Из Википедии, бесплатной энциклопедии
  (Перенаправлено с Neobacteria )
Перейти к навигации Перейти к поиску

Euryarchaeota
Halobacteria.jpg
Halobacterium sp. штамм NRC-1, каждая клетка длиной около 5 мкм.
Научная классификация
Домен:
Археи
Королевство:
Euryarchaeota

Классы [5]
Синонимы
  • Euryarchaeota Woese et al. 1990 г.
  • Эвриархеота Гаррити и Холт 2002
  • не Euryarchaeota Cavalier-Smith 2002

Эвриархеоты (греческий язык для «широкого старого качества») является фила из архей . [6] Это один из двух типов архей, другой - кренархей . [7] Эвриархеи очень разнообразны и включают метаногены , которые производят метан и часто встречаются в кишечнике, галобактерии , которые выживают при экстремальных концентрациях соли , а также некоторые чрезвычайно термофильные аэробы и анаэробы, которые обычно живут при температурах от 41 до 122 ° C. Они отделены от других архей в основном на основе последовательностей рРНК и их уникальной ДНК-полимеразы. [8]

Описание [ править ]

Эвриархеоты разнообразны по внешнему виду и метаболическими свойствами. Тип содержит организмы самых разных форм, включая палочки и кокки . Euryarchaeota может быть грамположительной или грамотрицательной в зависимости от того, присутствует ли псевдомуреин в клеточной стенке. [9] Euryarchaeota также демонстрируют разнообразный образ жизни, включая метаногены, галофилы, сульфатредукторы и экстремальные термофилы в каждом из них. [9] Другие живут в океане, взвешенные планктоном и бактериями. Хотя эти морские эвриархеи сложно культивировать и изучать в лаборатории, геномное секвенирование предполагает, что они подвижны.гетеротрофы . [10]

Хотя ранее считалось, что эвриархеи обитают только в экстремальных условиях (с точки зрения температуры, содержания соли и / или pH), статья Корженкова и др., Опубликованная в январе 2019 года, показала, что эвриархеи также живут в умеренных средах, таких как низкие температуры. кислая среда. В некоторых случаях эвриархей было больше, чем присутствующих бактерий. [11] Euryarchaeota также была обнаружена в других умеренных средах, таких как водные источники, болота, почва и ризосферы . [7] Некоторые эвриархеи легко адаптируются; Отряд, называемый Halobacteriales, обычно встречается в чрезвычайно соленой и богатой серой окружающей среде, но может также расти при концентрациях соли до 2,5% в морской воде. [7]В ризосферах присутствие эвриархей, по-видимому, зависит от присутствия микоризных грибов ; более высокая популяция грибов коррелировала с более высокой частотой и разнообразием эвриархеот, в то время как отсутствие микоризных грибов коррелировало с отсутствием эвриархеот. [7]

Филогения [ править ]

В настоящее время принятая таксономия основана на Списке названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN) [12] и Национальном центре биотехнологической информации (NCBI) [13], а филогения основана на выпуске 121 LTP на основе 16S рРНК, разработанном «The Проект «Всевидовое живое дерево» . [14]

Euryarchaeota 
 

 Метанопири

 
 
 

 Метанококки

 
 
 
 

 Термококки

 
 

 Термоплазмы

 
 
 
 

 Метанобактерии

 
 
 

 Археоглоби

 
 
 

 Метаномикробия

 
 

 Галоархеи

 
 
 
 
 
 
 

Другой филогенетический анализ предположил, что археи клады DPANN также могут принадлежать к Euryarchaeota и что они могут даже быть полифилетической группой, занимающей разные филогенетические позиции внутри Euryarchaeota. Также обсуждается, следует ли классифицировать тип Altiarchaeota в DPANN или Euryarchaeota. [15] Кладограмма, суммирующая это предложение, представлена ​​на графике ниже. [16] [17] Группы, отмеченные кавычками, являются линиями передачи, присвоенными DPANN, но филогенетически отделенными от остальных.

 

Бактерии

 
Археи
Euryarchaeota
 
 

Термококки

 
 
 

Гадесархея

 
 
 
 

Метанобактерии

 
 
 

Метанопири

 
 

Метанококки

 
 
 
 
 
 

Термоплазмы

 
 
 

Археоглоби

 
 
 

Метаномикробия

 
 
 

« Нанохалоархеота »

 
 

Галоархеи

 
 
 
 
 
 
 

« Алтиархеота »

 
DPANN
 
 

Диаферотриты

 
 

Micrarchaeota

 
 
 
 

Undinarchaeota

 
 
 

Aenigmarchaeota

 
 
 
 

Наноархей

 
 

Parvarchaeota

 
 
 
 

Мамархеота

 
 
 

Pacearchaeota

 
 

Woesearchaeota

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Протеоархеи
 

TACK

 
Асгард
 
 

Lokiarchaeota

 
 
 

Odinarchaeota

 
 

Торархеота

 
 
 
 
 

Heimdallarchaeota

 
( + α─Протеобактерии )

Эукариоты

 
 
 
 
 

См. Также [ править ]

  • Ацидофильные наноорганизмы архей Ричмонд Майн (АРМАН)
  • Monera

Ссылки [ править ]

  1. ^ Вёзе CR, Kandler O, Уилис ML (июнь 1990). «К естественной системе организмов: предложение о доменах архей, бактерий и эукариев» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 87 (12): 4576–9. Bibcode : 1990PNAS ... 87.4576W . DOI : 10.1073 / pnas.87.12.4576 . PMC  54159 . PMID  2112744 .
  2. ^ NCBI: Candidatus Poseidoniia (класс)
  3. ^ Аня Спанг, Ева Ф. Касерес, Тийс Дж. Г. Эттема: Геномное исследование разнообразия, экологии и эволюции архейной области жизни . В: Science Volume 357 Issue 6351, eaaf3883, 11 августа 2017 г., doi: 10.1126 / science.aaf3883
  4. ^ Sometines неправильно написаны как Theinoarchaea: Кэтрин Бадель, Гаэль Эраузо, Анника Л. Гомес, Райан Кэтчпол, Матье Гонне, Жак Оберто, Патрик Фортерре, Виолетта Да Кунья: глобальное распространение и эволюционная история семейства архейных плазмид pT26-2 . В кн .: Экологическая микробиология. sfam 10 сентября 2019 г. doi: 10.1111 / 1462-2920.14800
  5. ^ Castelle CJ, Бэнфилд JF. (2018). «Основные новые группы микробов расширяют разнообразие и изменяют наше понимание Древа жизни» . Cell . 172 (6): 1181–1197. DOI : 10.1016 / j.cell.2018.02.016 . PMID 29522741 . CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
  6. ^ Hogan CM (2010). Э. Моноссон, К. Кливленд (ред.). «Архея» . Энциклопедия Земли . Национальный совет по науке и окружающей среде . Проверено 18 августа 2017 года .
  7. ^ a b c d Бомберг М., Тимонен С. (октябрь 2007 г.). «Распределение cren- и euryarchaeota в микоризосферах сосны обыкновенной и гумусе бореальных лесов». Микробная экология . 54 (3): 406–16. DOI : 10.1007 / s00248-007-9232-3 . PMID 17334967 . S2CID 19425171 .  
  8. ↑ Lincoln SA, Wai B, Eppley JM, Church MJ, Summons RE, DeLong EF (июль 2014 г.). «Планктонные Euryarchaeota - важный источник липидов тетраэфиров архей в океане» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 111 (27): 9858–63. Bibcode : 2014PNAS..111.9858L . DOI : 10.1073 / pnas.1409439111 . PMC 4103328 . PMID 24946804 .  
  9. ^ a b Гаррити GM, Холт JG (2015). "Euryarchaeota phy. Nov.". В Whitman WB (ред.). Руководство Берджи по систематике архей и бактерий . Джон Вили и сыновья . DOI : 10.1002 / 9781118960608 . ISBN 9781118960608.
  10. ^ Айверсон V, Моррис Р. М., Frazar CD, Berthiaume CT, Morales RL, Армбруст EV (февраль 2012). «Распутывание геномов из метагеномов: выявление некультурного класса морских Euryarchaeota». Наука . 335 (6068): 587–90. Bibcode : 2012Sci ... 335..587I . DOI : 10.1126 / science.1212665 . PMID 22301318 . S2CID 31381073 .  
  11. ^ Корженков А.А., Тощаков С.В., Барджела Р., Гиббард Х., Феррер М., Теплюк А.В., Джонс Д.Л., Кубланов И.В., Голышин П.Н., Голышина О.В. (январь 2019). «Археи доминируют в микробном сообществе в экосистеме с низкой или умеренной температурой и экстремальной кислотностью» . Микробиом . 7 (1): 11. DOI : 10,1186 / s40168-019-0623-8 . PMC 6350386 . PMID 30691532 .  
  12. ^ Euzéby JP. «Эвриархеота» . Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN) . Проверено 9 августа 2017 .
  13. ^ Сэйерс; и другие. «Эвриархеота» . Браузер таксономии . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 9 августа 2017 .
  14. ^ Проект «Живое дерево всех видов» . «Выпуск 121 LTP на основе 16S рРНК (полное дерево)» (PDF) . Silva Полная база данных рибосомных РНК . Архивировано из оригинального (PDF) 23 сентября 2015 года . Проверено 9 августа 2017 .
  15. ^ Нина Домбровская, июнь-Hoe Ли, Том Уильямс, Пьер Offre, Anja Spang (2019). Геномное разнообразие, образ жизни и эволюционное происхождение архей DPANN . Природа.
  16. ^ Джордан Т. Берд, Бретт Дж. Бейкер, Александр Дж. Пробст, Мирча Подар, Карен Г. Ллойд (2017). Геномные сравнения, не зависящие от культуры, выявляют экологические адаптации Altiarchaeales . Границы.
  17. ↑ Кавальер-Смит, Томас; Чао, Эма Е-Юнг (2020). «Многодоменные рибосомные белковые деревья и планктобактериальное происхождение неомура (эукариоты, архебактерии)» . Протоплазма . 257 (3): 621–753. DOI : 10.1007 / s00709-019-01442-7 . PMC 7203096 . PMID 31900730 .  

