Minimotif Miner - это программа и база данных, предназначенная для определения минимотифов в любом белке. [2] [3] [4] Minimotifs - короткие смежные пептидные последовательности, которые, как известно, выполняют функцию по крайней мере в одном белке. Minimotifs также называется мотивы последовательности или короткие линейные мотивы или Slims. Обычно они ограничиваются одним элементом вторичной структуры и имеют длину менее 15 аминокислот.
Содержание | |
---|---|
Описание | расширение базы данных и значительно улучшенное сокращение ложноположительных прогнозов на основе согласованных последовательностей. |
Контакт | |
Лаборатория | Сангутевар Раджасекаран и Мартин Р. Шиллер |
Авторы | Ми, Тиан; Мерлин Джерлин Камилус, Деверасетти Сандип, Грик Майкл Р., Билл Трэвис Дж., Брукс Эндрю В., Ли Логан Й., Ратнаяке Вирадж, Росс Кристиан А., Сарджант Дэвид П., Стронг Кристи Л., Уоттс Паула, Раджасекаран Сангутевар, Шиллер Мартин Р. |
Первичное цитирование | Ми, Тиан; Мерлин Джерлин Камилус, Деверасетти Сандип, Грик Майкл Р., Билл Трэвис Дж, Брукс Эндрю В., Ли Логан И., Ратнаяке Вирадж, Росс Кристиан А., Сарджант Дэвид П., Стронг Кристи Л., Уоттс Паула, Раджасекаран Сангутевар, Шиллер Мартин Р. (2012) [1] |
Дата выпуска | 2011 г. |
Доступ | |
Веб-сайт | http://mnm.engr.uconn.edu http://minimotifminer.org |
Описание
Функции могут быть связывающие мотивы , которые связываются другой макромолекулы или маленькое соединение, которые вызывают ковалентную модификацию minimotif, или участвуют в торговле людьми белка белка , содержащего minimotif. Основная предпосылка Minimotif Miner заключается в том, что короткая пептидная последовательность, как известно, выполняет функцию в одном белке, может иметь аналогичную функцию в другом запрашиваемом белке. Текущий выпуск базы данных MnM 3.0 содержит ~ 300 000 минимальных объявлений, и их можно найти на веб-сайте.
Есть два рабочих процесса, которые представляют интерес для ученых, использующих Minimotif Miner: 1) Ввод любого белка запроса в Minimotif Miner возвращает таблицу со списком последовательностей Minimotif и функций, у которых шаблон последовательности совпадает с последовательностью запроса белка. Они обеспечивают потенциально новые функции в запросе белка. 2) Используя функцию просмотра однонуклеотидного полиморфизма (SNP), SNP из dbSNP отображаются в окне последовательности. Пользователь может выбрать любой набор SNP, а затем определить любой минимотив, который вводится или устраняется SNP или мутацией. Это помогает идентифицировать минимотивы, участвующие в создании разнообразия организмов, или те, которые могут быть связаны с заболеванием.
Типичные результаты MnM предсказывают более 50 новых минимотивов для белкового запроса. Основное ограничение в этом типе анализа состоит в том, что низкая сложность последовательности коротких минимотивов дает ложноположительные предсказания, когда последовательность встречается в белке случайно, а не потому, что она содержит предсказанную функцию. MnM 3.0 представляет библиотеку расширенных эвристик и фильтров, которые позволяют значительно снизить количество ложноположительных прогнозов. Эти фильтры используют минимальную сложность, расположение поверхности белка, молекулярные процессы, клеточные процессы, белок-белковые взаимодействия и генетические взаимодействия. Недавно мы объединили все эти эвристики в один составной фильтр, который добился значительного прогресса в решении этой проблемы с высокой точностью предсказания минимальных значений, как это было измерено в исследовании производительности, в котором оценивались как чувствительность, так и специфичность.
Смотрите также
Рекомендации
- ^ Ми, Тиан; Мерлин Джерлин Камилус; Деверасетти Сандип; Грик Майкл Р; Билл Трэвис Дж; Брукс Эндрю В; Ли Логан Y; Ратнаяке Вирадж; Росс Кристиан А; Сержант Дэвид П.; Strong Christy L; Уоттс Паула; Раджасекаран Сангутевар; Шиллер Мартин Р. (январь 2012 г.). «Minimotif Miner 3.0: расширение базы данных и значительно улучшенное сокращение числа ложноположительных прогнозов на основе согласованных последовательностей» . Nucleic Acids Res . Англия. 40 (1): D252–60. DOI : 10.1093 / NAR / gkr1189 . PMC 3245078 . PMID 22146221 .
- ^ Шиллер, Мартин Р. (2007). «Minimotif Miner: вычислительный инструмент для исследования функции белков, болезней и генетического разнообразия». Текущие протоколы в науке о белке . 48 : 2.12.1–2.12.14. DOI : 10.1002 / 0471140864.ps0212s48 . ISBN 978-0-471-14086-3. PMID 18429315 .
- ^ Раджасекаран, Сангутевар; Балла, Судха; Гради, Патрик; Грик, Майкл Р .; Кадаверу, Кришна; Кундети, Вамси; MacIejewski, Mark W .; Ми, Тиан; и другие. (2009). «Minimotif miner 2-й релиз: база данных и веб-система для поиска мотивов» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (Выпуск базы данных): D185–90. DOI : 10.1093 / NAR / gkn865 . PMC 2686579 . PMID 18978024 .
- ^ Балла, Судха; Тапар, Вишал; Верма, Снигда; Луонг, Тайбинь; Фагри, Таназ; Хуанг, Чун-Си; Раджасекаран, Сангутевар; дель Кампо, Джейкоб Дж; Шинн, Джессика Х; Молер, Уильям А; Maciejewski, Mark W; Грик, Майкл Р; Пиччирилло, Брайан; Шиллер, Стэнли Р.; Шиллер, Мартин Р. (2006). «Minimotif Miner, инструмент для исследования функции белков». Методы природы . 3 (3): 175–177. DOI : 10.1038 / nmeth856 . PMID 16489333 .
дальнейшее чтение
- Вьяс, Джей; Ноулинг, Рональд Дж .; MacIejewski, Mark W .; Раджасекаран, Сангутевар; Грик, Майкл Р .; Шиллер, Мартин Р. (2009). «Предлагаемый синтаксис для Minimotif Semantics, версия 1» . BMC Genomics . 10 : 360. DOI : 10.1186 / 1471-2164-10-360 . PMC 2733157 . PMID 19656396 .
- Вьяс, Джей; Ноулинг, Рональд Дж .; Meusburger, Томас; Сарджант, Дэвид; Кадаверу, Кришна; Грик, Майкл Р .; Кундети, Вамси; Раджасекаран, Сангутевар; Шиллер, Мартин Р. (2010). «MimoSA: система аннотаций Minimotif» . BMC Bioinformatics . 11 : 328. DOI : 10,1186 / 1471-2105-11-328 . PMC 2905367 . PMID 20565705 .
- Кадаверу, Кришна; Вьяс, Джей; Шиллер, Мартин Р. (2008). «Вирусная инфекция и болезни человека - идеи от minimotifs» . Границы биологических наук . 13 (13): 6455–71. DOI : 10,2741 / 3166 . PMC 2628544 . PMID 18508672 .
Внешние ссылки
- Minimotif Майнер 3.0
- MinimotifMiner.org
- Механизм запросов Minimotif Miner
- Bio-toolkit.com