Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Иллюстрация системного подхода к биологии

Системная биология - это вычислительный и математический анализ и моделирование сложных биологических систем . Это междисциплинарная область исследований, основанная на биологии, которая фокусируется на сложных взаимодействиях внутри биологических систем с использованием целостного подхода ( холизм вместо более традиционного редукционизма ) к биологическим исследованиям. [1]

В частности, начиная с 2000 года, эта концепция широко использовалась в биологии в самых разных контекстах. Проект « Геном человека» - это пример прикладного системного мышления в биологии, который привел к новым совместным способам работы над проблемами в биологической области генетики. [2] Одна из целей системной биологии - моделировать и обнаруживать эмерджентные свойства , свойства клеток , тканей и организмов, функционирующих как системы , теоретическое описание которых возможно только с использованием методов системной биологии. [1] [3] Обычно это метаболические сети илисети сотовой сигнализации . [1] [4]

Обзор [ править ]

Системную биологию можно рассматривать с разных сторон.

В качестве области исследования, в частности, изучение взаимодействий между компонентами биологических систем и того, как эти взаимодействия приводят к функции и поведению этой системы (например, ферменты и метаболиты в метаболическом пути или сердцебиение). ). [5] [6] [7]

В качестве парадигмы системная биология обычно определяется как противоположность так называемой редукционистской парадигме ( биологическая организация ), хотя это согласуется с научным методом . В этих цитатах упоминается различие между двумя парадигмами: « редукционистский подход успешно идентифицировал большинство компонентов и многие взаимодействия, но, к сожалению, не предлагает убедительных концепций или методов для понимания того, как возникают системные свойства ... плюрализм. причин и следствий в биологических сетях лучше решать, наблюдая с помощью количественных измерений одновременно несколько компонентов и путем строгой интеграции данных с математическими моделями ". (Зауэри другие. ) [8] «Системная биология ... - это объединение, а не разборка, интеграция, а не редукция. Она требует, чтобы мы разработали способы мышления об интеграции, такие же строгие, как наши редукционистские программы, но разные ... означает изменение нашей философии в полном смысле этого слова ". ( Денис Ноубл ) [7]

В виде серии операционных протоколов, используемых для проведения исследований, а именно цикла, состоящего из теории, аналитического или вычислительного моделирования для предложения конкретных проверяемых гипотез о биологической системе, экспериментальной проверки и последующего использования недавно полученного количественного описания клеток или клеточных процессов для уточнения вычислительная модель или теория. [9] Поскольку целью является модель взаимодействий в системе, экспериментальные методы, которые больше всего подходят для системной биологии, являются общесистемными и стремятся быть как можно более полными. Таким образом, транскриптомика , метаболомика , протеомика и высокопроизводительные методыиспользуются для сбора количественных данных для построения и проверки моделей. [10]

Как приложение теории динамических систем к молекулярной биологии . Действительно, ориентация на динамику изучаемых систем является основным концептуальным отличием системной биологии от биоинформатики . [11]

Как социологическое явление, определяемое стратегией интеграции сложных данных о взаимодействиях в биологических системах из различных экспериментальных источников с использованием междисциплинарных инструментов и персонала. [12]

История [ править ]

Системная биология зародилась как новая область науки примерно в 2000 году, когда в Сиэтле был основан Институт системной биологии с целью привлечь людей «вычислительного» типа, которых, как казалось, не привлекала академическая среда университета. У института не было четкого определения того, чем на самом деле была эта область: примерно объединение людей из разных областей для использования компьютеров для целостного изучения биологии новыми способами. [13] Кафедра системной биологии в Гарвардской медицинской школе была открыта в 2003 году. [14] В 2006 году было предсказано, что ажиотаж, вызванный «очень модной» новой концепцией, заставит все крупные университеты нуждаться в отделении системной биологии, таким образом, для выпускников с минимальными способностями в компьютерном программировании и биологии будут доступны вакансии. [13] В 2006 году Национальный научный фонд поставил задачу построить математическую модель всей клетки. [ необходима цитата ] В 2012 году первая цельноклеточная модель Mycoplasma genitalium была создана лабораторией Карра в Медицинской школе Маунт-Синай в Нью-Йорке. Цельноклеточная модель способна предсказать жизнеспособность клеток M. genitalium в ответ на генетические мутации. [15]