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Кавалер-Смит Т. (январь 2002 г.). «Неомуранское происхождение архебактерий, негибактериальный корень универсального дерева и бактериальная мегаклассификация» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (Pt 1): 7–76. DOI : 10.1099 / 00207713-52-1-7 . PMID  11837318 .
  • Woese CR, Gupta R, Hahn CM, Zillig W, Tu J (1984). «Филогенетические отношения трех серозависимых архебактерий». Систематическая и прикладная микробиология . 5 : 97–105. DOI : 10.1016 / S0723-2020 (84) 80054-5 . PMID  11541975 .
  • Гаррити GM, Холт JG (2001). "Тип AII. Euryarchaeota phy. Nov." . В DR Boone, RW Castenholz (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии Том 1: Археи и глубоко разветвленные и фототрофные бактерии (2-е изд.). Нью-Йорк: Springer Verlag . С.  169 . ISBN 978-0-387-98771-2.

Внешние ссылки [ править ]

  • Ссылки PubMed для Euryarchaeota
  • Ссылки PubMed Central на Euryarchaeota
  • Ссылки Google Scholar для Euryarchaeota
  • Сравнительный анализ геномов эвриархеот (в системе IMG Министерства энергетики ) `1
  • Страница таксономии NCBI для Euryarchaeota
  • Поиск по страницам таксономии Древо жизни для Euryarchaeota
  • Страница поиска видов2000 для Euryarchaeota
  • Страница MicrobeWiki для Euryarchaeota