Синтенин-1

SDCBP

Доступные конструкции

Ортолог поиск: PDBe RCSB

Список идентификационных кодов PDB
1N99 , 1NTE , 1OBX , 1OBY , 1OBZ , 1R6J , 1V1T , 1W9E , 1W9O , 1W9Q , 1YBO , 4Z33

Идентификаторы

Псевдонимы

SDCBP , MDA-9, ST1, SYCL, TACIP18, MDA9, белок, связывающий синдекан

Внешние идентификаторы

OMIM : 602217 MGI : 1337026 HomoloGene : 4110 GeneCards : SDCBP

Расположение гена ( человек )

Chr.	Хромосома 8 (человек) ^[1]

Группа	8q12.1	Начинать	58 552 924 п.н. ^[1]
Группа	8q12.1	Конец	58 582 859 п.н. ^[1]

Расположение гена ( Мышь )

Chr.	Хромосома 4 (мышь) ^[2]

Группа	4 \| 4 A1	Начинать	6 365 650 п.н. ^[2]
Группа	4 \| 4 A1	Конец	6 408 423 п.н. ^[2]

Паттерн экспрессии РНК

Дополнительные данные эталонного выражения

Генная онтология
Молекулярная функция	• белок N-конец связывание • GO: 0005110 прожарен связывание • ГО: связывание белка 0001948 • идентичного связывание белка • цитоскелет адаптер активности • интерлейкин-5 связывание рецептора • фосфатидилинозитолы-4,5-бисфосфат связывание • связывание липидов • кадгерину связывания • синдекан связывания • активность гетеродимеризации белков
Сотовый компонент	• цитоплазма • внеклеточные везикулы • микрочастица крови • эндоплазматический ретикулум мембрана • мембрана • фокальная адгезия • меланосомы • адгезионные контакты • клеточной мембрана • межклеточные контакты • эндоплазматический ретикулум • мембранный Плот • внеклеточного экзос • цитоскелет • ядро клетки • внеклеточной область • внеклеточный • нуклеоплазма • цитозоль • рецепторный комплекс интерлейкина-5 • ядерная мембрана • просвет азурофильных гранул • внутриклеточная мембранно-ограниченная органелла
Биологический процесс	• положительная регуляция сигнального пути бета-рецептора трансформирующего фактора роста • передача внутриклеточного сигнала GO: 0007243 • положительная регуляция сборки внеклеточных экзосом • отрицательная регуляция интернализации рецептора • нацеливание белка на мембрану • сигнальный путь рецептора эфрина • субстрат-зависимая миграция клеток, расширение клеток • положительная регуляция ограниченного путями фосфорилирования белка SMAD • позитивная регуляция каскада JNK • позитивная регуляция перехода эпителия в мезенхиму • регуляция митотического клеточного цикла • отрицательная регуляция протеасомного убиквитин-зависимого белкового катаболического процесса • позитивная регуляция экзосомальной секреции • позитивная регуляция фосфорилирования • организация актинового цитоскелета • химическая синаптическая передача • позитивная регуляция пролиферации клеток • позитивная регуляция роста клеток • позитивная регуляция миграции клеток • дегрануляция нейтрофилов
Источники: Amigo / QuickGO

Ортологи

Разновидность

Человек

Мышь

Entrez


6386


53378

Ансамбль


ENSG00000137575


ENSMUSG00000028249

UniProt


O00560


O08992

RefSeq (мРНК)

NM_001007067 NM_001007068 NM_001007069 NM_001007070 NM_005625
NM_001330537 NM_001348339 NM_001348340 NM_001348341


NM_001098227 NM_016807

RefSeq (белок)

NP_001007068 NP_001007069 NP_001007070 NP_001007071 NP_001317466
NP_005616 NP_001335268 NP_001335269 NP_001335270


NP_001091697 NP_058087

Расположение (UCSC)