Более ранним предшественником системной биологии как отдельной дисциплины мог быть системный теоретик Михайло Месарович в 1966 году на международном симпозиуме под названием « Теория систем и биология» в Технологическом институте Кейса в Кливленде , штат Огайо . Месарович предсказал, что, возможно, в будущем появится такая вещь, как «системная биология». [16] [17]

В начале 1990-х в малоизвестной публикации под названием « Коммуникация о трансгенных животных» (на китайском?) В Китае была опубликована серия статей по системной медицине , «системной генетике» (как он ее называл) и «системной биологической инженерии». . [18] [19] [20] [21] [22]

По словам Роберта Розена в 1960-х годах, холистическая биология стала устаревшей к началу 20-го века, поскольку стала популярной эмпирическая наука, в которой преобладала молекулярная химия. [17] Вторя ему сорок лет спустя, в 2006 году, Клинг пишет, что успех молекулярной биологии на протяжении 20-го века подавлял целостные вычислительные методы. [13] К 2011 году Национальный институт здравоохранения выделил грант на поддержку более десяти центров системной биологии в США, [23]но к 2012 году Хантер пишет, что системная биология не оправдала шумиху, пообещав больше, чем достигла, что привело к тому, что она стала несколько второстепенной областью с немногими практическими приложениями. Тем не менее, сторонники надеялись, что в будущем это может оказаться более полезным. [24]

Показывает тенденции в исследованиях системной биологии, представляя количество статей из 30 наиболее цитируемых работ по системной биологии за это время, которые включают конкретную тему [25]

Важной вехой в развитии системной биологии стал международный проект Physiome . [ необходима цитата ]

Связанные дисциплины [ править ]

Обзор путей передачи сигнала

Согласно интерпретации системной биологии как использования больших наборов данных с использованием междисциплинарных инструментов, типичным приложением является метаболомика , которая представляет собой полный набор всех продуктов метаболизма , метаболитов в системе на уровне организма, клетки или ткани. [26]

Вот длинный список случайных вещей, которые могут быть в базе данных компьютера:

  • феномены , изменчивость фенотипа в организме по мере его изменения в течение жизни; геномика , организменная последовательность дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК), включая внутриорганические клеточные вариации. (т.е. изменение длины теломер ); эпигеномика / эпигенетика , организменные и соответствующие клеточно-специфические транскриптомные регулирующие факторы, не закодированные эмпирически в геномной последовательности. (т.е. метилирование ДНК , ацетилирование и деацетилирование гистонов и т. д.); транскриптомика , измерения экспрессии генов в организме, тканях или целых клетках с помощью микрочипов ДНК илисерийный анализ экспрессии генов ; интерферомика , факторы, корректирующие транскрипт на уровне организма, ткани или клетки (т.е. интерференция РНК ), протеомика , измерение белков и пептидов на уровне организма, ткани или на уровне клеток с помощью двумерного гель-электрофореза , масс-спектрометрии или методов многомерной идентификации белков. (передовые системы ВЭЖХ в сочетании с масс-спектрометрией ). Поддисциплины включают фосфопротеомику , гликопротеомику и другие методы обнаружения химически модифицированных белков; гликомические , организменные, тканевые или клеточные измеренияуглеводы ; липидомические , организменные, тканевые или клеточные измерения липидов . [ необходима цитата ]

Также изучаются молекулярные взаимодействия внутри клетки, это называется интерактомикой . [27] Дисциплиной в этой области исследования являются белок-белковые взаимодействия , хотя интерактомика включает взаимодействия других молекул. [ необходима цитата ] Нейроэлектродинамика , в которой вычислительная функция компьютера или мозга как динамической системы изучается вместе с ее (био) физическими механизмами; [28] и флюксомика , измерение скорости метаболических реакций в биологической системе (клетке, ткани или организме). [26]

