Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Посттрансляционная модификация инсулина . Вверху рибосома транслирует последовательность мРНК в белок, инсулин, и пропускает белок через эндоплазматический ретикулум, где он разрезается, складывается и удерживается в форме дисульфидными (-SS-) связями. Затем белок проходит через аппарат Гольджи , где упаковывается в пузырьки. В пузырьке отрезается больше частей, и он превращается в зрелый инсулин.

Посттрансляционная модификация ( ПТМ ) относится к ковалентной и обычно ферментативной модификации белков после биосинтеза белка . Белки синтезируются рибосомами, транслирующими мРНК в полипептидные цепи, которые затем могут подвергаться ПТМ с образованием зрелого белкового продукта. ПТМ являются важными компонентами передачи сигналов в клетке , например, когда прогормоны превращаются в гормоны .

Посттрансляционные модификации могут происходить в боковых цепях аминокислот или на C- или N- концах белка . [1] Они могут расширить химический репертуар 20 стандартных аминокислот , изменив существующую функциональную группу или введя новую, такую ​​как фосфат . Фосфорилирование - очень распространенный механизм регулирования активности ферментов и наиболее распространенная посттрансляционная модификация. [2] Многие эукариотические и прокариотические белки также имеют молекулы углеводов , прикрепленные к ним в процессе, называемом гликозилированием., которые могут способствовать сворачиванию белков и улучшать стабильность, а также выполнять регуляторные функции. Присоединение липидных молекул, известное как липидирование , часто нацелено на белок или часть белка, прикрепленную к клеточной мембране .

Другие формы посттрансляционной модификации состоят в расщеплении пептидных связей , например, при преобразовании пропептида в зрелую форму или удалении инициаторного остатка метионина . Образование дисульфидных связей из остатков цистеина также можно назвать посттрансляционной модификацией. [3] Например, пептидный гормон инсулин разрезается дважды после образования дисульфидных связей, а пропептид удаляется из середины цепи; Полученный белок состоит из двух полипептидных цепей, соединенных дисульфидными связями.

Некоторые типы посттрансляционных модификаций являются следствием окислительного стресса . Карбонилирование является одним из примеров, при котором модифицированный белок подвергается деградации и может привести к образованию агрегатов белка. [4] [5] Конкретные модификации аминокислот могут использоваться в качестве биомаркеров, указывающих на окислительное повреждение. [6]

Сайты, которые часто подвергаются посттрансляционной модификации, имеют функциональную группу, которая может служить нуклеофилом в реакции: гидроксильные группы серина , треонина и тирозина ; в аминные формы лизина , аргинина и гистидина ; тиолят анион из цистеина ; в карбоксилатах из аспартата и глутамата ; и N- и C-концы. Кроме того, хотя амид из аспарагинаявляется слабым нуклеофилом, он может служить точкой присоединения гликанов . Более редкие модификации могут происходить в окисленных метионинах и некоторых метиленах в боковых цепях. [7]

Посттрансляционная модификация белков может быть экспериментально обнаружена различными методами, включая масс-спектрометрию , восточный блоттинг и вестерн-блоттинг . Дополнительные методы представлены в разделах внешних ссылок.

PTMs, включающие добавление функциональных групп [ править ]

Добавление ферментом in vivo [ править ]

Гидрофобные группы для локализации мембраны [ править ]

  • миристоилирование (тип ацилирования ), присоединение миристата , насыщенной кислоты C 14
  • пальмитоилирование (тип ацилирования), присоединение пальмитата , насыщенной кислоты C 16
  • изопренилирование или пренилирование , добавление изопреноидной группы (например, фарнезола и геранилгераниола )
    • фарнезилирование
    • геранилгеранилирование
  • глипирование , образование якоря гликозилфосфатидилинозитола (GPI) через амидную связь с C-концевым хвостом

Кофакторы для усиления ферментативной активности [ править ]

  • липоилирование (тип ацилирования), присоединение липоатной (C 8 ) функциональной группы
  • флавиновый фрагмент ( FMN или FAD ) может быть присоединен ковалентно
  • присоединение гема C через тиоэфирные связи с цистеинами
  • фосфопантетеинилирование , добавление 4'-фосфопантетеинильного фрагмента из кофермента А , как в жирной кислоте, поликетиде, нерибосомном пептиде и биосинтезе лейцина
  • retinylidene основание Шиффа образования

Модификации коэффициентов перевода [ править ]

  • образование дифтамида (на гистидине, обнаруженном в eEF2 )
  • прикрепление этаноламина к фосфоглицерину (на глутамате, обнаруженном в eEF1α ) [8]
  • образование гипузина (на консервативном лизине eIF5A (эукариотический) и aIF5A ( архейный ))
  • Добавление бета-лизина к консервативному лизину фактора удлинения P (EFP) у большинства бактерий. [9] EFP является гомологом eIF5A (эукариотический) и aIF5A ( архейный ) (см. Выше).

