Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Часть серии по
Эволюционная биология
Зяблики Дарвина, автор Gould.jpg
Зябликов Дарвина по Джон Гулд
Ключевые темы
Процессы и результаты
Естественная история
История эволюционной теории
Поля и приложения
  • Приложения эволюции
  • Биосоциальная криминология
  • Экологическая генетика
  • Эволюционная эстетика
  • Эволюционная антропология
  • Эволюционные вычисления
  • Эволюционная экология
  • Эволюционная экономика
  • Эволюционная эпистемология
  • Эволюционная этика
  • Эволюционная теория игр
  • Эволюционная лингвистика
  • Эволюционная медицина
  • Эволюционная нейробиология
  • Эволюционная физиология
  • Эволюционная психология
  • Экспериментальная эволюция
  • Филогенетика
  • Палеонтология
  • Селекция
  • Видообразовательные эксперименты
  • Социобиология
  • Систематика
  • Универсальный дарвинизм
Социальные последствия
  • Эволюция как факт и теория
  • Социальные эффекты
  • Споры о сотворении и эволюции
  • Возражения против эволюции
  • Уровень поддержки
  •  Портал эволюционной биологии
  • Категория Категория
  • похожие темы
  • v
  • т
  • е

В биологии , филогенетика / ˌ е aɪ л oʊ dʒ ə п ɛ т ɪ к ы , - л ə - / [1] [2] (от греческого φυλή / φῦλον ( phylé / Филон ) "племени, рода, расы", и γενετικός ( genetikós ) «происхождение, источник, рождение») [3] является частью систематики, которая обращается к заключению эволюционногоистория и взаимоотношения между группами организмов или внутри них (например, виды или более инклюзивные таксоны). Эти отношения предполагаются с помощью методов филогенетического вывода, которые оценивают наблюдаемые наследственные признаки, такие как последовательности ДНК или морфология , часто в рамках определенной модели эволюции этих признаков. Результатом такого анализа является филогенез (также известный как филогенетическое дерево) - схематическая гипотеза взаимоотношений, отражающая эволюционную историю группы организмов. [4]Кончики филогенетического дерева могут быть живыми таксонами или окаменелостями и представлять «конец» или настоящее в эволюционной линии. Филогенетическая диаграмма может быть корневой или некорневой. Диаграмма корневого дерева указывает на гипотетического общего предка или наследственную родословную дерева. Древовидная диаграмма без корней (сеть) не делает никаких предположений о родовой линии и не показывает происхождение или «корень» рассматриваемых таксонов или направление предполагаемых эволюционных преобразований. [5]Помимо их правильного использования для определения филогенетических паттернов среди таксонов, филогенетический анализ часто используется для представления взаимосвязей между копиями генов или отдельными организмами. Такое использование стало центральным для понимания биоразнообразия, эволюции, экологии и геномов. В феврале 2021 года , сообщили ученые, в первый раз, последовательность из ДНК из останков животных , мамонт в данном случае, более миллиона лет, старейшая ДНК секвенировала на сегодняшний день. [6] [7]

Таксономия - это идентификация, наименование и классификация организмов. Классификации в настоящее время обычно основываются на филогенетических данных, и многие систематики утверждают, что только монофилетические таксоны должны признаваться названными группами. Степень, в которой классификация зависит от предполагаемой эволюционной истории, различается в зависимости от школы таксономии: фенетика полностью игнорирует филогенетические предположения, вместо этого пытаясь представить сходство между организмами; кладистика (филогенетическая систематика) пытается отразить филогенез в своих классификациях, распознавая только группы, основанные на общих, производных признаках ( синапоморфии ); эволюционная таксономия пытается принять во внимание как паттерн ветвления, так и «степень различия», чтобы найти между ними компромисс.

Вывод филогенетического дерева [ править ]

Основная статья: Вычислительная филогенетика

Обычные методы филогенетического вывода включают вычислительные подходы, реализующие критерии оптимальности и методы экономии , максимального правдоподобия (ML) и байесовского вывода на основе MCMC . Все это зависит от явной или неявной математической модели, описывающей эволюцию наблюдаемых персонажей.

