Ретровирусные аспартилпротеазы или ретропепсины представляют собой однодоменные аспартилпротеазы из ретровирусов , ретротранспозонов и баднавирусов (растительные вирусы двухцепочечной ДНК ). Эти протеазы обычно являются частью более крупного полипротеина pol или gag . Ретровирусные протеазы гомологичны одному домену двухдоменных эукариотических аспартилпротеаз , таких как пепсины , катепсины и ренины ( Pfam PF00026 ; MEROPS A1). Ретропепсины являются членами MEROPS A2, клана AA. Все известные члены эндопептидазы .
Фермент активен только в виде гомодимера , поскольку каждый из них соответствует половине эукариотического двухлепесткового фермента. Каждая из двух частей вносит один каталитический остаток аспартила. [1]
Ретровирусная аспартилпротеаза синтезируется как часть полипротеина pol, который содержит аспартилпротеазу , обратную транскриптазу , РНКазу Н и интегразу . полипротеин pol подвергается специфическому ферментативному расщеплению с образованием зрелых белков.
Не все ретровирусные аспартилпротеазы, полученные из pol , являются ретропепсинами в строгом смысле этого слова. Спумапепсин из пенистого вируса достаточно дивергентен, чтобы получить собственное семейство MEROPS A9. Многие другие примеры можно найти в клане АА.