В подходе к проблеме системной биологии есть два основных подхода. Это подход сверху вниз и снизу вверх. Подход «сверху вниз» принимает во внимание как можно большую часть системы и в значительной степени полагается на экспериментальные результаты. Методика RNA-Seq является примером экспериментального подхода "сверху вниз". И наоборот, подход «снизу вверх» используется для создания подробных моделей с одновременным включением экспериментальных данных. Примером восходящего подхода является использование схемных моделей для описания простой генной сети. [29]

Различные технологии, используемые для регистрации динамических изменений мРНК, белков и посттрансляционных модификаций. Механобиология , силы и физические свойства на всех уровнях, их взаимодействие с другими регуляторными механизмами; [30] биосемиотика , анализ системы знаковых отношений организма или других биосистем; Физиомика , систематическое изучение физиома в биологии.

Системная биология рака является примером подхода системной биологии, который можно выделить по конкретному объекту исследования ( туморогенез и лечение рака ). Он работает с конкретными данными (образцы пациентов, высокопроизводительные данные с особым вниманием к характеристике генома рака в образцах опухолей пациентов) и инструментами (иммортализованные линии раковых клеток , мышиные модели онкогенеза, модели ксенотрансплантатов , методы высокопроизводительного секвенирования , siRNA- основанный на генном сбивании высокопроизводительный скрининг , компьютерное моделирование последствий соматических мутаций инестабильность генома ). [31] Долгосрочная цель системной биологии рака - способность лучше диагностировать рак, классифицировать его и лучше прогнозировать исход предлагаемого лечения, что является основой для персонализированной медицины рака и виртуального пациента с раком в более отдаленной перспективе. Значительные усилия в области компьютерной системной биологии рака были предприняты для создания реалистичных многомасштабных in silico моделей различных опухолей. [32]

Подход системной биологии часто включает разработку механистических моделей, таких как реконструкция динамических систем на основе количественных свойств их элементарных строительных блоков. [33] [34] [35] [36] Например, сотовую сеть можно смоделировать математически, используя методы химической кинетики [37] и теории управления . Из-за большого количества параметров, переменных и ограничений в сотовых сетях часто используются численные и вычислительные методы (например, анализ баланса потока ). [35] [37]

Биоинформатика и анализ данных [ править ]

Другие аспекты информатики, информатики и статистики также используются в системной биологии. К ним относятся новые формы вычислительных моделей, такие как использование вычислений процессов для моделирования биологических процессов (известные подходы включают стохастическое π-исчисление , BioAmbients, Beta Binders, BioPEPA и исчисление Брана) и моделирование на основе ограничений ; интеграция информации из литературы с использованием методов извлечения информации и интеллектуального анализа текста ; [38] разработка онлайновых баз данных и репозиториев для обмена данными и моделями, подходов к интеграции баз данных и функциональной совместимости программного обеспечения посредством слабой связи.программного обеспечения, веб-сайтов и баз данных или коммерческих исков; сетевые подходы к анализу многомерных наборов геномных данных. Например, взвешенный корреляционный сетевой анализ часто используется для идентификации кластеров (называемых модулями), моделирования взаимосвязи между кластерами, вычисления нечетких показателей членства в кластере (модуле), идентификации внутримодульных концентраторов и для изучения сохранности кластеров в других наборах данных; основанные на путях методы анализа данных omics, например подходы к идентификации и оценке путей с различной активностью их гена, белка или членов метаболита. [39]Большая часть анализа наборов геномных данных также включает выявление корреляций. Кроме того, поскольку большая часть информации поступает из разных областей, необходима разработка синтаксически и семантически обоснованных способов представления биологических моделей. [40]

Создание биологических моделей [ править ]

Простая петля отрицательной обратной связи из трех белков, смоделированная с помощью кинетических дифференциальных уравнений массового действия Каждое взаимодействие с белками описывается реакцией Михеалиса Ментена. [41]

