Dermicidin , также известный как протеолиз-индуцирующего фактора ( PIF ), представляет собой белок , который у человека кодируется DCD гена . [3] [4] Это антимикробный пептид [4], секретируемый эккринными потовыми железами человека на кожу как часть врожденной защиты иммунной системы хозяина. Он также участвует в протеолизе. [4]
DCD | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| |||||||||||||||||||||||||
Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||
Псевдонимы | DCD , AIDD, DCD-1, DSEP, HCAP, PIF, дермцидин | ||||||||||||||||||||||||
Внешние идентификаторы | OMIM : 606634 HomoloGene : 89039 GeneCards : DCD | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ортологи | |||||||||||||||||||||||||
Разновидность | Человек | Мышь | |||||||||||||||||||||||
Entrez |
|
| |||||||||||||||||||||||
Ансамбль |
|
| |||||||||||||||||||||||
UniProt |
|
| |||||||||||||||||||||||
RefSeq (мРНК) |
|
| |||||||||||||||||||||||
RefSeq (белок) |
|
| |||||||||||||||||||||||
Расположение (UCSC) | Chr 12: 54.64 - 54.65 Мб | н / д | |||||||||||||||||||||||
PubMed поиск | [2] | н / д | |||||||||||||||||||||||
Викиданные | |||||||||||||||||||||||||
|
Функция
Дермицидин - это секретируемый белок, который впоследствии превращается в зрелые пептиды с различными биологическими активностями. С-концевой пептид конститутивно экспрессируется в поте и обладает антибактериальным и противогрибковым действием. N-концевой пептид, также известный как диффузный пептид уклонения от выживания, способствует выживанию нервных клеток в условиях тяжелого окислительного стресса. Гликозилированная форма N-концевого пептида может быть связана с кахексией (мышечным истощением) у онкологических больных. [4]
Пептид уклонения от выживания Противомикробный пептидYDPEAASAPGSGNPCHEASAAQKENAGEDPGLARQAPKPRKQR SSLLEKGLDGAKKAVGGLGKLGKDAVEDLESVGKGAVHDVKDVLDSVL
C-концевой предшественник DCD-1L представляет собой пептид из 48 остатков, который демонстрирует частичную спиральность в растворе, о чем свидетельствует определение структуры его раствора с помощью ЯМР и КД-спектроскопии. Полноразмерный предшественник обрабатывается неопределенными протеазами, присутствующими в поту человека, с образованием нескольких более коротких пептидов, которые проявляют разную антимикробную активность, названных в соответствии с их С-концевым триплетом аминокислот и длиной их остатков. Одним из таких активных пептидов является SSL25, который показывает двукратное увеличение активности против E.coli по сравнению с DCD-1L. [5]
DCD-1L SSLLEKGLDGAKKAVGGLGKLGKDAVEDLESVGKGAVHDVKDVLDSVLDCD-1 SSLLEKGLDGAKKAVGGLGKLGKDAVEDLESVGKGAVHDVKDVLDSVSSL25 SSLLEKGLDGAKKAVGGLGKLGKDA
Механизм
Кристаллическая структура дермицидина была решена в растворе, чтобы выявить гексамерный спиральный пучок, опосредованный связыванием ионов Zn. [6] Это наблюдается, чтобы сформировать наклонный канал в мембранах при компьютерном исследовании с помощью моделирования молекулярной динамики, и один из предполагаемых механизмов противомикробного действия, выведенный из этого наблюдения, заключается в разделении ионного градиента через биологические мембраны. Это подтверждается одновременными наблюдениями в экспериментальных исследованиях зависимой от напряжения деполяризации липидных бислоев.
Рекомендации
- ^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000161634 - Ensembl , май 2017 г.
- ^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ Schittek B, Hipfel R, Sauer B, Bauer J, Kalbacher H, Stevanovic S, Schirle M, Schroeder K, Blin N, Meier F, Rassner G, Garbe C (ноябрь 2001 г.). «Дермицидин: новый человеческий пептид-антибиотик, секретируемый потовыми железами». Nat Immunol . 2 (12): 1133–7. DOI : 10.1038 / ni732 . PMID 11694882 . S2CID 26126901 .
- ^ а б в г "Entrez Gene: DCD дермицидин" .
- ^ Baechle D, Flad T, Cansier A и др. (2006). «Катепсин D присутствует в эккринном поте человека и участвует в постсекреторном процессинге антимикробного пептида DCD-1L» . J. Biol. Chem . 281 (9): 5406–15. DOI : 10.1074 / jbc.M504670200 . PMID 16354654 .
- ^ PDB : 2YMK Сонг, Чен; Вайхбродт, Конрад; Сальников, Евгений С; Дыновский, Марек; Форсберг, Бьорн О; Бехингер, Буркхард; Стейнем, Клаудиа; де Гроот, Берт Л.; Захария, Ульрих; Зет, Корнелиус (февраль 2013 г.). «Кристаллическая структура и функциональный механизм антимикробного мембранного канала человека» . PNAS . 110 (12): 4586–91. DOI : 10.1073 / pnas.1214739110 . PMC 3607029 . PMID 23426625 .
дальнейшее чтение
- Тодоров П., Царьюк П., МакДевитт Т. и др. (1996). «Характеристика кахектического фактора рака». Природа . 379 (6567): 739–42. DOI : 10.1038 / 379739a0 . PMID 8602222 . S2CID 4331928 .