Фенетика , популярная в середине 20-го века, но в настоящее время в значительной степени устаревшая, использовала методы на основе матрицы расстояний для построения деревьев на основе общего сходства морфологии или сходных наблюдаемых признаков (то есть фенотипа или общего сходства ДНК , а не последовательности ДНК ) , что часто считалось приближенным к филогенетическим отношениям.

До 1950 г. филогенетические выводы обычно представлялись в виде сценариев повествования . Такие методы часто неоднозначны и не имеют четких критериев для оценки альтернативных гипотез. [8] [9] [10]

История [ править ]

Термин «филогения» происходит от немецкого слова « филогения» , введенного Геккелем в 1866 г. [11], а дарвиновский подход к классификации стал известен как «филетический» подход. [12]

Теория перепросмотра Эрнста Геккеля [ править ]

В конце 19 - го века, Эрнст Геккель «s теории рекапитуляции , или„биогенетический фундаментальный закон“, получила широкое признание. Это часто выражалось как « онтогенез повторяет филогенез», то есть развитие отдельного организма в течение его жизни, от зародыша до взрослого, последовательно отражает взрослые стадии последовательных предков вида, к которому он принадлежит. Но эту теорию давно отвергли. [13] [14] Вместо этого онтогенез развивается  - филогенетическая история вида не может быть прочитана непосредственно из его онтогенеза, как Геккель считал возможным, но признаки онтогенеза могут (и использовались) в качестве данных для филогенетического анализа; более близкородственные два вида,чем большеапоморфии разделяют их эмбрионы.

Хронология ключевых моментов [ править ]