Chr 8: 58,55 - 58,58 Мб

Chr 4: 6.37 - 6.41 Мб

PubMed поиск

^[3]

^[4]

Викиданные

Просмотр / редактирование человека

Просмотр / редактирование мыши

Syntenin-1 представляет собой белок , который у человека кодируется SDCBP гена . ^[5]

Функция [ править ]

Белок, кодируемый этим геном, первоначально был идентифицирован как молекула, связывающая опосредованную синдеканом передачу сигналов с цитоскелетом. Белок синтенин содержит тандемно повторяющиеся домены PDZ, которые связывают цитоплазматические С-концевые домены различных трансмембранных белков. Этот белок также может влиять на организацию цитоскелетных мембран, клеточную адгезию, перенос белков и активацию факторов транскрипции. Белок в основном локализован в связанных с мембранами соединениях спаек и фокальных спаек, но также обнаруживается в эндоплазматическом ретикулуме и ядре. Альтернативный сплайсинг приводит к множеству вариантов транскриптов, кодирующих разные изоформы. ^[6]

Взаимодействия [ править ]

Было показано, что SDCBP взаимодействует с:

EFNB1 , ^[7]
ГРИК1 , ^[8]
ГРИК2 , ^[8]^[9]
Альфа-субъединица рецептора интерлейкина 5 , ^[10]
Мерлин , ^[11]
RAB5A , ^[12]
SOX4 , ^[10]
TRAF6 , ^[13]
ULK1 . ^[12] и
ЭРИХ2 ^[14]

Ссылки [ править ]

^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000137575 - Ensembl , май 2017 г.
^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000028249 - Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Grootjans JJ, Zimmermann P, Reekmans G, Smets A, Degeest G, Dürr J, David G (январь 1998 г.). «Синтенин, белок PDZ, который связывает цитоплазматические домены синдекана» . Proc Natl Acad Sci USA . 94 (25): 13683–8. DOI : 10.1073 / pnas.94.25.13683 . PMC 28366 . PMID 9391086 .
^ «Энтрез Ген: SDCBP syndecan связывающий белок (синтенин)» .
↑ Lin D, Gish GD, Songyang Z, Pawson T (февраль 1999 г.). «Карбоксильный конец эфринов класса B составляет мотив связывания домена PDZ» . J. Biol. Chem . 274 (6): 3726–33. DOI : 10.1074 / jbc.274.6.3726 . PMID 9920925 .
^ а б Хирбек Х, Фрэнсис Дж. К., Лаури С. Е., Брейтуэйт С. П., Куссен Ф, Мюлле С., Дев К. К., Коутиньо В., Мейер Г., Исаак Дж. Т., Коллингридж Г. Л., Хенли Дж. М., Каутино В. (февраль 2003 г.). «Быстрая и дифференциальная регуляция AMPA и каинатных рецепторов в синапсах гиппокампа из мшистых волокон с помощью PICK1 и GRIP» . Нейрон . 37 (4): 625–38. DOI : 10.1016 / s0896-6273 (02) 01191-1 . PMC 3314502 . PMID 12597860 .
^ Hirbec H, Перестенко O, Nishimune A, G Meyer, Наканиши S, Хенли JM, Dev KK (май 2002). «Белки PDZ PICK1, GRIP и синтенин связывают несколько подтипов рецепторов глутамата. Анализ мотивов связывания PDZ» . J. Biol. Chem . 277 (18): 15221–4. DOI : 10.1074 / jbc.C200112200 . PMID 11891216 .
^ а б Гейссен Н., Уингс И.Дж., Палс К., Армстронг Дж., Маккиннон М., Рааймейкерс Дж. А., Ламмерс Дж. В., Кендерман Л., Коффер П. Дж. (август 2001 г.). «Цитокин-специфическая регуляция транскрипции через белок, взаимодействующий с IL-5Ralpha». Наука . 293 (5532): 1136–8. DOI : 10.1126 / science.1059157 . PMID 11498591 . S2CID 28003281 .
^ Jannatipour М, Дион Р, S Хан, Джиндал Н, Вентилятор Х, Laganière Дж, Чишти АГ, Rouleau Г.А. (август 2001 г.). «Изоформа-1 шванномина взаимодействует с синтенином через домены PDZ» . J. Biol. Chem . 276 (35): 33093–100. DOI : 10.1074 / jbc.M105792200 . PMID 11432873 .
^ a b Tomoda T, Kim JH, Zhan C, Hatten ME (март 2004 г.). «Роль Unc51.1 и его партнеров по связыванию в росте аксонов ЦНС» . Genes Dev . 18 (5): 541–58. DOI : 10,1101 / gad.1151204 . PMC 374236 . PMID 15014045 .
↑ Chen F, Du Y, Zhang Z, Chen G, Zhang M, Shu HB, Zhai Z, Chen D (апрель 2008 г.). «Синтенин негативно регулирует TRAF6-опосредованную передачу сигналов IL-1R / TLR4». Клетка. Сигнал . 20 (4): 666–74. DOI : 10.1016 / j.cellsig.2007.12.002 . PMID 18234474 .
^ "Результаты - мента: браузер интерактома" . mentha.uniroma2.it . Проверено 4 мая 2017 .