Меньшие химические группы [ править ]

  • ацилирование , например O- ацилирование ( сложные эфиры ), N- ацилирование ( амиды ), S- ацилирование ( тиоэфиры )
    • ацетилирование , добавление ацетильной группы либо к N-концу [10] белка, либо к остаткам лизина . [11] См. Также ацетилирование гистонов . [12] [13] Обратное называется деацетилированием .
    • формилирование
  • алкилирование , добавление алкильной группы, например метила , этила
    • метилирование: добавление метильной группы, обычно по остаткам лизина или аргинина . Обратное называется деметилированием .
  • амидирование на C-конце. Образуется путем окислительной диссоциации C-концевого остатка Gly. [14]
  • образование амидной связи
    • добавление аминокислот
      • аргинилирование , добавление тРНК- медиации
      • полиглутамилирование , ковалентное связывание остатков глутаминовой кислоты с N-концом тубулина и некоторых других белков. [15] (См. Тубулин полиглутамилаза )
      • полиглицилирование , ковалентное связывание от одного до более чем 40 остатков глицина с С-концевым хвостом тубулина
  • бутирилирование
  • гамма-карбоксилирование зависит от витамина К [16]
  • гликозилирование , добавление гликозильной группы к аргинину , аспарагину , цистеину , гидроксилизину , серину , треонину , тирозину или триптофану с образованием гликопротеина . В отличие от гликирования , которое рассматривается как неферментативное присоединение сахаров.
    • O -GlcNAc , добавление N- ацетилглюкозамина к остаткам серина или треонина в β-гликозидной связи
    • полисиалирование, добавление полисиаловой кислоты , PSA, к NCAM
  • малонилирование
  • гидроксилирование : добавление атома кислорода к боковой цепи остатка Pro или Lys
  • йодирование : добавление атома йода к ароматическому кольцу остатка тирозина (например, в тиреоглобулине )
  • добавление нуклеотидов, такое как АДФ-рибозилирование
  • образование сложного фосфатного эфира (с O- связью) или фосфорамидата (с N- связью)
    • фосфорилирование , добавление фосфатной группы, обычно к серину , треонину и тирозину (с O- связью) или гистидину (с N- связью)
    • аденилилирование , добавление аденилильного фрагмента, обычно к тирозину (с O- связью) или гистидину и лизину (с N- связью)
    • уридилилирование, добавление уридилильной группы (т.е. монофосфата уридина , UMP), обычно к тирозину
  • пропионилирование
  • образование пироглутамата
  • S -глутатионилирование
  • S -нитрозилирование
  • S- сульфенилирование (также известное как S- сульфенилирование), обратимое ковалентное присоединение одного атома кислорода к тиольной группе остатка цистеина [17]
  • S- сульфинилирование, обычно необратимое ковалентное присоединение двух атомов кислорода к тиольной группе остатка цистеина [17]
  • S- сульфонилирование, обычно необратимое ковалентное присоединение трех атомов кислорода к тиольной группе остатка цистеина , приводящее к образованию остатка цистеиновой кислоты [17]
  • сукцинилирование присоединения сукцинильной группы к лизину
  • сульфатирование , добавление сульфатной группы к тирозину .

Неферментативные добавки in vivo [ править ]

  • гликирование , добавление молекулы сахара к белку без контролирующего действия фермента.
  • карбамилирование: добавление изоциановой кислоты к N-концу белка или боковой цепи Lys. [18]
  • карбонилирование - добавление окиси углерода к другим органическим / неорганическим соединениям.
  • спонтанное образование изопептидной связи , что обнаруживается во многих поверхностных белках грамположительных бактерий . [19]

Неферментативные добавки in vitro [ править ]

  • биотинилирование : ковалентное присоединение части биотина с использованием реагента биотинилирования, обычно с целью мечения белка.
  • карбамилирование: добавление изоциановой кислоты к N-концу белка или боковой цепи остатков Lys или Cys, как правило, в результате воздействия растворов мочевины. [20]
  • окисление: добавление одного или нескольких атомов кислорода к чувствительной боковой цепи, в основном из остатков Met, Trp, His или Cys. Образование дисульфидных связей между остатками Cys.
  • пегилирование : ковалентное присоединение полиэтиленгликоля (ПЭГ) с использованием реагента пегилирования, как правило, к N-концу или боковым цепям остатков Lys. Пегилирование используется для повышения эффективности белковых фармацевтических препаратов.

Другие белки или пептиды [ править ]

  • ISGylation, ковалентная связь с белком ISG15 (интерферон-стимулированный ген 15) [21]
  • SUMOylation , ковалентная связь с белком SUMO (Small Ubiquitin-related MOdifier) [22]
  • убиквитинирование , ковалентное связывание с белком убиквитином.
  • неддилирование , ковалентная связь с Nedd
  • пупилирование , ковалентная связь с прокариотическим убиквитин-подобным белком

Химическая модификация аминокислот [ править ]

  • цитруллинирование , или дестилирование , превращение аргинина в цитруллин [23]
  • дезамидирование , превращение глутамина в глутаминовую кислоту или аспарагина в аспарагиновую кислоту
  • eliminylation , превращение в качестве алкена с помощью бета-элиминирования из фосфотреонин и фосфосерина или обезвоживания из треонина и серина [24]

Структурные изменения [ править ]

  • дисульфидные мостики , ковалентная связь двух аминокислот цистеина
  • протеолитическое расщепление , расщепление белка по пептидной связи
  • образование изоаспартата посредством циклизации аспарагина или аминокислотных остатков аспарагиновой кислоты
  • рацемизация
    • из серина с помощью белков-серин эпимеразы
    • из аланина в dermorphin , лягушки опиоидного пептида
    • из метионина в дельторфине , также лягушка опиоидного пептида ,
  • сплайсинг белков , автокаталитическое удаление интеинов, аналогичное процессингу мРНК

Статистика [ править ]

Общие PTM по частоте [ править ]

В 2011 году статистические данные каждой посттрансляционной модификации, обнаруженной экспериментально и предположительно, были собраны с использованием протеомной информации из базы данных Swiss-Prot. [25] Десять наиболее распространенных экспериментально обнаруженных модификаций были следующими: [26]

ЧастотаМодификация
58383Фосфорилирование
6751Ацетилирование
5526N-связанное гликозилирование
2844Амидация
1619Гидроксилирование
1523Метилирование
1133О-связанное гликозилирование
878Убиквитилирование
826Пирролидонкарбоновая кислота
504Сульфатирование

Общие PTM по остатку [ править ]

Некоторые общие посттрансляционные модификации конкретных аминокислотных остатков показаны ниже. Если не указано иное, модификации происходят в боковой цепи.

АминокислотаАббревиатураМодификация
АланинАлаN-ацетилирование (N-конец)
АргининArgдеэлиминирование до цитруллина , метилирование
АспарагинAsnдезамидирование до Asp или изо (Asp), N-связанное гликозилирование
Аспарагиновая кислотаЖерехизомеризация до изоаспарагиновой кислоты
ЦистеинCysобразование дисульфидной связи, окисление до сульфеновой, сульфиновой или сульфоновой кислоты, пальмитоилирование , N-ацетилирование (N-конец), S-нитрозилирование
ГлутаминGlnциклизации в пироглутаминовые кислоты (N-концевой), дезамидировании к глутаминовой кислоте или изопептид связи формации к лизину с помощью трансглютаминазы
Глютаминовая кислотаGluциклизация до пироглутаминовой кислоты (N-конец), гамма-карбоксилирование
ГлицинGlyN- миристоилирование (N-конец), N-ацетилирование (N-конец)
ГистидинЕгоФосфорилирование
ИзолейцинИль
ЛейцинЛея
ЛизинLysацетилирование , убиквитинирование , сумоилирование , метилирование , гидроксилирование
МетионинВстретилисьN-ацетилирование (N-конец), N-связанное убиквитинирование, окисление до сульфоксида или сульфона
ФенилаланинPhe
ПролинProгидроксилирование
СеринСерФосфорилирование , О-связанное гликозилирование , N-ацетилирование (N-конец)
ТреонинThrФосфорилирование , О-связанное гликозилирование , N-ацетилирование (N-конец)
ТриптофанTrpмоно- или диоксидирование, образование кинуренина , триптофана, триптофилхинона
ТирозинТюрсульфатирование , фосфорилирование
ВалинВалN-ацетилирование (N-конец)

Базы данных и инструменты [ править ]

Блок-схема процесса и источники данных для прогнозирования PTM. [27]

Последовательности белков содержат мотивы последовательностей, которые распознаются модифицирующими ферментами и которые могут быть задокументированы или предсказаны в базах данных PTM. Поскольку обнаруживается большое количество различных модификаций, существует необходимость документировать такую ​​информацию в базах данных. Информацию PTM можно собрать экспериментальным путем или спрогнозировать на основе высококачественных данных, собранных вручную. Были созданы многочисленные базы данных, часто с акцентом на определенные таксономические группы (например, человеческие белки) или другие особенности.