Схема ветвления дерева из работы Генриха Георга Бронна (1858 г.)
Филогенетическое древо, предложенное Геккелем (1866 г.)
  • 14 век, lex parsimoniae (принцип экономии), Уильям Оккам , английский философ, теолог и францисканский монах, но эта идея восходит к Аристотелю , концепции предшественника
  • 1763 г., байесовская вероятность, преподобный Томас Байес, [15] концепция предшественника.
  • 18 век, Пьер Симон (маркиз де Лаплас), возможно, первый, кто использовал ML (максимальная вероятность), концепция предшественника
  • 1809, эволюционная теория, Philosophie Zoologique , Жан-Батист де Ламарк , предшественник концепции, предвосхищенный в XVII и XVIII веках Вольтером, Декартом и Лейбницем, при этом Лейбниц даже предлагал эволюционные изменения для объяснения наблюдаемых пробелов, предполагая, что многие виды стали вымерли, другие трансформировались, а разные виды, имеющие общие черты, могли когда-то быть единой расой, [16] также предвосхищением некоторых ранних греческих философов, таких как Анаксимандр в 6 веке до нашей эры и атомисты 5 века до нашей эры, которые предложил элементарные теории эволюции [17]
  • 1837 год, в записных книжках Дарвина изображено древо эволюции [18]
  • 1843 г., различие между гомологией и аналогией (последняя теперь называется гомоплазией ), Ричард Оуэн, предшественник концепции
  • В 1858 году палеонтолог Генрих Георг Бронн (1800–1862) опубликовал гипотетическое дерево, чтобы проиллюстрировать палеонтологическое «прибытие» новых похожих видов после исчезновения более старых видов. Бронн не предлагал механизма, ответственного за такие явления, предшественника концепции. [19]
  • 1858 г., разработка эволюционной теории, Дарвин и Уоллес [20], также в «Происхождении видов» Дарвина в следующем году, концепция предшественника
  • 1866 г., Эрнст Геккель впервые публикует свое эволюционное древо, основанное на филогенезе, концепцию предшественника.
  • 1893 г., Закон Долло о необратимости состояния характера [21], концепция предшественника
  • 1912 г., ML рекомендован, проанализирован и популяризирован Рональдом Фишером, концепция предшественника
  • 1921 г. Тиллиард использует термин «филогенетический» и проводит различие между архаическими и специализированными персонажами в своей системе классификации [22].
  • 1940, термин " клад " введен Люсьеном Куэно.
  • 1949, передискретизация складного ножа, Морис Кенуй (предвестник в 46-м Махаланобисом и расширенный в 58-м Тьюки), предшественник
  • 1950, классическая формализация Вилли Хеннига [23]
  • 1952, метод расхождения плана земли Уильяма Вагнера [24]
  • 1953 г. - придуман «кладогенез» [25].
  • 1960, «кладистический», изобретенный Каином и Харрисоном [26]
  • 1963 г., первая попытка использовать ML (максимальная вероятность) для филогенетики, Эдвардс и Кавалли-Сфорца [27]
  • 1965 г.
    • Экономия Камина-Сокаля, первый критерий экономии (оптимизации) и первая компьютерная программа / алгоритм для кладистического анализа Камина и Сокаля [28]
    • Метод совместимости персонажей, также называемый анализом кликов, независимо внедрен Камином и Сокалом (loc. cit.) и Э. О. Уилсоном [29]
  • 1966 г.
    • Английский перевод Хеннига [30]
    • придуманы "кладистика" и "кладограмма" (Webster's, loc. cit.)
  • 1969 г.
    • динамическое и последовательное взвешивание, Джеймс Фаррис [31]
    • Вагнер экономия, Клюге и Фаррис [32]
    • CI (индекс согласованности), Клюге и Фаррис [32]
    • введение попарной совместимости для анализа клик, Ле Кен [33]
  • 1970, Вагнеровская экономность, обобщенная Фаррисом [34]
  • 1971 г.
    • первое успешное применение ML в филогенетике (для белковых последовательностей), Neyman [35]
    • Fitch экономия, Fitch [36]
    • NNI (ближайший соседний обмен), первая стратегия поиска с обменом ветвями, независимо разработанная Робинсоном [37] и Муром и др.
    • ME (минимальная эволюция), Кидд и Сгарамелла-Зонта [38] (неясно, является ли это методом попарного расстояния или связано с ML, как Эдвардс и Кавалли-Сфорца называют ML «минимальной эволюцией»)
  • 1972, консенсус Адамса, Адамс [39]
  • 1976 г., префиксная система рангов, Фаррис [40]
  • 1977, Скромность Долло, Фаррис [41]
  • 1979 г.
    • Консенсус Нельсона, Нельсон [42]
    • MAST (поддерево максимального согласия) ((GAS) поддерево максимального согласия), метод консенсуса, Гордон [43]
    • бутстрап, Брэдли Эфрон, концепция предшественника [44]
  • 1980, PHYLIP, первый программный пакет для филогенетического анализа, Felsenstein
  • 1981
    • консенсус большинства, Маргуш и МакМоррис [45]
    • строгий консенсус, Сокал и Рольф [46]
    • первый вычислительно эффективный алгоритм машинного обучения, Фельзенштейн [47]
  • 1982 г.
    • ФИЗИС, Микевич и Фаррис
    • ветвь и переплет, Хенди и Пенни [48]
  • 1985 г.
    • первый кладистический анализ эукариот, основанный на комбинированных фенотипических и генотипических данных Дайана Липскомб [49]
    • первый выпуск Кладистики
    • первое филогенетическое применение бутстрапа, Фельзенштейн [50]
    • первое филогенетическое применение складного ножа, Скотт Ланьон [51]
  • 1986, Макклейд, Мэддисон и Мэддисон
  • 1987, метод соединения соседей Сайто и Ней [52]
  • 1988, Hennig86 (версия 1.5), Фаррис
    • Поддержка Бремера (индекс распада), Бремера [53]
  • 1989 г.
    • RI (индекс удержания), RCI (индекс согласованности с измененным масштабом), Farris [54]
    • HER (коэффициент избытка гомоплазии), Арчи [55]
  • 1990 г.
    • комбинируемые компоненты (полустрогое) консенсус, Бремер [56]
    • SPR (обрезка и пересадка поддерева), TBR (деление дерева пополам и повторное соединение), Своффорд и Олсен [57]
  • 1991 г.
    • DDI (индекс достоверности данных), Goloboff [58] [59]
    • первый кладистический анализ эукариот, основанный только на фенотипических доказательствах, Lipscomb
  • 1993, подразумеваемые веса Голобова [60]
  • 1994, уменьшенный консенсус: RCC (уменьшенный кладистический консенсус) для корневых деревьев, Уилкинсон [61]
  • 1995, уменьшенный консенсус RPC (уменьшенный консенсус разделения) для некорневых деревьев, Wilkinson [62]
  • 1996 г., первые рабочие методы для BI (байесовский вывод), независимо разработанные Ли, [63] Мау, [64], Раннала и Янгом [65], и все они используют MCMC (цепь Маркова-Монте-Карло).
  • 1998, TNT (анализ дерева с использованием новой технологии), Голобофф, Фаррис и Никсон
  • 1999, Винклада, Никсон
  • 2003, симметричная передискретизация, Голобов [66]
  • 2004, 2005, метрика симмилярности (с использованием приближения к сложности Колмогорова) или NCD (нормализованное расстояние сжатия), Ли и др., [67] Килибрази и Витаньи. [68]

