Из Википедии, свободной энциклопедии
  (Перенаправлен с тетратрикопептида )
Перейти к навигации Перейти к поиску
Тетратрикопептидный повтор
PP5 STRUCTURE.png
Идентификаторы
Условное обозначениеTPR_1
PfamPF00515
Клан пфамCL0020
ИнтерПроIPR001440
SCOP21a17 / SCOPe / SUPFAM
CDDcd00189
Доступные белковые структуры:
Pfam  структуры / ECOD  
PDBRCSB PDB ; PDBe ; PDBj
PDBsumкраткое изложение структуры
PDB1w3b B: 89-122 1fch A: 522-555 2fbn B: 228-261

1p5q B: 276-295 1qz2 C: 276-295 1ihg A: 223-256 1iip A: 223-256 1elw B: 4-37 1wao 2: 28-61 1a17 : 28-61 1elr A: 225-258 2c2l C: 27-60 1uzs А: 114-147 1e96 Б: 71-104 1hh8 А: 71-104

1wm5 A: 71-104 1kt0 A: 351-384 1kt1 A: 351-384

Tetratricopeptide повторить ( TPR ) является структурным мотивом . Он состоит из вырожденного тандемного повтора из 34 аминокислот, идентифицированного в большом количестве белков . Он обнаруживается в тандемных массивах из 3–16 мотивов [1], которые формируют каркасы для обеспечения межбелковых взаимодействий и часто сборки мультибелковых комплексов. Эти парные повторы альфа-спирали обычно складываются вместе, образуя один линейный соленоидный домен, называемый TPR-доменом . Белки с такими доменами включают субъединицы комплекса, способствующего анафазе (APC) cdc16, cdc23 и cdc27 , субъединица NADPH-оксидазы p67-phox , hsp90-связывающие иммунофилины , факторы транскрипции , протеинкиназа R (PKR), главный рецептор для импорта белка пероксисомального матрикса PEX5 , белок-аргининметилтрансфераза 9 (PRMT9) и митохондриальный импорт белки.

Изображение повтора TPR. Изображение создано с помощью King Software. Идентификатор PDB: 1NA0.

Структура [ править ]

Структура белка PP5 была первой структурой, которую необходимо было определить. Структура, определенная с помощью рентгеновской кристаллографии Дасом и его коллегами, показала, что мотив последовательности TPR состоит из пары антипараллельных альфа-спиралей. [2] Структура PP5 содержала 3 тандемных повтора TPR, которые показали, что последовательные повторы TPR образовали альфа-спиральную соленоидную структуру.

Типичная структура TPR характеризуется взаимодействиями между спиралями A и B первого мотива и спиралью A 'следующего TPR. Хотя природа таких взаимодействий может различаться, первые две спирали TPR-мотива обычно имеют угол упаковки ~ 24 градусов в пределах одного мотива. Повторы более трех мотивов TPR создают правую суперспираль, характеризующуюся как вогнутой, так и выпуклой гранью, из которых вогнутая поверхность обычно участвует в связывании лиганда. [1] [3]

На этом изображении показаны остатки сигнатуры, обычно встречающиеся в мотивах TPR. Изображение было визуализировано с использованием программного обеспечения KING, начиная с PDB 1NA3.

С точки зрения последовательности, TPR содержит смесь малых и больших гидрофобных остатков, тем не менее, ни одно положение не является полностью инвариантным. Однако есть некоторые остатки, которые обычно консервативны, включая триптофан 4, лейцин 7, глицин 8, тирозин 11, аланин 20, фенилаланин 24, аланин 27 и пролин 32. Среди этих 8 аланина в положениях 8, 20 и 27 обычно больше. законсервировано. В других положениях более предпочтительны небольшие, большие или ароматические аминокислоты, а не конкретный остаток. Между спиралями сохранение остатков играет больше структурную роль, поскольку присутствуют остатки, разрушающие спираль. Между соседними TPR остатки играют как структурные, так и функциональные роли. [1]

TPR, содержащие пептиды [ править ]

Хмель [ править ]

Hop белок адаптер опосредует ассоциацию молекулярных шаперонов Hsp70 и Hsp90. Он содержит три 3-TPR-повтора, каждый со своей специфичностью связывания пептидов. Известно, что его домен TPR1 распознает C-конец Hsp70, в то время как TPR2 связывается с C-концом Hsp90. Обе С-концевые последовательности заканчиваются мотивом EEVD, и природа взаимодействия является как электростатической, так и гидрофобной. [1] [4]

PEX5 [ править ]