Список ресурсов [ править ]

  • PhosphoSitePlus [28] - База данных с исчерпывающей информацией и инструментами для изучения посттрансляционной модификации белков млекопитающих.
  • ProteomeScout [29] - экспериментальная база данных белков и посттрансляционных модификаций.
  • Справочная база данных белков человека [29] - база данных для различных модификаций и понимания различных белков, их классов и функций / процессов, связанных с белками, вызывающими заболевания.
  • PROSITE [30] - База данных шаблонов консенсуса для многих типов PTM, включая сайты
  • Ресурс информации о белках (PIR) [31] - база данных для получения набора аннотаций и структур для PTM.
  • dbPTM [27] - база данных, которая показывает различные PTM и информацию об их химических компонентах / структурах и частоте для сайта, измененного аминокислотой.
  • Uniprot имеет информацию о PTM, хотя она может быть менее полной, чем в более специализированных базах данных.
    Влияние ПТМ на функцию белков и физиологические процессы. [32]

Инструменты [ править ]

Список программ для визуализации белков и их ПТМ

  • PyMOL [33] - ввести набор общих PTM в модели белков.
  • УДИВИТЕЛЬНЫЙ [34] - Интерактивный инструмент, чтобы увидеть роль полиморфизмов одиночных нуклеотидов в PTM
  • Химера [35] - Интерактивная база данных для визуализации молекул.

Примеры случаев [ править ]

  • Расщепление и образование дисульфидных мостиков во время производства инсулина
  • ПТМ гистонов как регуляция транскрипции : контроль РНК-полимеразы структурой хроматина
  • ПТМ РНК-полимеразы II как регуляция транскрипции
  • Расщепление полипептидных цепей имеет решающее значение для специфичности лектина [36]

Зависимость [ править ]

Основная черта зависимости - ее стойкость. Аддиктивный фенотип может сохраняться на протяжении всей жизни, при этом тяга к наркотикам и рецидивы возникают даже после десятилетий воздержания. [37] Посттрансляционные модификации, состоящие из эпигенетических изменений хвостов гистоновых белков в определенных областях мозга, по-видимому, имеют решающее значение для молекулярной основы зависимостей . [37] [38] [39] Как только происходят определенные посттрансляционные эпигенетические модификации, они, по-видимому, представляют собой длительные «молекулярные шрамы», которые могут объяснять стойкость зависимостей. [37] [40]

Курильщики сигарет (около 21% населения США в 2013 г. [41] ) обычно имеют никотиновую зависимость . [42] После 7 дней никотинового лечения мышей посттрансляционные модификации, состоящие из ацетилирования как гистона H3, так и гистона H4, увеличились на промоторе FosB в прилежащем ядре мозга, что привело к увеличению экспрессии FosB на 61%. [43] Это также увеличивает экспрессию варианта сплайсинга Delta FosB . В прилежащем ядре мозга Delta FosB действует как «устойчивый молекулярный переключатель» и «главный управляющий белок» в развитии зависимости . [44] [45] Аналогичным образом, после 15 дней никотиновой обработки крыс посттрансляционная модификация, состоящая из 3-кратного увеличения ацетилирования гистона H4, происходит на промоторе гена рецептора дофамина D1 (DRD1) в префронтальной коре головного мозга ( PFC) крыс. Это вызвало повышенное высвобождение дофамина в области мозга, связанной с вознаграждением PFC , и такое повышенное высвобождение дофамина признано важным фактором зависимости. [46] [47]

Около 7% населения США страдает алкогольной зависимостью . У крыс, подвергнутых воздействию алкоголя в течение 5 дней, наблюдалось усиление посттрансляционной модификации ацетилирования гистона 3 лизина 9, H3K9ac , в промоторе проноцицептина в комплексе миндалины мозга . Это ацетилирование является активирующей меткой для пронцицептина. Система опиоидных рецепторов ноцицептина / ноцицептина участвует в усиливающих или кондиционирующих эффектах алкоголя. [48]

Кокаиновая зависимость встречается примерно у 0,5% населения США. Повторное введение кокаина мышам вызывает посттрансляционные модификации, включая гиперацетилирование гистона 3 (H3) или гистона 4 (H4) по 1696 генам в одной области мозга [ прилежащее ядро ] и деацетилирование по 206 генам. [49] [50] По крайней мере, 45 генов, как было показано в предыдущих исследованиях, имеют повышенную регуляцию в прилежащем ядре.мышей после хронического воздействия кокаина, как было обнаружено, связаны с посттрансляционным гиперацетилированием гистона H3 или гистона H4. Многие из этих отдельных генов напрямую связаны с аспектами зависимости, связанной с воздействием кокаина. [50] [51]

В 2013 году 22,7 миллиона человек в возрасте от 12 лет и старше в Соединенных Штатах Америки нуждались в лечении от проблемы употребления запрещенных наркотиков или алкоголя (8,6 процента лиц в возрасте от 12 лет). [41]

См. Также [ править ]

  • Нацеливание на белок
  • Посттрансляционное регулирование

Ссылки [ править ]

  1. ^ Пратт, Дональд Воет; Джудит Г. Воет; Шарлотта В. (2006). Основы биохимии: жизнь на молекулярном уровне (2-е изд.). Хобокен, Нью-Джерси: Уайли. ISBN 978-0-471-21495-3.
  2. ^ Хури Г.А., Baliban RC, Floudas CA (сентябрь 2011). «Статистика посттрансляционных модификаций в масштабе протеома: частотный анализ и курирование базы данных swiss-prot» . Научные отчеты . 1 : 90. Bibcode : 2011NatSR ... 1E..90K . DOI : 10.1038 / srep00090 . PMC 3201773 . PMID 22034591 .  
  3. ^ Лодиш Х, Берк А, Зипурский С.Л. и др. (2000). «17.6, Посттрансляционные модификации и контроль качества в грубой ER» . Молекулярная клеточная биология (4-е изд.). Нью-Йорк: WH Freeman. ISBN 978-0-7167-3136-8.
  4. ^ Даль-Донн I, Aldini G, M Carini, Colombo R, R Rossi, Milzani A (2006). «Карбонилирование белков, клеточная дисфункция и прогрессирование заболевания» . Журнал клеточной и молекулярной медицины . 10 (2): 389–406. DOI : 10.1111 / j.1582-4934.2006.tb00407.x . PMC 3933129 . PMID 16796807 .  
  5. ^ Grimsrud PA, Се H, Griffin TJ, Bernlohr DA (август 2008). «Окислительный стресс и ковалентная модификация белка биоактивными альдегидами» . Журнал биологической химии . 283 (32): 21837–41. DOI : 10.1074 / jbc.R700019200 . PMC 2494933 . PMID 18445586 .  
  6. ^ Gianazza E, Кроуфорд J, Миллер I (июль 2007). «Обнаружение окислительных посттрансляционных модификаций в белках». Аминокислоты . 33 (1): 51–6. DOI : 10.1007 / s00726-006-0410-2 . PMID 17021655 . 
  7. ^ Уолш, Кристофер Т. (2006). Посттрансляционная модификация белков: расширение запасов природы . Энглвуд: Робертс и Ко. Publ. ISBN 9780974707730. : 12–14
  8. ^ Whiteheart SW, Shenbagamurthi P, Chen L, Cotter RJ, Hart GW и др. (Август 1989 г.). «Мышиный фактор элонгации 1 альфа (EF-1 альфа) посттрансляционно модифицирован новыми амидно-связанными этаноламин-фосфоглицериновыми фрагментами. Добавление этаноламин-фосфоглицерина к специфическим остаткам глутаминовой кислоты на EF-1 альфа». Журнал биологической химии . 264 (24): 14334–41. PMID 2569467 . 
  9. ^ Рой H, Цзоу SB, Bullwinkle TJ, Wolfe BS, MS Gilreath, Форсайт CJ, Наварра WW, Ibba M (август 2011). «Паралог тРНК-синтетазы PoxA модифицирует фактор элонгации-P с помощью (R) -β-лизина» . Природа Химическая биология . 7 (10): 667–9. DOI : 10.1038 / nchembio.632 . PMC 3177975 . PMID 21841797 .  
  10. ^ Polevoda B, Шерман F (январь 2003). «N-концевые ацетилтрансферазы и требования к последовательности для N-концевого ацетилирования эукариотических белков». Журнал молекулярной биологии . 325 (4): 595–622. DOI : 10.1016 / S0022-2836 (02) 01269-X . PMID 12507466 . 
  11. ^ Ян XJ, Сето E (август 2008). «Ацетилирование лизина: кодифицированное перекрестное взаимодействие с другими посттрансляционными модификациями» . Молекулярная клетка . 31 (4): 449–61. DOI : 10.1016 / j.molcel.2008.07.002 . PMC 2551738 . PMID 18722172 .  
  12. ^ Bártová Е, Krejčí Дж, Harnicarová А, Galiová G, Козубек S (август 2008 г.). «Модификации гистонов и ядерная архитектура: обзор» . Журнал гистохимии и цитохимии . 56 (8): 711–21. DOI : 10,1369 / jhc.2008.951251 . PMC 2443610 . PMID 18474937 .  