Вне биологии [ править ]

Филогенетические инструменты и представления (деревья и сети) также могут применяться для изучения эволюции языков в области количественной сравнительной лингвистики . [69]

См. Также [ править ]

  • Группа филогении покрытосеменных растений
  • Бауплан
  • Биоинформатика
  • Биоматематика
  • Коалесцентная теория
  • Программа EDGE of Existence
  • Эволюционная таксономия
  • Джо Фельзенштейн
  • Языковая семья
  • Максимальная экономия
  • Микробная филогенетика
  • Молекулярная филогения
  • Ноогенез
  • Онтогенез
  • Филокод
  • Филодинамика
  • Филогенез
  • Филогенетические сравнительные методы
  • Филогенетическая сеть
  • Филогенетическая номенклатура
  • Программы просмотра филогенетических деревьев
  • Программное обеспечение для филогенетики
  • Филогеномика
  • Филогения (психоанализ)
  • Филогеография
  • Систематика

Ссылки [ править ]

  1. ^ "филогенетический" . Dictionary.com Без сокращений . Случайный дом .
  2. ^ "филогенетический" . Словарь Мерриама-Вебстера .
  3. ^ Лидделл, Генри Джордж ; Скотт, Роберт ; Джонс, Генри Стюарт (1968). Греко-английский лексикон (9 изд.). Оксфорд: Clarendon Press. п. 1961 г.
  4. ^ «Филогения» . Биология онлайн . Проверено 15 февраля 2013 года .
  5. ^ "Филогенетические деревья" . www.cs.tau.ac.il . Проверено 27 апреля 2019 года .
  6. ↑ Хант, Кэти (17 февраля 2021 г.). «Самая старая ДНК в мире, полученная от мамонта, жившего более миллиона лет назад» . Новости CNN . Проверено 17 февраля 2021 года .
  7. ↑ Callaway, Ewen (17 февраля 2021 г.). «Геном мамонта, которому миллион лет, бьет рекорды по старейшей древней ДНК - сохранившиеся в вечной мерзлоте зубы возрастом до 1,6 миллиона лет позволяют идентифицировать новый вид мамонта в Сибири» . Природа . DOI : 10.1038 / d41586-021-00436-х . Проверено 17 февраля 2021 года .
  8. ^ Ричард С. Бруска и Гэри Дж. Бруска (2003). Беспозвоночные (2-е изд.). Сандерленд, Массачусетс: Sinauer Associates. ISBN 978-0-87893-097-5 . 
  9. Перейти ↑ Bock, WJ (2004). Разъяснения по систематике. Стр. 49–56. В Williams, DM и Forey, PL (eds) Milestones in Systematics. Лондон: Специальный выпуск Ассоциации систематики, серия 67. CRC Press, Бока-Ратон, Флорида.
  10. ^ Auyang, Солнечный Y. (1998). Рассказы и теории естественной истории. В кн . : Основы теорий сложных систем: в экономике, эволюционной биологии и статистической физике. Кембридж, Великобритания; Нью-Йорк: Издательство Кембриджского университета. [ требуется страница ]
  11. ^ Харпер, Дуглас (2010). «Филогения» . Интернет-словарь этимологии .
  12. ^ Stuessy 2009 .
  13. ^ Blechschmidt, Эрих (1977) Начало человеческой жизни . Springer-Verlag Inc., стр. 32: «Так называемый основной закон биогенетики неверен. Никакие« но »или« если »не могут смягчить этот факт. Он даже немного не верен или верен в другой форме, что делает его действительным в определенном процентном отношении. Это совершенно неверно . "
  14. ^ Эрлих, Пол; Ричард Холм; Деннис Парнелл (1963) Процесс эволюции . Нью-Йорк: Макгроу – Хилл, с. 66: «Его недостатки почти повсеместно указывались современными авторами, но эта идея все еще занимает видное место в биологической мифологии. Сходство ранних эмбрионов позвоночных легко объяснить, не прибегая к таинственным силам, заставляющим каждого человека восстанавливать свое филогенетическое древо. "
  15. ^ Байес, г-н; Прайс, мистер (1763 г.). «Очерк решения проблемы в доктрине вероятностей. Покойный преподобный г-н Байес, ФРС, сообщенный г-ном Прайсом, в письме Джону Кантону, AMFR S» . Философские труды Лондонского королевского общества . 53 : 370–418. DOI : 10,1098 / rstl.1763.0053 .
  16. ^ Стрикбергер, Монро. 1996. Evolution, 2-е. изд. Джонс и Бартлетт. [ требуется страница ]
  17. ^ Теория эволюции, курс Teaching Company, лекция 1
  18. ^ Дарвина Древо жизни архивной 13 марта 2014 в Wayback Machine
  19. ^ Арчибальд, Дж. Дэвид (2008). «Эдвард Хичкок додарвиновское (1840)„Древо жизни “ ». Журнал истории биологии . 42 (3): 561–92. CiteSeerX 10.1.1.688.7842 . DOI : 10.1007 / s10739-008-9163-у . PMID 20027787 . S2CID 16634677 .   
  20. ^ Дарвин, Чарльз; Уоллес, Альфред (1858). «О тенденции видов к формированию разновидностей; и о сохранении разновидностей и видов естественными средствами отбора» . Журнал трудов Линнеевского общества Лондона. Зоология . 3 (9): 45–62. DOI : 10.1111 / j.1096-3642.1858.tb02500.x .
  21. ^ Долло Луи. 1893. Les lois de l'évolution. Бык. Soc. Belge Géol. Палеонт. Hydrol. 7: 164–66.
  22. Перейти ↑ Tillyard, R.J (2012). «Новая классификация отряда Perlaria». Канадский энтомолог . 53 (2): 35–43. DOI : 10.4039 / Ent5335-2 .
  23. ^ Хенниг, Вилли (1950). Grundzüge einer Theorie der Phylogenetischen Systematik [ Основные черты теории филогенетической систематики ] (на немецком языке). Берлин: Deutscher Zentralverlag. OCLC 12126814 . [ требуется страница ]
  24. ^ Вагнер, Уоррен Герберт (1952). «Род папоротников Diellia: структура, родство и таксономия». Публикации Калифорнийского университета по ботанике . 26 (1–6): 1–212. OCLC 4228844 . 
  25. ^ Девятый новый университетский словарь Вебстера
  26. ^ Каин, А. Дж; Харрисон, Г. А (2009). «Филетическое взвешивание». Труды Лондонского зоологического общества . 135 (1): 1–31. DOI : 10.1111 / j.1469-7998.1960.tb05828.x .
  27. ^ «Реконструкция эволюции» в «Тезисах статей». Анналы генетики человека . 27 (1): 103–5. 1963. DOI : 10.1111 / j.1469-1809.1963.tb00786.x .
  28. ^ Камин, Джозеф H; Сокал, Роберт Р. (1965). «Метод определения разветвленных последовательностей в филогении» . Эволюция . 19 (3): 311–26. DOI : 10.1111 / j.1558-5646.1965.tb01722.x . S2CID 20957422 . 
  29. ^ Уилсон, Эдвард О (1965). «Тест на согласованность филогенеза на основе современных видов». Систематическая зоология . 14 (3): 214–20. DOI : 10.2307 / 2411550 . JSTOR 2411550 . 
  30. ^ Хенниг. W. (1966). Филогенетическая систематика. Издательство Иллинойского университета, Урбана. [ требуется страница ]
  31. ^ Фаррис, Джеймс S (1969). "Подход последовательных приближений к весу символов". Систематическая зоология . 18 (4): 374–85. DOI : 10.2307 / 2412182 . JSTOR 2412182 . 
  32. ^ a b Клюге, А.Г .; Фаррис, Дж. С. (1969). «Количественная филетика и эволюция бесхвостых животных». Систематическая биология . 18 (1): 1–32. DOI : 10.1093 / sysbio / 18.1.1 .
  33. ^ Кен, Уолтер Дж. Ле (1969). «Метод выбора знаков в числовой таксономии». Систематическая зоология . 18 (2): 201–205. DOI : 10.2307 / 2412604 . JSTOR 2412604 . 
  34. ^ Фаррис, Дж. S (1970). «Методы вычисления деревьев Вагнера». Систематическая биология . 19 : 83–92. DOI : 10.1093 / sysbio / 19.1.83 .
  35. ^ Нейман, J. (1971). Молекулярные исследования: источник новых статистических проблем. В: Гупта С.С., Якель Дж. (Ред.), Статистическая теория принятия решений и связанные темы, стр. 1-27. Academic Press, Нью-Йорк.
  36. ^ Fitch, W. M (1971). «На пути к определению хода эволюции: минимальные изменения для конкретной топологии дерева». Систематическая биология . 20 (4): 406–16. DOI : 10.1093 / sysbio / 20.4.406 . JSTOR 2412116 . 
  37. Перейти ↑ Robinson, DF (1971). «Сравнение помеченных деревьев с валентностью три». Журнал комбинаторной теории, серии B . 11 (2): 105–19. DOI : 10.1016 / 0095-8956 (71) 90020-7 .
