Содержание | |
---|---|
Описание | PROSITE, база данных белковых доменов для функциональной характеристики и аннотации. |
Контакт | |
Исследовательский центр | Швейцарский институт биоинформатики |
Лаборатория | Кафедра структурной биологии и биоинформатики |
Основное цитирование | PMID 19858104 |
Дата выхода | 1988 г. |
Доступ | |
Интернет сайт | просите |
PROSITE - это база данных белков . [1] [2] Он состоит из статей, описывающих семейства белков , домены и функциональные сайты, а также аминокислотные структуры и профили в них. Они вручную курируются командой Швейцарского института биоинформатики и тесно интегрированы в аннотацию белков Swiss-Prot . PROSITE был создан в 1988 году Амосом Байрохом , который руководил группой более 20 лет. С июля 2018 года директором PROSITE и Swiss-Prot является Алан Бридж.
Использование PROSITE включает определение возможных функций вновь открытых белков и анализ известных белков на предмет ранее неопределенной активности. Свойства хорошо изученных генов могут быть переданы биологически родственным организмам, а биохимические функции разных или малоизвестных генов можно предсказать по сходству. PROSITE предлагает инструменты для анализа последовательности белков и обнаружения мотивов (см. Мотив последовательности , образцы PROSITE ). Он является частью серверов анализа протеомики ExPASy .
База данных ProRule построена на описаниях доменов PROSITE. [3] Он предоставляет дополнительную информацию о функционально или структурно важных аминокислотах. Правила содержат информацию о биологически значимых остатках, таких как активные центры, сайты связывания субстрата или кофакторов, сайты посттрансляционной модификации или дисульфидные связи, чтобы помочь в определении функции. Они могут автоматически создавать аннотации на основе мотивов PROSITE.
Статистика [ править ]
По состоянию на 29 июня 2016 [update]года выпуск 20.128 содержит 1762 записи документации, 1309 шаблонов, 1161 профиль и 1175 ProRule.
См. Также [ править ]
- Uniprot - универсальная база данных по белкам , центральный ресурс информации о белках - PROSITE добавляет в нее данные.
- InterPro - централизованная база данных, группирующая данные из баз данных семейств белков, доменов и функциональных узлов - часть данных поступает из PROSITE.
- Предсказание субклеточной локализации белков - еще один пример использования PROSITE.
Ссылки [ править ]
- ^ Де Кастро Е, Сигрист ЦСП, Gattiker А, Bulliard В, Langendijk-Genevaux ПС, Gasteiger , Е, Bairoch А, Хули N (2006). «ScanProsite: обнаружение совпадений сигнатур PROSITE и связанных с ProRule функциональных и структурных остатков в белках» . Nucleic Acids Res . 34 (выпуск веб-сервера): W362–365. DOI : 10.1093 / NAR / gkl124 . PMC 1538847 . PMID 16845026 .
- ^ Хуло Н, Bairoch А, Bulliard В, Cerutti л, Куш В, Де Кастро Е, Lachaize С, Langendijk-Genevaux ПС, Сигрист ЦСП (2007). «20 лет ПРОЗИТЕ» . Nucleic Acids Res . 36 (Выпуск базы данных): D245–9. DOI : 10.1093 / NAR / gkm977 . PMC 2238851 . PMID 18003654 .
- ^ Сигрист CJ, Де Кастро Е, Langendijk-Genevaux П.С., Ле Со В, Bairoch А, Хуло N (2005). «ProRule: новая база данных, содержащая функциональную и структурную информацию по профилям PROSITE» . Биоинформатика . 21 (21): 4060–4066. DOI : 10.1093 / биоинформатики / bti614 . PMID 16091411 .
Внешние ссылки [ править ]
- Официальный веб-сайт
- ProRule - база правил на основе предикторов PROSITE