  13. ^ Glozak М.А., Сенгупт N, Zhang X, Seto E (декабрь 2005). «Ацетилирование и деацетилирование негистоновых белков». Джин . 363 : 15–23. DOI : 10.1016 / j.gene.2005.09.010 . PMID 16289629 . 
  14. Перейти ↑ Bradbury AF, Smyth DG (март 1991). «Амидирование пептидов». Направления биохимических наук . 16 (3): 112–5. DOI : 10.1016 / 0968-0004 (91) 90044-V . PMID 2057999 . 
  15. ^ Edde В, Росье Дж, Ле Каэр ДП, Desbruyères Е, F Gros, Denoulet Р (январь 1990). «Посттрансляционное глутамилирование альфа-тубулина». Наука . 247 (4938): 83–5. Bibcode : 1990Sci ... 247 ... 83E . DOI : 10.1126 / science.1967194 . PMID 1967194 . 
  16. ^ Уокер С.С., Шетти Р.П., Кларк К., Кадзуко С.Г., Летсо А., Оливер Б.М., Бандйопадхьяй П.К. и др. (Март 2001 г.). «О потенциальной глобальной роли витамин K-зависимого гамма-карбоксилирования в системах животных. Доказательства гамма-глутамилкарбоксилазы у Drosophila» . Журнал биологической химии . 276 (11): 7769–74. DOI : 10.1074 / jbc.M009576200 . PMID 11110799 . 
  17. ^ a b c Чанг HS, et al. (Январь 2013). «Окислительные посттрансляционные модификации цистеина: возникающая регуляция в сердечно-сосудистой системе» . Циркуляционные исследования . 112 (2): 382–92. DOI : 10,1161 / CIRCRESAHA.112.268680 . PMC 4340704 . PMID 23329793 .  
  18. ^ Jaisson S, Pietrement C, Gillery P (ноябрь 2011). «Продукты, производные карбамилирования: биоактивные соединения и потенциальные биомаркеры хронической почечной недостаточности и атеросклероза» . Клиническая химия . 57 (11): 1499–505. DOI : 10,1373 / clinchem.2011.163188 . PMID 21768218 . 
  19. ^ Кан HJ Бейкер EN (апрель 2011). «Внутримолекулярные изопептидные связи: сшивки белков, созданные для стресса?». Направления биохимических наук . 36 (4): 229–37. DOI : 10.1016 / j.tibs.2010.09.007 . PMID 21055949 . 
  20. ^ Stark GR, Stein WH, Мур X (1960). «Реакции цианата, присутствующего в водной мочевине, с аминокислотами и белками». J Biol Chem . 235 (11): 3177–3181.
  21. ↑ Малахова О.А., Ян М., Малахов М.П., ​​Юань Ю., Ричи К.Дж., Ким К.И., Петерсон Л.Ф., Шуай К., Чжан Д.Э. (февраль 2003 г.). «ISGylation белка модулирует путь передачи сигнала JAK-STAT» . Гены и развитие . 17 (4): 455–60. DOI : 10,1101 / gad.1056303 . PMC 195994 . PMID 12600939 .  
  22. Перейти ↑ Van G. Wilson (Ed.) (2004). Сумоилирование: молекулярная биология и биохимия. Архивировано 9 февраля 2005 г. в Wayback Machine . Horizon Bioscience. ISBN 0-9545232-8-8 . 
  23. ^ Klareskog л, Rönnelid Дж, Лундберга К, Padyukov л, Альфредссон л (2008). «Иммунитет к цитруллинированным белкам при ревматоидном артрите» . Ежегодный обзор иммунологии . 26 : 651–75. DOI : 10.1146 / annurev.immunol.26.021607.090244 . PMID 18173373 . 
  24. ^ Бреннан DF, Барфорд D (март 2009). «Элиминилирование: посттрансляционная модификация, катализируемая фосфотреонинлиазами». Направления биохимических наук . 34 (3): 108–14. DOI : 10.1016 / j.tibs.2008.11.005 . PMID 19233656 . 
  25. ^ Хури Г.А., Baliban RC, Floudas CA (сентябрь 2011). «Статистика посттрансляционных модификаций в масштабе протеома: частотный анализ и курирование базы данных swiss-prot» . Научные отчеты . 1 (90): 90. Bibcode : 2011NatSR ... 1E..90K . DOI : 10.1038 / srep00090 . PMC 3201773 . PMID 22034591 .  
  26. ^ «Статистика посттрансляционных модификаций протеома» . selene.princeton.edu . Архивировано из оригинала на 2012-08-30 . Проверено 22 июля 2011 .
  27. ^ a b Lee TY, Huang HD, Hung JH, Huang HY, Yang YS, Wang TH (январь 2006 г.). «dbPTM: хранилище информации о посттрансляционной модификации белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (выпуск базы данных): D622-7. DOI : 10.1093 / NAR / gkj083 . PMC 1347446 . PMID 16381945 .  