PEX5 белок представляет собой рецептор для PTS1 (пероксомальных нацеливающего сигнала трипептида , который направляет белки в пероксис). Он взаимодействует с сигналом через мотивы TPR. Большинство его контактов с С-концевым трипептидом PTS1 находится на вогнутой поверхности TPR 1, 2 и 3. [5]

Цитозольный фактор нейтрофилов 2 [ править ]

Цитозольный фактор нейтрофилов 2 является важным для комплекса НАДФН-оксидазы, который, в свою очередь, производит супероксиды в ответ на микробную инфекцию. Связывание Rac GTPase является ключевым шагом в сборке комплекса, и TPR в модуле phox опосредуют сборку мультибелкового комплекса, действуя как связывающий каркас. [6]

Примеры [ править ]

Человеческие гены, кодирующие белки, содержащие этот мотив, включают:

  • AAG2 , ANAPC7
  • BBS4
  • КАБИНА1 , CDC16 , CDC23 , CDC27 , CNOT10 , CTR9
  • DNAJC3 , DNAJC7 , DYX1C1
  • FAM10A4 , FAM10A5 , FKBP4 , FKBP5 , FKBP8 , FKBPL
  • ГПСМ1 , ГПСМ2 , GTF3C3
  • IFIT1 , IFIT1L , IFIT2 , IFIT3 , IFIT5 , IFT140 , IFT88
  • KLC1 , KLC2 , KLC3 , KLC4 , KNS2
  • LONRF2
  • NARG1 , NARG1L , NASP , NCF2 , NFKBIL2 , NOXA1 , NPHP3
  • OGT
  • PEX5 , PEX5L , PPID , PPP5C , PRPF6
  • RANBP2 , RANBP2L2 , RANBP2L6 , RAPSN , RGPD5 , RGPD7 , RPAP3
  • SGTA , SGTB , SH3TC1 , SH3TC2 , SPAG1 , SRP72 , ST13 , STIP1 , STUB1 , SUGT1
  • TMTC1 , TMTC2 , TMTC3 , TMTC4 , TOMM34 , TOMM70A
  • TTC1 , TTC3 , TTC4 , TTC5 , TTC6 , TTC7A , TTC7B , TTC8 , TTC9C , TTC12 , TTC13 , TTC14 , TTC15 , TTC16 , TTC17 , TTC18 , TTC21A , TTC21B , TTC22 , TTC24 , TTC25 , TTC27 , TTC28 , TTC29 , TTC30A , TTC30B ,TTC31 , TTC33 , TTC37
  • UNC45A , UNC45B , UTX , UTY
  • WDTC1
  • ZC3H7B

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c d Blatch GL, Lässle M (ноябрь 1999 г.). «Тетратрикопептидный повтор: структурный мотив, опосредующий белок-белковые взаимодействия». BioEssays . 21 (11): 932–9. DOI : 10.1002 / (SICI) 1521-1878 (199911) 21:11 <932 :: AID-BIES5> 3.0.CO; 2-N . PMID  10517866 .
  2. ↑ Das AK, Cohen PW, Barford D (март 1998). «Структура тетратрикопептидных повторов протеинфосфатазы 5: значение для взаимодействий белок-белок, опосредованных TPR» . Журнал EMBO . 17 (5): 1192–9. DOI : 10.1093 / emboj / 17.5.1192 . PMC 1170467 . PMID 9482716 .  
  3. ^ Вильсон CG, Kajander T, L Regan (январь 2005). «Кристаллическая структура NlpI. Прокариотический тетратрикопептидный повторяющийся белок с глобулярной складкой» . Журнал FEBS . 272 (1): 166–79. DOI : 10.1111 / j.1432-1033.2004.04397.x . PMID 15634341 . 
  4. ^ Scheufler С, Бринкер А, Bourenkov G, S Пегораро, Мородер л, Bartunik Н, Hartl ФУ, Moarefi я (апрель 2000 г.). «Структура комплексов домена TPR-пептид: критические элементы в сборке многочаперонной машины Hsp70-Hsp90». Cell . 101 (2): 199–210. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (00) 80830-2 . PMID 10786835 . S2CID 18200460 .  
  5. ^ Гатто GJ, Geisbrecht BV, Гулд SJ, Берг JM (декабрь 2000). «Распознавание пероксисомного нацеленного сигнала-1 TPR-доменами человеческого PEX5». Структурная биология природы . 7 (12): 1091–5. DOI : 10.1038 / 81930 . PMID 11101887 . S2CID 35168630 .  
  6. ^ Лапуж K, Smith SJ, Уокер П., