Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

NeuroLex является динамическим лексиконом из нейробиологии понятий. [1] Это структурированная семантическая вики-страница с использованием Semantic MediaWiki . NeuroLex поддерживается проектом Neuroscience Information Framework .

Обзор [ править ]

NeuroLex призван помочь улучшить способ, которым нейробиологи общаются о своих данных, чтобы информационные системы, такие как NIF, могли более легко находить данные и предоставлять более мощные средства интеграции данных, которые происходят в распределенных ресурсах. Одним из серьезных препятствий на пути интеграции данных в нейробиологии является непоследовательное использование терминологии в базах данных и других ресурсах, таких как литература . Когда одни и те же термины обозначают разные вещи, нелегко задавать вопросы, охватывающие несколько ресурсов. Например, если в трех базах данных есть информация о том, какие гены экспрессируются в коре головного мозга , но все они используют разные определения коры головного мозга., то их нелегко сравнить.

Использование в рамках информационной системы нейронауки [ править ]

NIF обеспечивает обнаружение и доступ к общедоступным исследовательским данным и инструментам по всему миру через сетевую среду с открытым исходным кодом. Финансируемый NIH Blueprint for Neuroscience Research [2], NIF позволяет ученым и студентам открывать глобальные веб-ресурсы по нейробиологии, выходящие за традиционные границы - от экспериментальных, клинических и трансляционных баз данных нейробиологии до баз знаний, атласов и генетических / геномных ресурсов. .

В отличие от обычных поисковых систем, NIF обеспечивает более глубокий доступ к более узкому набору ресурсов, имеющих отношение к нейробиологии, стратегиям поиска, адаптированным к нейробиологии, и доступ к контенту, который традиционно «скрыт» от поисковых систем Интернета . Структура представляет собой динамический перечень баз данных нейробиологии, аннотированных и интегрированных с единой системой биомедицинской терминологии (например, NeuroLex). NIF поддерживает запросы, основанные на концепциях, в нескольких масштабах биологической структуры и нескольких уровнях биологической функции, что упрощает поиск и понимание результатов.

В рамках NIF предоставляется интерфейс поиска для множества различных источников информации и данных по нейробиологии. Чтобы сделать этот поиск более эффективным, NIF создает онтологии, чтобы помочь организовать концепции нейробиологии в иерархии категорий, например, утверждая, что нейрон - это клетка . Это позволяет пользователям выполнять более эффективный поиск, а также систематизировать и понимать возвращаемую информацию. Но важным дополнением к этой деятельности является четкое определение всех терминов, используемых для описания данных, например, анатомических терминов, методов, названий организмов .

Содержание [ править ]

Первоначальные записи в NeuroLex были построены на основе онтологий NIFSTD, которые включали более ранний словарь BIRNLex. В настоящее время он содержит концепции, которые охватывают общую анатомию, клетки нервной системы , субклеточные структуры, заболевания , функции и методы. NIF просит сообщество добавить больше контента и исправить то, что там есть.

См. Также [ править ]

  • NeuroNames
  • Информационная структура по неврологии

Примечания и ссылки [ править ]

  1. ^ Исходное содержание этой статьи было адаптировано из проекта NeuroLex, который находится под лицензией Creative Commons Attribution License .
  2. ^ План NIH для исследований в области нейробиологии - это совместная работа 16 институтов, центров и офисов NIH, которые поддерживают исследования в области нейробиологии. Объединив ресурсы и опыт, Blueprint поддерживает разработку новых инструментов, возможностей обучения и других ресурсов, чтобы помочь нейробиологам как в фундаментальных, так и в клинических исследованиях. Узнайте больше о чертеже, заархивированном 30 января 2009 г., на Wayback Machine .