  38. ^ Кидд, К. К; Сгарамелла-Зонта, Л. А (1971). «Филогенетический анализ: понятия и методы» . Американский журнал генетики человека . 23 (3): 235–52. PMC 1706731 . PMID 5089842 .  
  39. ^ Адамс, Э. Н. (1972). «Консенсусные методы и сравнение таксономических деревьев». Систематическая биология . 21 (4): 390–397. DOI : 10.1093 / sysbio / 21.4.390 .
  40. ^ Фаррис, Джеймс S (1976). «Филогенетическая классификация окаменелостей с современными видами». Систематическая зоология . 25 (3): 271–282. DOI : 10.2307 / 2412495 . JSTOR 2412495 . 
  41. Перейти ↑ Farris, J. S (1977). «Филогенетический анализ по закону Долло». Систематическая биология . 26 : 77–88. DOI : 10.1093 / sysbio / 26.1.77 .
  42. Перейти ↑ Nelson, G (1979). "Кладистический анализ и синтез: принципы и определения, с исторической запиской о Familles Des Plantes Адансона (1763-1764)". Систематическая биология . 28 : 1–21. DOI : 10.1093 / sysbio / 28.1.1 .
  43. Перейти ↑ Gordon, A. D (1979). «Мера совпадения рейтингов». Биометрика . 66 (1): 7–15. DOI : 10.1093 / Biomet / 66.1.7 . JSTOR 2335236 . 
  44. ^ Эфрон Б. (1979). Методы бутстрапа: еще один взгляд на складной нож. Анна. Стат. 7: 1–26.
  45. ^ Маргуш, Т; МакМоррис, Ф (1981). «Деревья консенсуса». Вестник математической биологии . 43 (2): 239. DOI : 10.1016 / S0092-8240 (81) 90019-7 .
  46. ^ Сокал, Роберт R; Рольф, Ф. Джеймс (1981). «Таксономическое соответствие в Leptopodomorpha повторно исследовано». Систематическая зоология . 30 (3): 309. DOI : 10,2307 / 2413252 . JSTOR 2413252 . 
  47. ^ Фельзенштейн, Джозеф (1981). «Эволюционные деревья из последовательностей ДНК: подход максимального правдоподобия». Журнал молекулярной эволюции . 17 (6): 368–76. Bibcode : 1981JMolE..17..368F . DOI : 10.1007 / BF01734359 . PMID 7288891 . S2CID 8024924 .  
  48. ^ Хенди, Мэриленд; Пенни, Дэвид (1982). «Алгоритмы ветвей и границ для определения минимальных эволюционных деревьев». Математические биологические науки . 59 (2): 277. DOI : 10.1016 / 0025-5564 (82) 90027-X .
  49. ^ Липскомб, Диана (1985). «Эукариотические царства». Кладистика . 1 (2): 127–40. DOI : 10.1111 / j.1096-0031.1985.tb00417.x . S2CID 84151309 . 
  50. ^ Фельзенштейн, J (1985). «Пределы уверенности в филогении: подход, использующий бутстрап». Эволюция . 39 (4): 783–791. DOI : 10.2307 / 2408678 . JSTOR 2408678 . PMID 28561359 .  
  51. ^ Lanyon, С. М. (1985). «Обнаружение внутренних несоответствий в данных о расстоянии». Систематическая биология . 34 (4): 397–403. CiteSeerX 10.1.1.1000.3956 . DOI : 10.1093 / sysbio / 34.4.397 . 
  52. ^ Saitou, N .; Ней, М. (1987). «Метод объединения соседей: новый метод реконструкции филогенетических деревьев» . Молекулярная биология и эволюция . 4 (4): 406–25. DOI : 10.1093 / oxfordjournals.molbev.a040454 . PMID 3447015 . 
  53. ^ Bremer, Кора (1988). "Пределы данных аминокислотной последовательности в филогенетической реконструкции покрытосеменных". Эволюция . 42 (4): 795–803. DOI : 10.1111 / j.1558-5646.1988.tb02497.x . PMID 28563878 . S2CID 13647124 .  
  54. ^ Фаррис, Джеймс S (1989). «Индекс удержания и измененный индекс согласованности». Кладистика . 5 (4): 417–419. DOI : 10.1111 / j.1096-0031.1989.tb00573.x . S2CID 84287895 . 
  55. ^ Арчи, Джеймс У (1989). «Коэффициенты избытка гомоплазии: новые индексы для измерения уровней гомоплазии в филогенетической систематике и критика индекса согласованности». Систематическая зоология . 38 (3): 253–269. DOI : 10.2307 / 2992286 . JSTOR 2992286 . 
  56. ^ Bremer, Кора (1990). «Консенсус комбинируемых компонентов». Кладистика . 6 (4): 369–372. DOI : 10.1111 / j.1096-0031.1990.tb00551.x . S2CID 84151348 . 
