Из Википедии, бесплатной энциклопедии
  (Перенаправлен с пептидил-аргининдезиминазы )
Перейти к навигации Перейти к поиску
PADI4
Белок PADI4 PDB 1wd8.png
Доступные конструкции
PDBОртолог поиск: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB

1WD8 , 1WD9 , 1WDA , 2DEW , 2DEX , 2DEY , 2DW5 , 3APM , 3APN , 3B1T , 3B1U , 4DKT , 4X8C , 4X8G

Идентификаторы
ПсевдонимыPADI4 , PAD, PAD4, PADI5, PDI4, PDI5, пептидиларгининдезиминаза 4
Внешние идентификаторыOMIM : 605347 MGI : 1338898 HomoloGene : 7883 GeneCards : PADI4
Расположение гена ( человек )
Хромосома 1 (человек)
Chr.Хромосома 1 (человека) [1]
Хромосома 1 (человек)
Геномное расположение PADI4
Геномное расположение PADI4
Группа1п36.13Начинать17 308 195 п.н. [1]
Конец17 364 004 п.н. [1]
Расположение гена ( Мышь )
Хромосома 4 (мышь)
Chr.Хромосома 4 (мышь) [2]
Хромосома 4 (мышь)
Геномное расположение PADI4
Группа4 D3 | 4 72,34 смНачинать140 745 865 п.н. [2]
Конец140 774 236 п.н. [2]
Паттерн экспрессии РНК




Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция• ион металла связывание
• аргинин deiminase активности
• GO: связывание белка 0001948
• гидролазы активности
• белок-аргинин deiminase активность
• связывания ионов кальция
• аргинин связывания
• белок гомодимеризация активность
Сотовый компонент• нуклеоплазма
• ядро клетки
• цитозоль
• цитоплазма
• макромолекулярный комплекс
Биологический процесс• ремоделирование хроматина
• сборка нуклеосом
• регуляция транскрипции, ДНК-шаблон
• процесс иммунной системы
• цитруллинирование гистона H3-R26
• транскрипция, ДНК-шаблон
• поддержание популяции стволовых клеток
• цитруллинирование гистона
• процесс модификации клеточного белка
• врожденная иммунная система
• организация хроматина
• цитруллинирование белков
• путь аргининдезиминазы
Источники: Amigo / QuickGO
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

23569

18602

Ансамбль

ENSG00000280908
ENSG00000159339

ENSMUSG00000025330

UniProt

Q9UM07

Q9Z183

RefSeq (мРНК)

NM_012387

NM_011061

RefSeq (белок)

NP_036519

NP_035191

Расположение (UCSC)Chr 1: 17.31 - 17.36 МбChr 4: 140,75 - 140,77 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Пептидил аргинин deiminase, типа IV , также известный как PADI4 , является человеческим белком , который у человека кодируется PADI4 геном . [5] [6]

Молекулярная биология [ править ]

Человеческий ген находится на коротком плече хромосомы 1 возле теломеры (1p36.13). Он расположен на нити Watson (плюс) и имеет длину 55 806 оснований. Белок состоит из 663 аминокислот с молекулярной массой 74095 Да. [5]

Функция [ править ]

Этот ген является членом семейства генов, которое кодирует ферменты, ответственные за превращение аргинина в остатки цитруллина . Этот ген может играть роль в развитии гранулоцитов и макрофагов, приводя к воспалению и иммунному ответу. [6] PADI4 играет роль в эпигенетике, удаление аргининов на гистонах 3 и 4 может действовать антагонистически по отношению к метилированию аргинина (модификации хроматина и их функция, Kouzarides 2007, Cell, обзор)

Белок может быть найден в олигомерах и связывает 5 ионов кальция на субъединицу. Катализирует реакцию:

  • Белок L-аргинин + H 2 O = белок L-цитруллин + NH 3

Субклеточное и тканевое распределение [ править ]

Обычно он обнаруживается в цитоплазме , ядре и цитоплазматических гранулах эозинофилов и нейтрофилов . Он не экспрессируется в периферических моноцитах или лимфоцитах . Он также выражен в синовиальных тканях при ревматоидном артрите.

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c ENSG00000159339 GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000280908, ENSG00000159339 - Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000025330 - Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ a b Накашима К., Хагивара Т., Исигами А., Нагата С., Асага Н., Курамото М., Сеншу Т., Ямада М. (сентябрь 1999 г.). «Молекулярная характеристика пептидиларгининдезиминазы в клетках HL-60, индуцированных ретиноевой кислотой и 1альфа, 25-дигидроксивитамином D (3)» . J. Biol. Chem . 274 (39): 27786–92. DOI : 10.1074 / jbc.274.39.27786 . PMID 10488123 . 
  6. ^ a b «Ген Entrez: пептидиларгининдезиминаза PADI4, тип IV» .