Исследователи начинают с выбора биологического пути и построения диаграмм всех взаимодействий с белками. После определения всех взаимодействий белков кинетика массового действия используется для описания скорости реакций в системе. Кинетика массового воздействия предоставит дифференциальные уравнения для моделирования биологической системы в качестве математической модели, в которой эксперименты могут определять значения параметров для использования в дифференциальных уравнениях . [42]Эти значения параметров будут скоростью реакции каждого взаимодействия белков в системе. Эта модель определяет поведение определенных белков в биологических системах и дает новое представление о конкретных действиях отдельных белков. Иногда невозможно собрать все скорости реакции системы. Неизвестные скорости реакции определяются путем моделирования модели известных параметров и целевого поведения, которая обеспечивает возможные значения параметров. [43] [41]

График зависимости концентраций от времени для простой петли отрицательной обратной связи из трех белков. Все параметры установлены на 0 или 1 для начальных условий. Реакции позволяют продолжаться, пока она не достигнет равновесия. Этот график показывает изменение каждого белка во времени.

См. Также [ править ]

  • Биологические вычисления
  • Вычислительная биология
  • Exposome
  • Интерактом
  • Список тем омиков по биологии
  • Моделирование метаболической сети
  • Моделирование биологических систем
  • Молекулярная патологическая эпидемиология
  • Сетевая биология
  • Сетевая медицина
  • Ноогенезис  - Возникновение и эволюция интеллекта
  • Синтетическая биология
  • Системная биомедицина
  • Системная иммунология