  57. ^ DL Swofford и GJ Olsen. 1990. Реконструкция филогении. В DM Hillis и G. Moritz (ред.), Molecular Systematics, pages 411–501. Sinauer Associates, Сандерленд, Массачусетс.
  58. ^ Goloboff, Pablo A (1991). «Гомоплазия и выбор среди кладограмм». Кладистика . 7 (3): 215–232. DOI : 10.1111 / j.1096-0031.1991.tb00035.x . S2CID 85418697 . 
  59. ^ Goloboff, Pablo A (1991). «Случайные данные, гомоплазия и информация». Кладистика . 7 (4): 395–406. DOI : 10.1111 / j.1096-0031.1991.tb00046.x . S2CID 85132346 . 
  60. ^ Goloboff, Пабло A (1993). «Оценка веса символов при поиске по дереву». Кладистика . 9 : 83–91. DOI : 10.1111 / j.1096-0031.1993.tb00209.x . S2CID 84231334 . 
  61. Перейти ↑ Wilkinson, M (1994). «Общая кладистическая информация и ее консенсусное представление: уменьшенные Адамса и уменьшенные деревья и профили кладистического консенсуса». Систематическая биология . 43 (3): 343–368. DOI : 10.1093 / sysbio / 43.3.343 .
  62. ^ Уилкинсон, Марк (1995). «Подробнее о методах ограниченного консенсуса». Систематическая биология . 44 (3): 435–439. DOI : 10.2307 / 2413604 . JSTOR 2413604 . 
  63. ^ Ли, Шуин; Перл, Деннис К.; Досс, Хани (2000). «Построение филогенетического дерева с использованием цепи Маркова Монте-Карло». Журнал Американской статистической ассоциации . 95 (450): 493. CiteSeerX 10.1.1.40.4461 . DOI : 10.1080 / 01621459.2000.10474227 . JSTOR 2669394 . S2CID 122459537 .   
  64. ^ Мау, Боб; Ньютон, Майкл А; Ларже, Брет (1999). "Байесовский филогенетический вывод с помощью методов Монте-Карло цепи Маркова". Биометрия . 55 (1): 1–12. CiteSeerX 10.1.1.139.498 . DOI : 10.1111 / j.0006-341X.1999.00001.x . JSTOR 2533889 . PMID 11318142 .   
  65. ^ Раннала, Брюс; Ян, Цзихэн (1996). «Распределение вероятностей молекулярных эволюционных деревьев: новый метод филогенетического вывода». Журнал молекулярной эволюции . 43 (3): 304–11. Bibcode : 1996JMolE..43..304R . DOI : 10.1007 / BF02338839 . PMID 8703097 . S2CID 8269826 .  
  66. ^ Goloboff, P (2003). «Улучшения передискретизации мер групповой поддержки». Кладистика . 19 (4): 324–32. DOI : 10.1111 / j.1096-0031.2003.tb00376.x . S2CID 55516104 . 
  67. ^ М. Ли, Х. Чен, Х. Ли, Б. Ма, PMB Vitanyi, Метрика подобия, IEEE Trans. Сообщить. Th., 50:12 (2004), 3250--3264
  68. ^ R. Cilibrasi, PMB Vitanyi, Кластеризация путем сжатия, IEEE Trans. Теория информации, 51: 4 (2005), 1523-1545
  69. ^ Хеггарти, Пол (2006). "Междисциплинарная недисциплина? Могут ли филогенетические методы значимо применяться к языковым данным - и к языку свиданий?" (PDF) . В Питере Форстере; Колин Ренфрю (ред.). Филогенетические методы и предыстория языков . Монографии Института Макдональда. Институт археологических исследований Макдональда.

Библиография [ править ]

  • Schuh, Randall T .; Брауэр, Эндрю В.З. (2009). Биологическая систематика: принципы и приложения (2-е изд.). Итака: паб Comstock. Associates / Cornell University Press. ISBN 978-0-8014-4799-0. OCLC  312728177 .
  • Форстер, Питер ; Ренфрю, Колин , ред. (2006). Филогенетические методы и предыстория языков . McDonald Institute Press, Кембриджский университет. ISBN 978-1-902937-33-5. OCLC  69733654 .
  • Баум, Дэвид А .; Смит, Стейси Д. (2013). Мышление о деревьях: введение в филогенетическую биологию . Гринвуд-Виллидж, Колорадо: Робертс и компания. ISBN 978-1-936221-16-5. OCLC  767565978 .
  • Стюесси, Тод Ф. (2009). Таксономия растений: систематическая оценка сравнительных данных . Издательство Колумбийского университета. ISBN 978-0-231-14712-5.

Внешние ссылки [ править ]

  • Словарное определение филогенетики в Викисловаре