Клуб под названием НК Вуковар '91 был основан в Загребе беженцами из Вуковара во время войны за независимость Хорватии . В 1992 году недавно основанный «Вуковар-91» объединился с «НК Слога », более старым клубом из Вуковара.
Наибольший успех клуба пришелся на сезон 1998–99 , когда «Вуковар» выиграл второй хорватский дивизион , заработав продвижение команды в Prva HNL . Они продержались в высшем дивизионе всего один сезон и вылетели, заняв последнее место.
В сезоне 2001–02 они заняли первое место в Северном дивизионе «Друга ХНЛ», но потерпели поражение от Шибеника в двухматчевом плей-офф промоушена. В сезоне 2007–08 они вылетели из «Друга ХНЛ», но сумели вернуться всего после одного сезона в третьем эшелоне хорватского футбола. Их третий период в «Друга ХНЛ» длился недолго, и в конце сезона 2010–11 они снова вылетели в низшую лигу .
В январе 2012 года клуб вышел из Treća HNL East из-за финансовых трудностей. [1] 8 февраля 2012 года было объявлено, что клуб официально распущен из-за больших долгов. [2] Летом 2012 года был сформирован новый клуб под названием ХНК Вуковар 1991.