живые системы

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c Тавассолы, Иман; Гольдфарб, Джозеф; Айенгар, Рави (2018-10-04). «Букварь по системной биологии: основные методы и подходы». Очерки биохимии . 62 (4): 487–500. DOI : 10.1042 / EBC20180003 . ISSN  0071-1365 . PMID  30287586 .
  2. ^ Зевайл, Ахмед (2008). Физическая биология: от атома к медицине . Imperial College Press. п. 339.
  3. ^ Лонго, Джузеппе; Монтевиль, Маэль (2014). Перспективы организмов - Спрингер . Конспект лекций по морфогенезу. DOI : 10.1007 / 978-3-642-35938-5 . ISBN 978-3-642-35937-8. S2CID  27653540 .
  4. ↑ Bu Z, Callaway DJ (2011). «Белки ДВИГАЮТСЯ! Динамика белков и дальняя аллостерия в передаче сигналов в клетке». Структура белка и заболевания . Достижения в химии белков и структурной биологии. 83 . С. 163–221. DOI : 10.1016 / B978-0-12-381262-9.00005-7 . ISBN 978-0-123-81262-9. PMID  21570668 .
  5. ^ Сноэп, Джеки Л; Вестерхофф, Ганс V (2005). «От изоляции к интеграции, подход системной биологии для построения кремниевой ячейки». В Альбергине, Лилия; Вестерхофф, Ганс V (ред.). Системная биология: определения и перспективы . Темы современной генетики. 13 . Берлин: Springer-Verlag. С. 13–30. DOI : 10.1007 / b106456 . ISBN 978-3-540-22968-1.
  6. ^ "Системная биология: наука 21-го века" . Институт системной биологии . Проверено 15 июня 2011 года .
  7. ^ a b Благородный, Денис (2006). Музыка жизни: Биология за пределами генома . Оксфорд: Издательство Оксфордского университета. п. 176. ISBN. 978-0-19-929573-9.
  8. ^ Зауэр, Уве; Хайнеманн, Матиас; Замбони, Никола (27 апреля 2007 г.). «Генетика: приближаясь к общей картине» . Наука . 316 (5824): 550–551. DOI : 10.1126 / science.1142502 . PMID 17463274 . S2CID 42448991 .  
  9. ^ Холоденко, Борис Н; Сауро, Герберт М (2005). «Механистический и модульный подходы к моделированию и выводу сотовых регуляторных сетей». В Альбергине, Лилия; Вестерхофф, Ганс V (ред.). Системная биология: определения и перспективы . Темы современной генетики. 13 . Берлин: Springer-Verlag. С. 357–451. DOI : 10.1007 / b136809 . ISBN 978-3-540-22968-1.
  10. ^ Кьяра Ромуальди; Джероламо Ланфранки (2009). «Статистические инструменты для анализа экспрессии генов, системной биологии и связанных веб-ресурсов». У Стивена Кравца (ред.). Биоинформатика для системной биологии (2-е изд.). Humana Press. С. 181–205. DOI : 10.1007 / 978-1-59745-440-7_11 . ISBN 978-1-59745-440-7.
  11. ^ Войт, Эберхард (2012). Первый курс системной биологии . Наука о гирляндах. ISBN 9780815344674.
  12. ^ Baitaluk, М. (2009). «Системная биология регуляции генов». Биомедицинская информатика . Методы молекулярной биологии. 569 . С. 55–87. DOI : 10.1007 / 978-1-59745-524-4_4 . ISBN 978-1-934115-63-3. PMID  19623486 .
  13. ^ a b c Клинг, Джим (3 марта 2006 г.). «Работа с системами» . Наука . Проверено 15 июня 2011 года .
  14. ^ "HMS открывает новый отдел для изучения системной биологии" . Harvard Gazette. 23 сентября 2003 г.
  15. ^ Карр, Джонатан Р .; Sanghvi, Jayodita C .; Маклин, Дерек Н .; Gutschow, Miriam V .; Джейкобс, Джаред М .; Боливал, Бенджамин; Асад-Гарсия, Накира; Гласс, Иоанн I .; Covert, Маркус В. (июль 2012 г.). «Компьютерная модель всей клетки предсказывает фенотип от генотипа» . Cell . 150 (2): 389–401. DOI : 10.1016 / j.cell.2012.05.044 . PMC 3413483 . PMID 22817898 .  
  16. ^ Месарович, Михайло Д. (1968). Теория систем и биология . Берлин: Springer-Verlag.
  17. ^ a b Розен, Роберт (5 июля 1968 г.). «Средство к новому холизму». Наука . 161 (3836): 34–35. Bibcode : 1968Sci ... 161 ... 34M . DOI : 10.1126 / science.161.3836.34 . JSTOR 1724368 . 
  18. ^ Б. Дж. Цзэн, О голографической модели человеческого тела , 1-я Национальная конференция сравнительных исследований традиционной китайской медицины и западной медицины, медицины и философии, апрель 1992 г.
  19. ^ Цзэн (Б.) Дж., О концепции системной биологической инженерии , Сообщение о трансгенных животных, № 6, июнь, 1994.
  20. ^ Б. Дж. Цзэн, Система экспрессии трансгенных животных - план трансгенных яиц , Сообщение о трансгенных животных, Том 1, № 11, 1994.
  21. ^ Б. Дж. Цзэн, От позитивного к синтетической науке , Сообщение о трансгенных животных, № 11, 1995.
  22. ^ Б. Дж. Цзэн, Теория структуры систем самоорганизации , Коммуникация на трансгенных животных , № 8-10, 1996 г. И т. Д.
  23. ^ "Системная биология - Национальный институт общих медицинских наук" . Архивировано из оригинального 19 октября 2013 года . Проверено 12 декабря 2012 года .
  24. ↑ Хантер, Филипп (май 2012 г.). «Назад на Землю: даже если она еще не выполнила своих обещаний, системная биология уже созрела и вот-вот принесет свои первые результаты» . EMBO Reports . 13 (5): 408–411. DOI : 10.1038 / embor.2012.49 . PMC 3343359 . PMID 22491028 .  
  25. ↑ Zou, Yawen; Лаубихлер, Манфред Д. (25.07.2018). «От систем к биологии: вычислительный анализ научных статей по системной биологии с 1992 по 2013 год» . PLOS ONE . 13 (7): e0200929. Bibcode : 2018PLoSO..1300929Z . DOI : 10.1371 / journal.pone.0200929 . ISSN 1932-6203 . PMC 6059489 . PMID 30044828 .   
