Из Википедии, бесплатной энциклопедии
  (Перенаправлено из Multiplex-PCR )
Перейти к навигации Перейти к поиску

Мультиплексная полимеразная цепная реакция ( Мультиплексная ПЦР ) относится к использованию полимеразной цепной реакции для одновременной амплификации нескольких различных последовательностей ДНК (как если бы одновременно выполнялось несколько отдельных реакций ПЦР в одной реакции). Этот процесс амплифицирует ДНК в образцах с использованием нескольких праймеров и температурно-зависимой ДНК-полимеразы в термоциклере . Дизайн праймеров для всех пар праймеров должен быть оптимизирован, чтобы все пары праймеров могли работать при одинаковой температуре отжига во время ПЦР.

Мультиплексная ПЦР была впервые описана в 1988 году как метод обнаружения делеций в гене дистрофина . [1] Он также использовался с геном стероидной сульфатазы . [2] В 2008 г. мультиплексная ПЦР использовалась для анализа микросателлитов и SNP . [3] В 2020 году были разработаны мультиплексные анализы RT-PCR, которые объединили несколько генных мишеней из Центра болезней и контроля в одной реакции, чтобы повысить доступность молекулярного тестирования и пропускную способность для диагностики SARS-CoV-2 . [4]

Мультиплексная ПЦР состоит из нескольких наборов праймеров в одной смеси ПЦР для получения ампликонов различного размера, специфичных для разных последовательностей ДНК. За счет одновременного нацеливания на несколько последовательностей можно получить дополнительную информацию из одного тестового прогона, для которого в противном случае потребовалось бы в несколько раз больше реагентов и больше времени для выполнения. Температуры отжига для каждого из наборов праймеров должны быть оптимизированы для правильной работы в рамках одной реакции, а размеры ампликонов, то есть длина их пары оснований, должны быть достаточно разными, чтобы формировать отдельные полосы при визуализации с помощью гель-электрофореза.. В качестве альтернативы, если размеры ампликонов перекрываются, разные ампликоны можно дифференцировать и визуализировать с использованием праймеров, окрашенных флуоресцентными красителями разного цвета. Имеются коммерческие наборы для мультиплексирования для ПЦР, которые используются многими лабораториями судебной экспертизы для амплификации образцов деградированной ДНК.

Приложения [ править ]

Некоторые из применений мультиплексной ПЦР включают:

  1. Идентификация патогена [5]
  2. Генотипирование SNP с высокой пропускной способностью [6]
  3. Анализ мутаций [7]
  4. Анализ деления гена [8]
  5. Количественное определение шаблона [9]
  6. Анализ связей [10]
  7. Обнаружение РНК [11]
  8. Судебно-медицинские исследования [12]
  9. Анализ диеты [13]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Чемберлен Дж. С., Гиббс Р. А., Раньер Дж. Э., Нгуен П. Н., Каски Коннектикут (1988). «Делеционный скрининг локуса мышечной дистрофии Дюшенна посредством мультиплексной амплификации ДНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 16 (23): 11141–11156. DOI : 10.1093 / NAR / 16.23.11141 . PMC  339001 . PMID  3205741 .
  2. ^ Баллабио~d А, Ranier JE, Чемберлен JS, Золло М, Каски КТ (1990). «Скрининг делеций гена стероидсульфатазы (STS) путем мультиплексной амплификации ДНК» (PDF) . Генетика человека . 84 (6): 571–573. DOI : 10.1007 / BF00210812 . ЛВП : 2027,42 / 47626 . PMID 2338343 .  
  3. ^ Hayden MJ, Нгуен Т.М., Waterman A, Чалмерс KJ (2008). «Мультиплексная ПЦР: новый метод мультиплексного SSR- и SNP-генотипирования» . BMC Genomics . 9 : 80. DOI : 10.1186 / 1471-2164-9-80 . PMC 2275739 . PMID 18282271 .  
  4. ^ Перкетти, Джорджия; Налла, AK; Хуанг, ML; Джером, КР; Гренингер, А.Л. (2020). «Мультиплексные наборы праймеров / зондов для обнаружения SARS-CoV-2 с помощью qRT-PCR» . Журнал клинической вирусологии . 129 : 104499. DOI : 10.1016 / j.jcv.2020.104499 . PMID 32535397 . 
  5. ^ Järvinen, Анна-Каарин; Лааксо, Санна; Пийпаринен, Паси; Айттакорпи, Энн; Линдфорс, Мерджа; Хуопаниеми, Лаура; Пийпаринен, Хели; Мяки, Минна (2009). «Быстрая идентификация бактериальных патогенов с помощью анализа на основе ПЦР и микрочипов» . BMC Microbiology . 9 : 161. DOI : 10,1186 / 1471-2180-9-161 . PMC 2741468 . PMID 19664269 .  
  6. ↑ Мякишев, М.В. (2001). «Высокопроизводительное генотипирование SNP с помощью аллель-специфической ПЦР с универсальными праймерами, меченными переносом энергии» . Геномные исследования . 11 (1): 163–169. DOI : 10.1101 / gr.157901 . PMC 311033 . PMID 11156625 .  
  7. ^ Морлан, Джон; Бейкер, Жоффр; Sinicropi, Доминик (2009). «Обнаружение мутаций с помощью ПЦР в реальном времени: простой, надежный и высокоселективный метод» . PLOS ONE . 4 (2): e4584. Bibcode : 2009PLoSO ... 4.4584M . DOI : 10.1371 / journal.pone.0004584 . PMC 2642996 . PMID 19240792 .  
  8. ^ Abbs, S; Бобров, М. (1992). «Анализ количественной ПЦР для диагностики носителей делеции и дупликации в гене дистрофина» . Журнал медицинской генетики . 29 (3): 191–196. DOI : 10.1136 / jmg.29.3.191 . PMC 1015896 . PMID 1552558 .  
  9. ^ «Добро пожаловать | Средство криминалистического анализа ДНК» (PDF) .
  10. Перейти ↑ Reis, Andre (1991). «ПЦР в анализе сцепления генетических заболеваний». Темы ПЦР . С. 75–79. DOI : 10.1007 / 978-3-642-75924-6_15 . ISBN 978-3-540-52934-7.
  11. ^ Miyakawa, Y .; Yoshizawa, H .; Mishiro, S .; Machida, A .; Akahane, Y .; Sugai, Y .; Танака, Т .; Sugiyama, Y .; Okada, S .; Окамото, Х. (август 1990 г.). «Обнаружение РНК вируса гепатита С с помощью двухэтапной полимеразной цепной реакции с двумя парами праймеров, выведенными из 5'-некодирующей области». Японский журнал экспериментальной медицины . 60 (4): 215–222. PMID 1963453 . 
  12. ^ «Доказательства ДНК: основы анализа» .
  13. ^ Dunshea, Гленн (2009). «Анализ диеты на основе ДНК для любого хищника» . PLOS ONE . 4 (4): e5252. Bibcode : 2009PLoSO ... 4.5252D . DOI : 10.1371 / journal.pone.0005252 . PMC 2668750 . PMID 19390570 .