 | Эта статья требует дополнительных ссылок для проверки . ( январь 2009 г. ) ( Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения ) |
 | |
|---|---|
| Содержание | |
| Описание | Химические вещества и их биотесты |
| Типы данных захвачены | dhsh |
| Организмы | Люди и другие животные |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | NCBI |
| Первичное цитирование | PMID 15879180 |
| Доступ | |
| Интернет сайт | https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ |
| Скачать URL | FTP |
| URL-адрес веб-службы | PUG-View [1] |
| Разное | |
| Лицензия | Всеобщее достояние |
PubChem представляет собой базу данных о химических молекулах и их деятельности в отношении биологических анализов. Система поддерживается Национальным центром биотехнологической информации (NCBI), компонентом Национальной медицинской библиотеки , входящей в состав Национальных институтов здравоохранения США (NIH). Доступ к PubChem можно получить бесплатно через веб-интерфейс пользователя . Миллионы составных структур и описательных наборов данных можно бесплатно загрузить через FTP . PubChem содержит несколько описаний веществ и небольших молекул с менее чем 100 атомами и 1000 связями. Более 80 поставщиков баз данных вносят свой вклад в растущую базу данных PubChem.[2]
Базы данных [ править ]
PubChem состоит из трех динамически растущих первичных баз данных. По состоянию на 5 ноября 2020 г. (количество биологических анализов не изменилось):
- Соединения, 111 миллионов записей [3] (по сравнению с 94 миллионами записей в 2017 году [4] ), содержат чистые и охарактеризованные химические соединения. [5]
- Вещества, 293 миллиона записей [3] (по сравнению с 236 в 2017 году [6] и 163 миллионами записей в сентябре 2014 года [7] ), также содержат смеси, экстракты , комплексы и не охарактеризованные вещества.
- BioAssay, биоактивность является результатом 1,25 миллиона [8] (по сравнению с 6000 в сентябре 2014 года [9] ) высокопроизводительных программ скрининга с несколькими миллионами значений.
Поиск [ править ]
Поиск в базах данных возможен по широкому диапазону свойств, включая химическую структуру, фрагменты названий, химическую формулу , молекулярную массу , XLogP , а также количество доноров и акцепторов водородной связи .
PubChem содержит собственный онлайн- редактор молекул с поддержкой SMILES / SMARTS и InChI, который позволяет импортировать и экспортировать все распространенные химические форматы файлов для поиска структур и фрагментов.
Каждое обращение предоставляет информацию о синонимах, химических свойствах, химической структуре, включая строки SMILES и InChI, биоактивности, а также ссылки на структурно связанные соединения и другие базы данных NCBI, такие как PubMed .
В форме текстового поиска в полях базы данных можно искать, добавляя имя поля в квадратных скобках к поисковому запросу. Числовой диапазон представлен двумя числами, разделенными двоеточием. Условия поиска и имена полей не чувствительны к регистру. Можно использовать круглые скобки и логические операторы И, ИЛИ и НЕ. И предполагается, если оператор не используется.
Пример ( Правило пяти Липинского ):
0: 500 [mw] 0: 5 [hbdc] 0:10 [hbac] -5: 5 [logp]
История [ править ]
Этот раздел нуждается в расширении . Вы можете помочь, добавив к нему . ( Июль 2018 г. ) |
PubChem был выпущен в 2004 году. [10]
Проблемы ACS [ править ]
Американское химическое общество вызывает озабоченность по поводу публично поддерживаемой базы данных PubChem, поскольку она , как представляется , непосредственно конкурировать с существующей Службой Chemical Abstracts . [11] Они очень заинтересованы в этом вопросе, поскольку Chemical Abstracts Service генерирует большой процент доходов общества. Чтобы отстаивать свою позицию против базы данных PubChem, ACS активно лоббировала Конгресс США.