  26. ^ a b Cascante, Марта; Марин, Сильвия (30 сентября 2008 г.). «Метаболомический и флюксомический подходы». Очерки биохимии . 45 : 67–82. DOI : 10,1042 / bse0450067 . ISSN 0071-1365 . PMID 18793124 .  
  27. ^ Cusick, Майкл Э .; Клитгорд, Нильс; Видаль, Марк; Хилл, Дэвид Э. (2005-10-15). «Интерактом: вход в системную биологию» . Молекулярная генетика человека . 14 (Suppl_2): R171 – R181. DOI : 10,1093 / HMG / ddi335 . ISSN 0964-6906 . PMID 16162640 .  
  28. Перейти ↑ Aur, Dorian (2012). «От нейроэлектродинамики к мыслящим машинам». Когнитивные вычисления . 4 (1): 4–12. DOI : 10.1007 / s12559-011-9106-3 . ISSN 1866-9956 . S2CID 12355069 .  
  29. ↑ Лоор, Хурам Шахзад и Хуан Дж. (31.07.2012). «Применение системных подходов сверху вниз и снизу вверх в физиологии и метаболизме жвачных животных» . Текущая геномика . 13 (5): 379–394. DOI : 10.2174 / 138920212801619269 . PMC 3401895 . PMID 23372424 .  
  30. ^ Разлив, Фабиан; Бакал, Крис; Мак, Майкл (2018). «Механическая и системная биология рака» . Журнал вычислительной и структурной биотехнологии . 16 : 237–245. arXiv : 1807.08990 . Bibcode : 2018arXiv180708990S . DOI : 10.1016 / j.csbj.2018.07.002 . PMC 6077126 . PMID 30105089 .  
  31. ^ Барилло, Эммануэль; Кальцоне, Лоуренс; Хупе, Филипп; Верт, Жан-Филипп; Зиновьев, Андрей (2012). Вычислительная системная биология рака . Чепмен и Холл / CRC Математическая и вычислительная биология. п. 461. ISBN. 978-1439831441.
  32. ^ Бирн, Хелен М. (2010). «Рассечение рака с помощью математики: от клетки к животной модели». Обзоры природы Рак . 10 (3): 221–230. DOI : 10.1038 / nrc2808 . PMID 20179714 . S2CID 24616792 .  
  33. ^ Гарднер, Тимоти .S; ди Бернардо, Диего; Лоренц, Дэвид; Коллинз, Джеймс Дж. (4 июля 2003 г.). «Вывод генетических сетей и определение сложного способа действия с помощью профилирования экспрессии». Наука . 301 (5629): 102–105. Bibcode : 2003Sci ... 301..102G . DOI : 10.1126 / science.1081900 . PMID 12843395 . S2CID 8356492 .  
  34. ^ ди Бернардо, Диего; Томпсон, Майкл Дж .; Гарднер, Тимоти С .; Чобот, Сара Э .; Eastwood, Erin L .; Войтович, Андрей П .; Эллиотт, Шон Дж .; Schaus, Scott E .; Коллинз, Джеймс Дж. (Март 2005 г.). «Хемогеномное профилирование в масштабе всего генома с использованием реверсивных генных сетей». Природа Биотехнологии . 23 (3): 377–383. DOI : 10.1038 / nbt1075 . PMID 15765094 . S2CID 16270018 .  
  35. ^ а б Тавассолы, Иман (2015). Динамика решения клеточной судьбы, опосредованная взаимодействием аутофагии и апоптоза в раковых клетках . Тезисы Спрингера. Издательство Springer International. DOI : 10.1007 / 978-3-319-14962-2 . ISBN 978-3-319-14961-5. S2CID  89307028 .
  36. ^ Коркут, А; Ванга, Вт; Демир, Э; Аксой, Б.А.; Цзин, X; Молинелли, Э.Дж.; Бабур, Ö; Бемис, DL; Онур Шумер, S; Солит, ДБ; Pratilas, CA; Сандер, К. (18 августа 2015 г.). «Биология пертурбации предлагает комбинации лекарств выше и ниже по течению в клетках меланомы, устойчивых к ингибиторам RAF» . eLife . 4 . DOI : 10.7554 / eLife.04640 . PMC 4539601 . PMID 26284497 .  
  37. ^ а б Гупта, Анкур; Роулингс, Джеймс Б. (апрель 2014 г.). «Сравнение методов оценки параметров в стохастических химических кинетических моделях: примеры в системной биологии» . Журнал Айше . 60 (4): 1253–1268. DOI : 10.1002 / aic.14409 . ISSN 0001-1541 . PMC 4946376 . PMID 27429455 .   
  38. ^ Ananadou, София ; Келл, Дуглас; Цудзи, Джун-ичи (декабрь 2006 г.). «Интеллектуальный анализ текста и его потенциальные приложения в системной биологии». Тенденции в биотехнологии . 24 (12): 571–579. DOI : 10.1016 / j.tibtech.2006.10.002 . PMID 17045684 . 
  39. ^ Glaab, Энрико; Шнайдер, Рейнхард (2012). «PathVar: анализ вариации экспрессии генов и белков в клеточных путях с использованием данных микрочипов» . Биоинформатика . 28 (3): 446–447. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btr656 . PMC 3268235 . PMID 22123829 .  
  40. ^ Bardini, R .; Политано, G .; Benso, A .; Ди Карло, С. (01.01.2017). «Подходы многоуровневого и гибридного моделирования в системной биологии» . Журнал вычислительной и структурной биотехнологии . 15 : 396–402. DOI : 10.1016 / j.csbj.2017.07.005 . ISSN 2001-0370 . PMC 5565741 . PMID 28855977 .   
  41. ^ a b Transtrum, Марк К .; Цю, Пэн (2016-05-17). «Соединение механистических и феноменологических моделей сложных биологических систем» . PLOS Вычислительная биология . 12 (5): e1004915. arXiv : 1509.06278 . Bibcode : 2016PLSCB..12E4915T . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1004915 . ISSN 1553-7358 . PMC 4871498 . PMID 27187545 .   
  42. ^ Chellaboina, V .; Бхат, ИП; Хаддад, WM; Бернштейн, Д.С. (август 2009 г.). «Моделирование и анализ кинетики массового действия». Журнал IEEE Control Systems . 29 (4): 60–78. DOI : 10,1109 / MCS.2009.932926 . ISSN 1941-000X . S2CID 12122032 .  
  43. ^ Браун, Кевин С .; Сетна, Джеймс П. (12 августа 2003 г.). «Статистико-механические подходы к моделям со многими малоизвестными параметрами». Physical Review E . 68 (2): 021904. Bibcode : 2003PhRvE..68b1904B . DOI : 10.1103 / physreve.68.021904 . ISSN 1063-651X . PMID 14525003 .  