- Тодоров П.Т., Дьякон М., Тисдейл М.Дж. (1997). «Структурный анализ продуцируемого опухолью сульфатированного гликопротеина, способного инициировать деградацию мышечного белка» . J. Biol. Chem . 272 (19): 12279–88. DOI : 10.1074 / jbc.272.19.12279 . PMID 9139670 .
- Каннингем Т.Дж., Ходж Л., Спайчер Д. и др. (1998). «Идентификация пептида, способствующего выживанию, в среде, обусловленной окислительным стрессом клеточных линий нервной системы» . J. Neurosci . 18 (18): 7047–60. DOI : 10.1523 / JNEUROSCI.18-18-07047.1998 . PMC 6793258 . PMID 9736629 .
- Каннингем Т.Дж., Цзин Х., Ван И, Ходж Л. (2000). «Связывание кальретикулина и другие биологические активности пептида выживания Y-P30, включая эффекты системного лечения крыс». Exp. Neurol . 163 (2): 457–68. DOI : 10.1006 / exnr.2000.7390 . PMID 10833321 . S2CID 22279800 .
- Каннингем Т.Дж., Джинг Х., Акерблом И. и др. (2002). «Идентификация кДНК человека для нового пептида выживания / уклонения (DSEP): исследования in vitro и in vivo сверхэкспрессии нервными клетками». Exp. Neurol . 177 (1): 32–9. DOI : 10.1006 / exnr.2002.7979 . PMID 12429208 . S2CID 11829104 .
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 99 (26): 16899–903. DOI : 10.1073 / pnas.242603899 . PMC 139241 . PMID 12477932 .
- Портер Д., Веремович С., Чин К. и др. (2003). «Фактор нервной выживаемости - кандидат в онкоген при раке груди» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 100 (19): 10931–6. DOI : 10.1073 / pnas.1932980100 . PMC 196905 . PMID 12953101 .
- Чжан З., Хензель В.Дж. (2005). «Прогнозирование сигнального пептида на основе анализа экспериментально подтвержденных сайтов расщепления» . Protein Sci . 13 (10): 2819–24. DOI : 10.1110 / ps.04682504 . PMC 2286551 . PMID 15340161 .
- Судзуки Ю., Ямасита Р., Широта М. и др. (2004). «Сравнение последовательностей генов человека и мыши выявляет гомологичную блочную структуру в промоторных областях» . Genome Res . 14 (9): 1711–8. DOI : 10.1101 / gr.2435604 . PMC 515316 . PMID 15342556 .
- Монитто С.Л., Донг С.М., Джен Дж., Сидранский Д. (2005). «Характеристика человеческого гомолога фактора, индуцирующего протеолиз, и его роль в раковой кахексии» . Clin. Cancer Res . 10 (17): 5862–9. DOI : 10.1158 / 1078-0432.CCR-04-0435 . PMID 15355918 .
- Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)» . Genome Res . 14 (10B): 2121–7. DOI : 10.1101 / gr.2596504 . PMC 528928 . PMID 15489334 .
- Лай Ю.П., Пэн Ю.Ф., Цзо Ю. и др. (2005). «Функциональная и структурная характеристика рекомбинантного дермицидина-1L, человеческого антимикробного пептида». Biochem. Биофиз. Res. Commun . 328 (1): 243–50. DOI : 10.1016 / j.bbrc.2004.12.143 . PMID 15670776 .
- Риг С., Штеффен Х., Сибер С. и др. (2005). «Дефицит антимикробных пептидов, полученных из дермицидина, в поту пациентов с атопическим дерматитом коррелирует с нарушением врожденной защиты кожи человека in vivo» . J. Immunol . 174 (12): 8003–10. DOI : 10.4049 / jimmunol.174.12.8003 . PMID 15944307 .
- Watchorn TM, Dowidar N, Dejong CH, et al. (2006). «Фактор, индуцирующий протеолиз кахектического медиатора, активирует NF-kappaB и STAT3 в клетках и моноцитах Купфера человека». Int. J. Oncol . 27 (4): 1105–11. DOI : 10.3892 / ijo.27.4.1105 . PMID 16142329 .
- Лоури А.Г., Вигмор С.Дж., Райт Д.Д. и др. (2006). «Экспрессия дермицидина в клетках печени улучшает выживаемость без N-гликозилирования, но требует остатков аспарагина» . Br. J. Рак . 94 (11): 1663–71. DOI : 10.1038 / sj.bjc.6603148 . PMC 2361319 . PMID 16685272 .
- Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф. и др. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии» . Мол. Syst. Биол . 3 (1): 89. DOI : 10.1038 / msb4100134 . PMC 1847948 . PMID 17353931 .
- Фрам Р., Басби С.А., Рамамурти М. и др. (2007). «HDM2-связывающие партнеры: взаимодействие с фактором элонгации трансляции EF1alpha» . J. Proteome Res . 6 (4): 1410–7. DOI : 10.1021 / pr060584p . PMC 4626875 . PMID 17373842 .
- Ли Мотояма Дж. П., Ким-Мотояма Х., Ким П. и др. (2007). «Идентификация дермицидина в гестационной ткани человека и характеристика его протеолитической активности». Biochem. Биофиз. Res. Commun . 357 (4): 828–33. DOI : 10.1016 / j.bbrc.2007.03.112 . PMID 17448443 .
Внешние ссылки
- дермицидины в Национальной медицинской библиотеке США по предметным рубрикам по медицине (MeSH)