  28. ^ Хорнбек П.В., Чжан В, Мюррей В, Корнхаузер JM, Лэзэй В, Е Skrzypek (январь 2015). «PhosphoSitePlus, 2014: мутации, ПТМ и перекалибровки» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (выпуск базы данных): D512-20. DOI : 10.1093 / NAR / gku1267 . PMC 4383998 . PMID 25514926 .  
  29. ^ a b Goel R, Harsha HC, Pandey A, Prasad TS (февраль 2012 г.). «Справочная база данных белков человека и Human Proteinpedia как ресурсы для анализа фосфопротеома» . Молекулярные биосистемы . 8 (2): 453–63. DOI : 10.1039 / c1mb05340j . PMC 3804167 . PMID 22159132 .  
  30. ^ Сигрист CJ, Cerutti л, де Кастро Е, Langendijk-Genevaux ПС, Bulliard В, Bairoch А, Хуло Н (январь 2010). «PROSITE, база данных белковых доменов для функциональной характеристики и аннотации» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (выпуск базы данных): D161-6. DOI : 10.1093 / NAR / gkp885 . PMC 2808866 . PMID 19858104 .  
  31. ^ Гаравелли JS (январь 2003). «База данных модификаций белков RESID: разработки 2003 г.» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (1): 499–501. DOI : 10.1093 / NAR / gkg038 . PMC 165485 . PMID 12520062 .  
  32. ^ Audagnotto МЫ, Dal Peraro M (2017-03-31). «Инструменты прогнозирования in silico и молекулярное моделирование» . Журнал вычислительной и структурной биотехнологии . 15 : 307–319. DOI : 10.1016 / j.csbj.2017.03.004 . PMC 5397102 . PMID 28458782 .  
  33. ^ Варнек А, Сандалов Т, Ашур А, Харрис РА (ноябрь 2014). «PyTMs: полезный плагин PyMOL для моделирования распространенных посттрансляционных модификаций» . BMC Bioinformatics . 15 (1): 370. DOI : 10,1186 / s12859-014-0370-6 . PMC 4256751 . PMID 25431162 .  
  34. ^ Ян Y, Пэн X, Ying P, Tian J, Li J, Ke J, Zhu Y, Gong Y, Zou D, Yang N, Wang X, Mei S, Zhong R, Gong J, Chang J, Miao X (январь 2019). «УДИВИТЕЛЬНЫЙ: база данных SNP, которые влияют на посттрансляционные модификации белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (D1): D874 – D880. DOI : 10.1093 / NAR / gky821 . PMC 6324025 . PMID 30215764 .  
  35. ^ Моррис JH, Huang CC, Бэббит PC, Ferrin TE (сентябрь 2007). «structureViz: соединение Cytoscape и UCSF Chimera» . Биоинформатика . 23 (17): 2345–7. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btm329 . PMID 17623706 . 
  36. ^ «1tp8 - Proteopedia, жизнь в 3D» . www.proteopedia.org .
  37. ^ a b c Робисон AJ, Nestler EJ (октябрь 2011 г.). «Транскрипционные и эпигенетические механизмы зависимости» . Обзоры природы. Неврология . 12 (11): 623–37. DOI : 10.1038 / nrn3111 . PMC 3272277 . PMID 21989194 .  
  38. ^ Хичкок LN, Lattal км (2014). «Гистон-опосредованная эпигенетика в зависимости» . Прогресс в молекулярной биологии и трансляционной науке. 128 : 51–87. DOI : 10.1016 / B978-0-12-800977-2.00003-6 . ISBN 9780128009772. PMC  5914502 . PMID  25410541 . Цитировать журнал требует |journal=( помощь )
  39. ^ Маккуон SC, Wood MA (апрель 2010). «Эпигенетическая регуляция при расстройствах, связанных с употреблением психоактивных веществ» . Текущие отчеты психиатрии . 12 (2): 145–53. DOI : 10.1007 / s11920-010-0099-5 . PMC 2847696 . PMID 20425300 .  
  40. ^ Дабин Дж, Форчунь А, Polo SE (июнь 2016). «Поддержание эпигенома в ответ на повреждение ДНК» . Молекулярная клетка . 62 (5): 712–27. DOI : 10.1016 / j.molcel.2016.04.006 . PMC 5476208 . PMID 27259203 .  
