Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Предполагаемый ген представляет собой сегмент ДНК , который , как полагают, является ген . Предполагаемые гены могут иметь сходство последовательностей с уже охарактеризованными генами и, таким образом, можно предположить, что они имеют сходную функцию, но точная функция предполагаемых генов остается неизвестной. [1] Вновь идентифицированные последовательности считаются предполагаемыми кандидатами в гены, если обнаруживается, что гомологи этих последовательностей связаны с интересующим фенотипом. [2]

Примеры [ править ]

Примеры исследований с участием предполагаемых генов включают открытие 30 предполагаемых генов рецепторов, обнаруженных в вомероназальном органе крысы (VNO) [3], и идентификацию 79 предполагаемых TATA-боксов, обнаруженных во многих геномах растений. [4]

Практическое значение [ править ]

Чтобы определить и охарактеризовать кластер биосинтетических генов, сначала необходимо идентифицировать все предполагаемые гены в указанном кластере и охарактеризовать их функции. Это может быть выполнено с помощью экспериментов по дополнению и выбиванию. В процессе характеристики предполагаемых генов изучаемый геном становится все более понятным, поскольку можно идентифицировать больше взаимодействий. [5] Идентификация предполагаемых генов необходима для изучения геномной эволюции, поскольку значительная часть геномов составляет более крупные семейства связанных генов. Геномная эволюция происходит с помощью таких процессов, как дублирование отдельных генов, сегментов генома или целых геномов. Эти процессы могут привести к потере функции , изменению функции или усилению функции., и оказывают сильное влияние на фенотип. [6] [7]

Мутации ДНК вне предполагаемого гена могут действовать посредством позиционного эффекта, при котором они изменяют экспрессию гена. Эти изменения оставляют транскрипционную единицу и промотор гена нетронутыми, но могут затрагивать дистальные промоторы, элементы энхансера / сайленсера или локальное окружение хроматина. Эти мутации могут быть связаны с заболеваниями или нарушениями, связанными с геном.

Идентификация [ править ]

Предполагаемые гены могут быть идентифицированы путем кластеризации больших групп последовательностей по образцам и упорядочения по взаимному сходству [8] или могут быть выведены с помощью потенциальных блоков TATA . [9]

Предполагаемые гены также можно идентифицировать, распознавая различия между хорошо известными кластерами генов и кластерами генов с уникальным профилем. [10]

Программные инструменты были разработаны для автоматической идентификации предполагаемых генов. Это делается путем поиска семейств генов и проверки достоверности не охарактеризованных генов по сравнению с уже идентифицированными генами. [11]

Белковые продукты можно идентифицировать и использовать для характеристики предполагаемого гена, который их кодирует. [12]

См. Также [ править ]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Александр S, Guyaux МЫ, Мерфи Н.Б., Coquelet Н, платит, Steinert М, Pays Е (июнь 1988). «Предполагаемые гены вариантно-специфической единицы транскрипции гена антигена в Trypanosoma brucei» . Молекулярная и клеточная биология . 8 (6): 2367–78. DOI : 10.1128 / mcb.8.6.2367 . PMC  363435 . PMID  3405209 .
  2. ^ Мисима К., Хирао Т., Цубомура М., Тамура М., Курита М., Нос М. и др. (Апрель 2018). «Идентификация новых предполагаемых причинных генов и генетического маркера мужской стерильности у японского кедра (Cryptomeria japonica D.Don)» . BMC Genomics . 19 (1): 277. DOI : 10,1186 / s12864-018-4581-5 . PMC 5914023 . PMID 29685102 .  
  3. ↑ Dulac C, Axel R (октябрь 1995 г.). «Новое семейство генов, кодирующих предполагаемые рецепторы феромонов у млекопитающих». Cell . 83 (2): 195–206. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (95) 90161-2 . PMID 7585937 . S2CID 18784638 .  
  4. ↑ Joshi CP (август 1987). «Проверка домена между предполагаемым боксом ТАТА и сайтом начала трансляции в 79 генах растений» . Исследования нуклеиновых кислот . 15 (16): 6643–53. DOI : 10.1093 / NAR / 15.16.6643 . PMC 306128 . PMID 3628002 .  
  5. ^ Wawrzyn GT, Блох SE, Шмидт-Dannert С (2012-01-01). Хопвуд (ред.). «Открытие и характеристика путей биосинтеза терпеноидов грибов». Методы в энзимологии . Биосинтез природных продуктов микроорганизмами и растениями, часть A. 515 : 83–105. DOI : 10.1016 / b978-0-12-394290-6.00005-7 . ISBN 9780123942906. PMID  22999171 .
  6. ^ Франк RL, Mane A, Ercal F (сентябрь 2006 г.). «Автоматизированный метод для быстрой идентификации предполагаемых членов семейства генов в растениях» . BMC Bioinformatics . 7 (2): S19. DOI : 10.1186 / 1471-2105-7-S2-S19 . PMC 1683565 . PMID 17118140 .  
  7. Перейти ↑ Emery AE (2013). «Личные воспоминания Дэвида Римоэна». Принципы и практика медицинской генетики Эмери и Римоина . Эльзевир. стр. i. DOI : 10.1016 / b978-0-12-383834-6.11001-8 . ISBN 978-0-12-383834-6.
  8. ^ Aouf М, Liyanage л (2012-09-26). "Анализ данных экспрессии генов дрожжей высокой размерности с помощью интеллектуального анализа данных". Прикладная механика и материалы . 197 : 515–522. Bibcode : 2012AMM ... 197..515A . DOI : 10,4028 / www.scientific.net / amm.197.515 . S2CID 109965976 . 
  9. ↑ Joshi CP (август 1987). «Проверка домена между предполагаемым боксом ТАТА и сайтом начала трансляции в 79 генах растений» . Исследования нуклеиновых кислот . 15 (16): 6643–53. DOI : 10.1093 / NAR / 15.16.6643 . PMC 306128 . PMID 3628002 .  
  10. ^ Михали Т.К., Кармайкл В.В., Нейлан Б.А. (февраль 2011 г.). «Предполагаемый кластер генов из цветков Lyngbya wollei, который кодирует паралитический биосинтез токсина моллюсков» . PLOS ONE . 6 (2): e14657. Bibcode : 2011PLoSO ... 614657M . DOI : 10.1371 / journal.pone.0014657 . PMC 3037375 . PMID 21347365 .  
  11. ^ Frank RL, Mane A, Ercal F (сентябрь 2006). «Автоматизированный метод для быстрой идентификации предполагаемых членов семейства генов в растениях» . BMC Bioinformatics . 7 Приложение 2 (2): S19. DOI : 10.1186 / 1471-2105-7-S2-S19 . PMC 1683565 . PMID 17118140 .  
  12. Перейти ↑ Denison M, Perlman S (апрель 1987). «Идентификация предполагаемого продукта гена полимеразы в клетках, инфицированных мышиным коронавирусом A59» . Вирусология . 157 (2): 565–8. DOI : 10.1016 / 0042-6822 (87) 90303-5 . PMC 7131660 . PMID 3029990 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • NCBI ORF finder для анализа ORF из нуклеотидных последовательностей