Дальнейшее чтение [ править ]

Bass MD, Хамфрис MJ (2002). «Цитоплазматические взаимодействия синдекана-4 регулируют рецептор адгезии и передачу сигналов рецептора фактора роста» . Биохим. Дж . 368 (Pt 1): 1–15. DOI : 10.1042 / BJ20021228 . PMC 1222989 . PMID 12241528 .
Harrod TR, Justement LB (2003). «Оценка функции трансмембранной протеинтирозинфосфатазы CD148 в биологии лимфоцитов». Иммунол. Res . 26 (1–3): 153–66. DOI : 10.1385 / IR: 26: 1-3: 153 . PMID 12403354 . S2CID 26502472 .
Sarkar D, Boukerche H, Su ZZ, Fisher PB (2005). «mda-9 / синтенин: недавнее понимание нового гена передачи сигналов и метастазов». Pharmacol. Ther . 104 (2): 101–15. DOI : 10.1016 / j.pharmthera.2004.08.004 . PMID 15518882 .
«Письмо: Состояние психиатрии». N. Engl. J. Med . 292 (18): 982. 1975. DOI : 10,1056 / NEJM197505012921826 . PMID 1117941 .
Лин Дж. Дж., Цзян Х., Фишер ПБ (1998). «Ген-9, связанный с дифференцировкой меланомы, mda-9, является геном, чувствительным к гамма-интерферону человека». Джин . 207 (2): 105–10. DOI : 10.1016 / S0378-1119 (97) 00562-3 . PMID 9511750 .
Торрес Р., Файрестайн Б.Л., Донг Х., Штаудингер Дж., Олсон Э.Н., Хуганир Р.Л., Бредт Д.С., Гейл Н.В., Янкопулос Г.Д. (1999). «Белки PDZ связываются, группируются и синаптически колокализуются с рецепторами Eph и их лигандами эфрина». Нейрон . 21 (6): 1453–63. DOI : 10.1016 / S0896-6273 (00) 80663-7 . PMID 9883737 . S2CID 15441813 .
Лин Д., Гиш Г. Д., Сонъян З., Поусон Т. (1999). «Карбоксильный конец эфринов класса B составляет мотив связывания домена PDZ» . J. Biol. Chem . 274 (6): 3726–33. DOI : 10.1074 / jbc.274.6.3726 . PMID 9920925 .
Фернандес-Ларреа Дж., Мерлос-Суарес А., Уренья Дж. М., Базельга Дж., Аррибас Дж. (1999). «Роль белка PDZ в раннем секреторном пути доставки proTGF-альфа на поверхность клетки» . Мол. Cell . 3 (4): 423–33. DOI : 10.1016 / S1097-2765 (00) 80470-0 . PMID 10230395 .
Фиалка I, Штайнлайн П., Ахорн Х, Бёк Г., Бурбело П.Д., Хаберфелльнер М., Лотцпайх Ф., Пайха К., Паскуали С., Хубер Л.А. (1999). «Идентификация синтенина как белка апикального раннего эндоцитарного компартмента в клетках почек собак Madin-Darby» . J. Biol. Chem . 274 (37): 26233–9. DOI : 10.1074 / jbc.274.37.26233 . PMID 10473577 .