  41. ^ a b Управление служб психического здоровья и злоупотребления психоактивными веществами, Результаты национального исследования употребления наркотиков и здоровья 2013 года: сводка национальных результатов, серия NSDUH H-48, публикация HHS № (SMA) 14-4863. Роквилл, Мэриленд: Управление служб охраны психического здоровья и токсикомании, 2014 г.
  42. ^ Злоупотребление, Национальный институт по наркотикам. "Вызывает ли никотиновая зависимость?" .
  43. ^ Левин А, Хуан Y, Drisaldi В, Гриффин Е.А., Поллэк ДД, Сюй S, D Инь, Schaffran С, Кандел БД, Кандел ER (ноябрь 2011 года). «Молекулярный механизм шлюзового наркотика: эпигенетические изменения, инициированные кокаином экспрессией основного гена никотина» . Трансляционная медицина науки . 3 (107): 107ra109. DOI : 10.1126 / scitranslmed.3003062 . PMC 4042673 . PMID 22049069 .  
  44. ^ Сборки JK (ноябрь 2014). «Молекулярная нейробиология зависимости: что такое (Δ) FosB?». Американский журнал злоупотребления наркотиками и алкоголем . 40 (6): 428–37. DOI : 10.3109 / 00952990.2014.933840 . PMID 25083822 . 
  45. ^ Нестлер EJ, Барро M, Self DW (сентябрь 2001). «DeltaFosB: устойчивый молекулярный переключатель от зависимости» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 98 (20): 11042–6. Bibcode : 2001PNAS ... 9811042N . DOI : 10.1073 / pnas.191352698 . PMC 58680 . PMID 11572966 .  
  46. ^ Gozen O, Балканский B, Йылдырым E, Koylu EO, Pogun S (сентябрь 2013). «Эпигенетический эффект никотина на экспрессию дофаминового рецептора D1 в префронтальной коре головного мозга крыс». Синапс . 67 (9): 545–52. DOI : 10.1002 / syn.21659 . PMID 23447334 . 
  47. ^ Издательство, Гарвардское здоровье. «Как зависимость захватывает мозг - Harvard Health» .
  48. ^ Д'Аддарио С, Caputi FF, Экстрем TJ, Ди Бенедетто М, Maccarrone М, Romualdi Р, Candeletti S (февраль 2013 г. ). «Этанол вызывает эпигенетическую модуляцию экспрессии генов продинорфина и проноцицептина в комплексе миндалины крысы». Журнал молекулярной неврологии . 49 (2): 312–9. DOI : 10.1007 / s12031-012-9829-у . PMID 22684622 . 
  49. ^ Walker DM, Нестлер EJ (2018). «Нейроэпигенетика и наркозависимость» . Справочник по клинической неврологии. 148 : 747–765. DOI : 10.1016 / B978-0-444-64076-5.00048-X . ISBN 9780444640765. PMC  5868351 . PMID  29478612 . Цитировать журнал требует |journal=( помощь )
  50. ^ a b Рентал В., Кумар А., Сяо Дж., Уилкинсон М., Ковингтон Х. Э., Лабиринт I, Сикдер Д., Робисон А. Дж., ЛаПлант Q, Дитц Д. М., Руссо С. Дж., Виалоу В., Чакраварти С., Кодадек Т. Дж., Стек A, Каббадж М. , Nestler EJ (май 2009 г.). «Полногеномный анализ регуляции хроматина с помощью кокаина показывает роль сиртуинов» . Нейрон . 62 (3): 335–48. DOI : 10.1016 / j.neuron.2009.03.026 . PMC 2779727 . PMID 19447090 .  
  51. ^ https://www.drugsandalcohol.ie/12728/1/NIDA_Cocaine.pdf

Внешние ссылки [ править ]

  • dbPTM - база данных посттрансляционных модификаций белков

( Копия Wayback Machine )

  • Список посттрансляционных модификаций в ExPASy
  • Обзор доменов SCOP по PTM - из базы данных dcGO
  • Статистика каждой посттрансляционной модификации из базы данных Swiss-Prot

(Машина обратного пути)

  • AutoMotif Server - вычислительный протокол для идентификации посттрансляционных модификаций в белковых последовательностях
  • Функциональные анализы сайт-специфического фосфорилирования целевого белка в клетках
  • Обнаружение посттрансляционных модификаций после высокоточного MSMS
  • Обзор и описание часто используемых методов обнаружения посттрансляционных модификаций