ... 99..966A . DOI : 10.1073 / pnas.012602299 . JSTOR 3057674 . PMC 117414 . PMID 11805338 .
- ^ Форсайт, Р. Аллин; Haselbeck, Роберт Дж .; Ohlsen, Kari L .; Ямамото, Роберт Т .; Сюй, Ховард; Trawick, John D .; Стена, Дэниел; Ван, Лянсу; и другие. (2002). «Общегеномная стратегия для идентификации основных генов Staphylococcus aureus» . Молекулярная микробиология . 43 (6): 1387–400. DOI : 10.1046 / j.1365-2958.2002.02832.x . PMID 11952893 .
- ^ Акерли, Брайан Дж .; Рубин, Эрик Дж .; Камилли, Эндрю; Лампе, Дэвид Дж .; Робертсон, Хью М .; Мекаланос, Джон Дж. (1998). «Систематическая идентификация основных генов морским мутагенезом in vitro» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 95 (15): 8927–32. Bibcode : 1998PNAS ... 95.8927A . DOI : 10.1073 / pnas.95.15.8927 . JSTOR 45862 . PMC 21179 . PMID 9671781 .
- ^ Гил, Росарио; Сабатер-Муньос, Беатрис; Латорре, Ампаро; Silva, Francisco J .; Моя, Андрес (2002). «Чрезвычайное сокращение генома у видов Buchnera: на пути к минимальному геному, необходимому для симбиотической жизни» . Труды Национальной академии наук . 99 (7): 4454–8. Bibcode : 2002PNAS ... 99.4454G . DOI : 10.1073 / pnas.062067299 . JSTOR 3058325 . PMC 123669 . PMID 11904373 .
- ^ Бохнер, BR; Гадзинский, П; Паномитрос, Э (2001). «Фенотип MicroArrays для высокопроизводительного фенотипического тестирования и анализа функции генов» . Геномные исследования . 11 (7): 1246–55. DOI : 10.1101 / gr.186501 . PMC 311101 . PMID 11435407 .
- ^ Джадсон, Николас; Мекаланос, Джон Дж. (2000). «TnAraOut, основанный на транспозонах подход для идентификации и характеристики основных бактериальных генов». Природа Биотехнологии . 18 (7): 740–5. DOI : 10,1038 / 77305 . PMID 10888841 .
- ^ Холден, К. (2002). «Создан альянс с моделью E. Coli». Наука . 297 (5586): 1459–60. DOI : 10.1126 / science.297.5586.1459a . PMID 12202792 .
- ^ Ю, Бён Джо; Ким, Сун Чанг (2008). «Минимизация генома Escherichia coli с использованием системы эксцизии Cre / loxP, нацеленной на Tn5». В Остермане, Андрей Л .; Гердес, Светлана Ю. (ред.). Сущность микробных генов: протоколы и биоинформатика . Методы молекулярной биологии. 416 . С. 261–77. DOI : 10.1007 / 978-1-59745-321-9_17 . ISBN 978-1-58829-378-7. PMID 18392973 .
- ^ Zhang, R .; Лин, Ю. (2009). «DEG 5.0, база данных основных генов прокариот и эукариот» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (Выпуск базы данных): D455–8. DOI : 10.1093 / NAR / gkn858 . PMC 2686491 . PMID 18974178 .
- ^ Э. Уинстед: Другой минимальный геном: микробу нужен всего 271 ген , в GNN (18 апреля 2003 г.)
- ^ К. Кобаяши и др.: Основные гены Bacillus subtilis. , in: Proc Natl Acad Sci USA 100, 4678-4683 (15 апреля 2003 г.)
- ^ Ковальски, Хизер. «Первая самовоспроизводящаяся синтетическая бактериальная клетка» . Пресс-релиз. Архивировано из оригинального 23 мая 2010 года . Проверено 17 декабря 2012 года .
- ^ Чо, МК; Магнус, Д; Caplan, AL; Макги, Д. (1999). «Этические соображения при синтезе минимального генома». Наука . 286 (5447): 2087, 2089–90. DOI : 10.1126 / science.286.5447.2087 . PMID 10617419 .