Grootjans JJ, Reekmans G, Ceulemans H, David G (2000). «Связывание синтенин-синдекан требует синдекана-синтении и взаимодействия обоих PDZ-доменов синтенина» . J. Biol. Chem . 275 (26): 19933–41. DOI : 10.1074 / jbc.M002459200 . PMID 10770943 .
Королл М, Ратьен Ф.Г., Фолькмер Х. (2001). «Молекула распознавания нервных клеток нейрофасцин взаимодействует с синтенином-1, но не с синтенином-2, оба из которых проявляют самоассоциирующую активность» . J. Biol. Chem . 276 (14): 10646–54. DOI : 10.1074 / jbc.M010647200 . PMID 11152476 .
Циммерманн П., Томатис Д., Росас М., Гроотянс Дж., Леенартс И., Дегест Г., Рекманс Г., Куманс К., Дэвид Г. (2001). «Характеристика синтенина, синдекан-связывающего белка PDZ, как компонента сайтов адгезии клеток и микрофиламентов» . Мол. Биол. Cell . 12 (2): 339–50. DOI : 10.1091 / mbc.12.2.339 . PMC 30947 . PMID 11179419 .
Jannatipour M, Dion P, Khan S, Jindal H, Fan X, Laganière J, Chishti AH, Rouleau GA (2001). «Изоформа-1 шванномина взаимодействует с синтенином через домены PDZ» . J. Biol. Chem . 276 (35): 33093–100. DOI : 10.1074 / jbc.M105792200 . PMID 11432873 .
Гейссен Н., Уингс И.Дж., Палс К., Армстронг Дж., Маккиннон М., Рааймейкерс Дж. А., Ламмерс Дж. В., Кендерман Л., Коффер П. Дж. (2001). «Цитокин-специфическая регуляция транскрипции через белок, взаимодействующий с IL-5Ralpha». Наука . 293 (5532): 1136–8. DOI : 10.1126 / science.1059157 . PMID 11498591 . S2CID 28003281 .
Хирбек Х., Перестенко О., Нисимуне А., Мейер Г., Наканиши С., Хенли Дж. М., Дев К. К. (2002). «Белки PDZ PICK1, GRIP и синтенин связывают несколько подтипов рецепторов глутамата. Анализ мотивов связывания PDZ» (PDF) . J. Biol. Chem . 277 (18): 15221–4. DOI : 10.1074 / jbc.C200112200 . PMID 11891216 . S2CID 13732968 .
Ку TH, Ли JJ, Ким EM, Ким KW, Ким HD, Ли JH (2002). «Синтенин сверхэкспрессируется и способствует миграции клеток в метастатических клеточных линиях рака груди и желудка человека» . Онкоген . 21 (26): 4080–8. DOI : 10.1038 / sj.onc.1205514 . PMID 12037664 .
Бидерер Т., Сара Ю., Можаева М., Атасой Д., Лю X, Кавалали Е.Т., Зюдхоф ТЦ (2002). «SynCAM, молекула синаптической адгезии, которая управляет сборкой синапсов». Наука . 297 (5586): 1525–31. DOI : 10.1126 / science.1072356 . PMID 12202822 . S2CID 14529914 .

