Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

PROSITE - это база данных белков . [1] [2] Он состоит из статей, описывающих семейства белков , домены и функциональные сайты, а также аминокислотные структуры и профили в них. Они вручную курируются командой Швейцарского института биоинформатики и тесно интегрированы в аннотацию белков Swiss-Prot . PROSITE был создан в 1988 году Амосом Байрохом , который руководил группой более 20 лет. С июля 2018 года директором PROSITE и Swiss-Prot является Алан Бридж.

Использование PROSITE включает определение возможных функций вновь открытых белков и анализ известных белков на предмет ранее неопределенной активности. Свойства хорошо изученных генов могут быть переданы биологически родственным организмам, а биохимические функции разных или малоизвестных генов можно предсказать по сходству. PROSITE предлагает инструменты для анализа последовательности белков и обнаружения мотивов (см. Мотив последовательности , образцы PROSITE ). Он является частью серверов анализа протеомики ExPASy .

База данных ProRule построена на описаниях доменов PROSITE. [3] Он предоставляет дополнительную информацию о функционально или структурно важных аминокислотах. Правила содержат информацию о биологически значимых остатках, таких как активные центры, сайты связывания субстрата или кофакторов, сайты посттрансляционной модификации или дисульфидные связи, чтобы помочь в определении функции. Они могут автоматически создавать аннотации на основе мотивов PROSITE.

Статистика [ править ]

По состоянию на 29 июня 2016 года выпуск 20.128 содержит 1762 записи документации, 1309 шаблонов, 1161 профиль и 1175 ProRule.

См. Также [ править ]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Де Кастро Е, Сигрист ЦСП, Gattiker А, Bulliard В, Langendijk-Genevaux ПС, Gasteiger , Е, Bairoch А, Хули N (2006). «ScanProsite: обнаружение совпадений сигнатур PROSITE и связанных с ProRule функциональных и структурных остатков в белках» . Nucleic Acids Res . 34 (выпуск веб-сервера): W362–365. DOI : 10.1093 / NAR / gkl124 . PMC 1538847 . PMID 16845026 .  
  2. ^ Хуло Н, Bairoch А, Bulliard В, Cerutti л, Куш В, Де Кастро Е, Lachaize С, Langendijk-Genevaux ПС, Сигрист ЦСП (2007). «20 лет ПРОЗИТЕ» . Nucleic Acids Res . 36 (Выпуск базы данных): D245–9. DOI : 10.1093 / NAR / gkm977 . PMC 2238851 . PMID 18003654 .  
  3. ^ Сигрист CJ, Де Кастро Е, Langendijk-Genevaux П.С., Ле Со В, Bairoch А, Хуло N (2005). «ProRule: новая база данных, содержащая функциональную и структурную информацию по профилям PROSITE» . Биоинформатика . 21 (21): 4060–4066. DOI : 10.1093 / биоинформатики / bti614 . PMID 16091411 . 

Внешние ссылки [ править ]

  • Официальный веб-сайт
  • ProRule - база правил на основе предикторов PROSITE