Дальнейшее чтение [ править ]

NIF был представлен в специальном выпуске Neuroinformatics , опубликованном в сентябре 2008 г .:

  1. Баг В.Дж., Асколи Г.А., Грета Д.С., Гупта А., Феннема-Нотестин С., Лэрд А.Р., Ларсон С.Д., Рубин Д., Шеперд GM, Тернер Дж. А., Мартоне, ME (сентябрь 2008 г.). «Словари NIFSTD и BIRNLex: построение всеобъемлющих онтологий для нейробиологии» . Нейроинформатика . 6 (3): 175–94. DOI : 10.1007 / s12021-008-9032-Z . PMC  2743139 . PMID  18975148 . Архивировано из оригинального 12 февраля 2009 года.
  2. Gardner D, Akil H, Ascoli GA, Bowden DM, Bug W, Donohue DE, Goldberg DH, Grafstein B, Grethe JS, Gupta A, Halavi M, Kennedy DN, Marenco L, Martone ME, Miller PL, Müller HM, Роберт А. , Shepherd GM, Sternberg PW, Van Essen DC, Williams RW (сентябрь 2008 г.). «Информационная структура нейробиологии: среда данных и знаний для нейробиологии» . Нейроинформатика . 6 (3): 149–60. DOI : 10.1007 / s12021-008-9024-Z . PMC  2661130 . PMID  18946742 .
  3. Гарднер Д., Голдберг Д.Х., Графштейн Б., Роберт А., Гарднер Е.П. (сентябрь 2008 г.). «Терминология для обнаружения данных в неврологии: синтаксис с несколькими деревьями и семантика, полученная от исследователя» . Нейроинформатика . 6 (3): 161–74. DOI : 10.1007 / s12021-008-9029-7 . PMC  2663521 . PMID  18958630 .
  4. Гупта А., Жук В., Маренко Л., Цянь Х, Кондит С., Рангараджан А., Мюллер Х.М., Миллер П.Л., Сандерс Б., Грете Дж. С., Астахов В., Шеперд Г., Штернберг П. В., Мартоне М. Э. (сентябрь 2008 г.). «Федеративный доступ к разнородным информационным ресурсам в Neuroscience Information Framework (NIF)» . Нейроинформатика . 6 (3): 205–17. DOI : 10.1007 / s12021-008-9033-у . PMC  2689790 . PMID  18958629 .
  5. Halavi M, Polavaram S, Donohue DE, Hamilton G, Hoyt J, Smith KP, Ascoli GA (сентябрь 2008 г.). «NeuroMorpho.Org: внедрение цифровой нейробиологии: плотный охват и интеграция с NIF» . Нейроинформатика . 6 (3): 241–52. DOI : 10.1007 / s12021-008-9030-1 . PMC  2655120 . PMID  18949582 .
  6. Маренко Л., Асколи Г.А., Мартоне М.Э., Шеперд Г.М., Миллер П.Л. (сентябрь 2008 г.). «Брокер NIF LinkOut: веб-ресурс для облегчения интеграции объединенных данных с использованием идентификаторов NCBI» . Нейроинформатика . 6 (3): 219–27. DOI : 10.1007 / s12021-008-9025-у . PMC  2704600 . PMID  18975149 .
  7. Маренко Л., Ли И, Мартоне М.Э., Штернберг П.В., Шеперд Г.М., Миллер П.Л. (сентябрь 2008 г.). «Проблемы разработки пилотного концептуального интерфейса запросов для информационной инфраструктуры нейроинформатики» . Нейроинформатика . 6 (3): 229–39. DOI : 10.1007 / s12021-008-9035-9 . PMC  2664632 . PMID  18953674 .
  8. Мюллер Х.М., Рангараджан А., Тил Т.К., Штернберг П.В. (сентябрь 2008 г.). «Textpresso для нейробиологии: поиск по полному тексту тысяч научных статей по нейробиологии» . Нейроинформатика . 6 (3): 195–204. DOI : 10.1007 / s12021-008-9031-0 . PMC  2666735 . PMID  18949581 .

Внешние ссылки [ править ]

  • Сайт НейроЛекс
  • Веб-сайт Neuroscience Information Framework (NIF)
  • Веб-сайт Национального института здоровья НИФ
  • Ресурсы по биоинформатике в НейроЛекс