Вскоре после создания PubChem Американское химическое общество лоббировало Конгресс США с целью ограничить работу PubChem, которая, как они утверждали, конкурирует с их Службой химических рефератов . [12]
Поля базы данных [ править ]
Идентификационные номера | ||
| • | Идентификационный номер в текущей базе данных | [UID] |
| • | Идентификационный номер вещества | [SID] |
| • | Идентификационный номер соединения | [CID] |
| • | Идентификационный номер BioAssay | [BAID], [AID] |
Общий | ||
| • | Любое поле базы данных | [ВСЕ] |
| • | Комментарий | [CMT] |
| • | Дата депонирования | [DDAT], [DEPDAT] |
| • | Внешний идентификатор вкладчика | [SRID], [SRCID] |
| • | Название источника | [SRC], [SRCNAM], [SRCNAME] |
| • | Дата выпуска исходного кода | [SRD], [SRDAT], [RLSDAT] |
| • | Термин Medical Subject Heading (MeSH) | [MSHT], [MESHT] |
| • | Узел дерева MeSH | [MSHN], [MESHTN] |
| • | Фармакологические действия MeSH | [PHMA], [PHARMA] |
Свойства вещества | ||
| • | Синонимы веществ | [SYNO] |
| • | Название ИЮПАК | [UPAC], [IUPAC] |
| • | Международный химический идентификатор (InChI) | [INCHI] |
| • | Молекулярный вес | [MW], [MWT], [MOLWT] |
| • | Химические элементы | [ELMT], [EL] |
| • | Неводородные атомы | [HAC], [HACNT] |
| • | Количество изотопов | [IAC], [IACNT] |
| • | Полная формальная оплата | [TFC], [CHG], [CHRG] |
| • | Количество хиральных атомов | [ACC], [ACCNT] |
| • | Определенное количество хиральных атомов | [ACDC], [ACDCNT] |
| • | Неопределенное количество хиральных атомов | [ACUC], [ACUCNT] |
| • | Количество акцепторов водородной связи | [HBAC], [HBACNT] |
| • | Количество доноров водородной связи | [HBDC], [HBDCNT] |
| • | Количество таутомеров | [TC], [TCNT], [TTMC] |
| • | Количество вращающихся облигаций | [РБК], [РБКНТ] |
| • | XLogP [13] | [XLGP], [LOGP] |
Свойства соединения | ||
| • | Составные синонимы | [CSYN], [CSYNO] |
| • | Количество компонентов | [CC], [CCNT] |
| • | Количество ковалентных единиц (молекул) | [CUC], [CUCNT] |
| • | Общее количество биоактивности | [TAC] |
См. Также [ править ]
- Химическая база данных
- CAS Common Chemistry - управляется Американским химическим обществом
- База данных сравнительной токсикогеномики - ведется Государственным университетом Северной Каролины
- ChEMBL - управляется Европейским институтом биоинформатики
- ChemSpider - управляется Королевским химическим обществом Великобритании.
- DrugBank - управляется Университетом Альберты
- IUPAC - управляется Швейцарским Международным союзом чистой и прикладной химии (IUPAC)
- Moltable - находится в ведении Национальной химической лаборатории Индии.
- PubChem - управляется Национальным институтом здравоохранения США.
- BindingDB - управляется Калифорнийским университетом в Сан-Диего
- SCRIPDB - управляется Университетом Торонто, Канада
- Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) - управляется Национальным институтом здравоохранения США.
- Entrez - находится в ведении Национального института здоровья США.
- GenBank - управляется Национальным институтом здравоохранения США
Ссылки [ править ]
- ^ Ким, Сунгхван; Thiessen, Paul A .; Cheng, Tiejun; Чжан, Цзянь; Гиндулыте, Аста; Болтон, Эван Э. (9 августа 2019 г.). «PUG-View: программный доступ к химическим аннотациям, интегрированный в PubChem» . Журнал химинформатики . 11 (1): 56. DOI : 10,1186 / s13321-019-0375-2 . PMC 6688265 . PMID 31399858 .
- ^ "Информация об источнике PubChem" . Проект PubChem . США: Национальный центр биотехнологической информации.
- ^ а б Ким, Сунгван; Чен, Цзе; Cheng, Tiejun; Гиндулыте, Аста; Он, Цзя; Он, Сицянь; Ли, Цинлян; Сапожник, Бенджамин А; Тиссен, Пол А; Ю, Бо; Заславский, Леонид; Чжан, Цзянь; Болтон, Эван Э. (8 января 2021 г.). «PubChem в 2021 году: новое содержание данных и улучшенные веб-интерфейсы» . Исследования нуклеиновых кислот . 49 (D1): D1388 – D1395. DOI : 10.1093 / NAR / gkaa971 .
- ^ «Результаты поиска для всех соединений» . Проверено 28 января 2016 .
- ^ "all [filter] - Результаты PubChem Compound" . Проект PubChem . США: Национальный центр биотехнологической информации . Проверено 7 января 2011 года .
- ^ "all [filter] - Результаты PubChem Substance" . Проект PubChem . США: Национальный центр биотехнологической информации . Проверено 28 января 2016 .
- ^ "all [filter] - Результаты PubChem Substance" . Проект PubChem . США: Национальный центр биотехнологической информации . Проверено 7 января 2011 года .
- ^ "all [filter] - Результаты биопроба PubChem" . Проект PubChem . США: Национальный центр биотехнологической информации . Проверено 28 января 2016 .
- ^ "all [filter] - Результаты биопроба PubChem" . Проект PubChem . США: Национальный центр биотехнологической информации . Проверено 7 января 2011 года .
- ^ «О PubChem» . Дата обращения 3 мая 2014 .
- Перейти ↑ Kaiser J (май 2005 г.). «Научные ресурсы. Химики хотят, чтобы NIH сократил базу данных». Наука . 308 (5723): 774. DOI : 10.1126 / science.308.5723.774a . PMID 15879180 . S2CID 166918466 .
- ^ «PubChem и Американское химическое общество» . Изменение научного общения . США: Калифорнийский университет. 2005-05-31 . Проверено 15 октября 2018 .
- ↑ Cheng T (ноябрь 2007 г.). «Вычисление коэффициентов разделения октанол-вода путем управления аддитивной моделью со знанием дела». Журнал химической информации и моделирования . 47 (6): 2140–2148. DOI : 10.1021 / ci700257y . PMID 17985865 .
Внешние ссылки [ править ]
 | Викиданные имеют свойство:
|
PubChem CID (P662) (см. | У Схолии есть профиль в PubChem (Q278487) . |
- Официальный веб-сайт