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Накашима К., Хагивара Т., Исигами А. и др. (1999). «Молекулярная характеристика пептидиларгининдезиминазы в клетках HL-60, индуцированных ретиноевой кислотой и 1альфа, 25-дигидроксивитамином D (3)» . J. Biol. Chem . 274 (39): 27786–92. DOI : 10.1074 / jbc.274.39.27786 . PMID  10488123 .
  • Чжан К.Х., Е М., Ву XY и др. (2001). «Клонирование и функциональный анализ кДНК с открытыми рамками считывания для 300 ранее не определенных генов, экспрессируемых в CD34 + гематопоэтических стволовых / предшественниках» . Genome Res . 10 (10): 1546–60. DOI : 10.1101 / gr.140200 . PMC  310934 . PMID  11042152 .
  • Асага Х, Накашима К., Сеншу Т. и др. (2001). «Иммуноцитохимическая локализация пептидиларгининдезиминазы в эозинофилах и нейтрофилах человека». J. Leukoc. Биол . 70 (1): 46–51. PMID  11435484 .
  • Накашима К., Хагивара Т., Ямада М. (2003). «Ядерная локализация пептидиларгининдезиминазы V и деструкция гистонов в гранулоцитах» . J. Biol. Chem . 277 (51): 49562–8. DOI : 10.1074 / jbc.M208795200 . PMID  12393868 .
  • Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 99 (26): 16899–903. DOI : 10.1073 / pnas.242603899 . PMC  139241 . PMID  12477932 .
  • Сузуки А., Ямада Р., Чанг Х и др. (2003). «Функциональные гаплотипы PADI4, кодирующие цитруллинирующий фермент пептидиларгининдеиминазу 4, связаны с ревматоидным артритом». Nat. Genet . 34 (4): 395–402. DOI : 10.1038 / ng1206 . PMID  12833157 . S2CID  20136298 .
  • Бартон А., Боуз Дж., Эйр С. и др. (2004). «Функциональный гаплотип гена PADI4, связанный с ревматоидным артритом в популяции Японии, не ассоциирован в популяции Соединенного Королевства» . Ревматоидный артрит . 50 (4): 1117–21. DOI : 10.1002 / art.20169 . PMID  15077293 .
  • Чаванас С., Мешин М.К., Такахара Х. и др. (2004). «Сравнительный анализ кластеров генов пептидиларгининдезиминазы мыши и человека выявил высококонсервативные некодирующие сегменты и новый человеческий ген PADI6». Джин . 330 : 19–27. DOI : 10.1016 / j.gene.2003.12.038 . PMID  15087120 .
  • Арита К., Хашимото Х., Симидзу Т. и др. (2004). «Структурная основа Са (2 +) - индуцированной активации человеческого PAD4». Nat. Struct. Мол. Биол . 11 (8): 777–83. DOI : 10.1038 / nsmb799 . PMID  15247907 . S2CID  11947135 .
  • Хоппе Б., Хейманн Г.А., Толоу Ф. и др. (2005). «Высокая вариабельность пептидиларгининдеиминазы 4 (PADI4) в здоровой белой популяции: характеристика шести новых вариантов экзонов 2–4 PADI4 с помощью нового подхода на основе гаплотип-специфичного секвенирования». J. Mol. Med . 82 (11): 762–7. DOI : 10.1007 / s00109-004-0584-6 . PMID  15338034 . S2CID  8356741 .
  • Катберт Г.Л., Дауджат С., Сноуден А.В. и др. (2004). «Удаление гистона препятствует метилированию аргинина». Cell . 118 (5): 545–53. DOI : 10.1016 / j.cell.2004.08.020 . PMID  15339660 . S2CID  8948511 .
  • Ван Й., Высоцка Дж., Сайег Дж. И др. (2004). «Человеческий PAD4 регулирует уровни метилирования гистона аргинина посредством деметилирования». Наука . 306 (5694): 279–83. DOI : 10.1126 / science.1101400 . PMID  15345777 . S2CID  1579362 .
  • Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)» . Genome Res . 14 (10B): 2121–7. DOI : 10.1101 / gr.2596504 . PMC  528928 . PMID  15489334 .
  • Накаяма-Хамада М., Сузуки А., Кубота К. и др. (2005). «Сравнение ферментативных свойств hPADI2 и hPADI4». Биохим. Биофиз. Res. Commun . 327 (1): 192–200. DOI : 10.1016 / j.bbrc.2004.11.152 . PMID  15629448 .
  • Ли Ю.Х., Кунрод С.А., Краус В.Л. и др. (2005). «Регуляция сборки и функции комплекса соактиватора путем метилирования аргинина и деметилирования» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 102 (10): 3611–6. DOI : 10.1073 / pnas.0407159102 . PMC  553305 . PMID  15731352 .
  • Кирни П.Л., Бхатия М., Джонс Н.Г. и др. (2005). «Кинетическая характеристика протеина аргининдеиминазы 4: корепрессор транскрипции, участвующий в возникновении и прогрессировании ревматоидного артрита». Биохимия . 44 (31): 10570–82. DOI : 10.1021 / bi050292m . PMID  16060666 .
  • Икари К., Кувахара М., Накамура Т. и др. (2005). «Связь между PADI4 и ревматоидным артритом: исследование репликации» . Ревматоидный артрит . 52 (10): 3054–7. DOI : 10.1002 / art.21309 . PMID  16200584 .
  • Чанг X, Хан Дж (2006). «Экспрессия пептидиларгининдезиминазы типа 4 (PAD4) в различных опухолях». Мол. Канцерогенный . 45 (3): 183–96. DOI : 10.1002 / mc.20169 . PMID  16355400 . S2CID  40916607 .
  • Пленге Р.М., Падюков Л., Реммерс Э.Ф. и др. (2006). «Репликация предполагаемых ассоциаций генов-кандидатов с ревматоидным артритом в> 4000 образцах из Северной Америки и Швеции: ассоциация восприимчивости с PTPN22, CTLA4 и PADI4» . Являюсь. J. Hum. Genet . 77 (6): 1044–60. DOI : 10.1086 / 498651 . PMC  1285162 . PMID  16380915 .
  • Хоппе Б., Хойпл Т., Грубер Р. и др. (2006). «Подробный анализ вариабельности пептидиларгининдеиминазы 4 типа у немецких пациентов с ревматоидным артритом: исследование случай-контроль» . Исследования и терапия артрита . 8 (2): R34. DOI : 10,1186 / ar1889 . PMC  1526594 . PMID  16469113 .