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Клипп, Эдда; Либермейстер, Вольфрам; Вирлинг, Кристоф; Ковальд, Аксель (2016). Системная биология - Учебник, 2-е издание . Вайли. ISBN 978-3-527-33636-4.
  • Асфар С. Азми, изд. (2012). Системная биология в исследованиях рака и открытии лекарств . ISBN 978-94-007-4819-4.
  • Китано, Хироаки (15 октября 2001 г.). Основы системной биологии . MIT Press. ISBN 978-0-262-11266-6.
  • Вернер, Эрик (29 марта 2007 г.). «Все системы идут» . Природа . 446 (7135): 493–494. Bibcode : 2007Natur.446..493W . DOI : 10.1038 / 446493a . дает сравнительный обзор трех книг:
  • Алон, Ури (7 июля 2006 г.). Введение в системную биологию: принципы построения биологических цепей . Чепмен и Холл. ISBN 978-1-58488-642-6.
  • Канеко, Кунихико (15 сентября 2006 г.). Жизнь: Введение в комплексную системную биологию . Springer-Verlag. Bibcode : 2006lics.book ..... K . ISBN 978-3-540-32666-3.
  • Палссон, Бернхард О. (16 января 2006 г.). Системная биология: свойства реконструированных сетей . Издательство Кембриджского университета. ISBN 978-0-521-85903-5.
  • Вернер Дубицкий; Олаф Волькенхауэр; Хироки Ёкота; Кван-Хён Чо, ред. (13 августа 2013 г.). Энциклопедия системной биологии . Springer-Verlag. ISBN 978-1-4419-9864-4.

Внешние ссылки [ править ]

  • Биологические системы в биофизике-вики