Эта статья о гене на хромосоме 8 человека - незавершенная . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000137575 - Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000028249 - Ensembl , май 2017 г.

[3] "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid9391086-5] Grootjans JJ, Zimmermann P, Reekmans G, Smets A, Degeest G, Dürr J, David G (январь 1998 г.). «Синтенин, белок PDZ, который связывает цитоплазматические домены синдекана» . Proc Natl Acad Sci USA . 94 (25): 13683–8. DOI : 10.1073 / pnas.94.25.13683 . PMC 28366 . PMID 9391086 .

[entrez-6] «Энтрез Ген: SDCBP syndecan связывающий белок (синтенин)» .

[pmid9920925-7] Lin D, Gish GD, Songyang Z, Pawson T (февраль 1999 г.). «Карбоксильный конец эфринов класса B составляет мотив связывания домена PDZ» . J. Biol. Chem . 274 (6): 3726–33. DOI : 10.1074 / jbc.274.6.3726 . PMID 9920925 .

[pmid12597860-8] а б Хирбек Х, Фрэнсис Дж. К., Лаури С. Е., Брейтуэйт С. П., Куссен Ф, Мюлле С., Дев К. К., Коутиньо В., Мейер Г., Исаак Дж. Т., Коллингридж Г. Л., Хенли Дж. М., Каутино В. (февраль 2003 г.). «Быстрая и дифференциальная регуляция AMPA и каинатных рецепторов в синапсах гиппокампа из мшистых волокон с помощью PICK1 и GRIP» . Нейрон . 37 (4): 625–38. DOI : 10.1016 / s0896-6273 (02) 01191-1 . PMC 3314502 . PMID 12597860 .

[pmid11891216-9] Hirbec H, Перестенко O, Nishimune A, G Meyer, Наканиши S, Хенли JM, Dev KK (май 2002). «Белки PDZ PICK1, GRIP и синтенин связывают несколько подтипов рецепторов глутамата. Анализ мотивов связывания PDZ» . J. Biol. Chem . 277 (18): 15221–4. DOI : 10.1074 / jbc.C200112200 . PMID 11891216 .

[pmid11498591-10] а б Гейссен Н., Уингс И.Дж., Палс К., Армстронг Дж., Маккиннон М., Рааймейкерс Дж. А., Ламмерс Дж. В., Кендерман Л., Коффер П. Дж. (август 2001 г.). «Цитокин-специфическая регуляция транскрипции через белок, взаимодействующий с IL-5Ralpha». Наука . 293 (5532): 1136–8. DOI : 10.1126 / science.1059157 . PMID 11498591 . S2CID 28003281 .

[pmid11432873-11] Jannatipour М, Дион Р, S Хан, Джиндал Н, Вентилятор Х, Laganière Дж, Чишти АГ, Rouleau Г.А. (август 2001 г.). «Изоформа-1 шванномина взаимодействует с синтенином через домены PDZ» . J. Biol. Chem . 276 (35): 33093–100. DOI : 10.1074 / jbc.M105792200 . PMID 11432873 .

[pmid15014045-12] Tomoda T, Kim JH, Zhan C, Hatten ME (март 2004 г.). «Роль Unc51.1 и его партнеров по связыванию в росте аксонов ЦНС» . Genes Dev . 18 (5): 541–58. DOI : 10,1101 / gad.1151204 . PMC 374236 . PMID 15014045 .

[pmid18234474-13] Chen F, Du Y, Zhang Z, Chen G, Zhang M, Shu HB, Zhai Z, Chen D (апрель 2008 г.). «Синтенин негативно регулирует TRAF6-опосредованную передачу сигналов IL-1R / TLR4». Клетка. Сигнал . 20 (4): 666–74. DOI : 10.1016 / j.cellsig.2007.12.002 . PMID 18234474 .

[14] "Результаты - мента: браузер интерактома" . mentha.uniroma2.it . Проверено 4 мая 2017 .

[1]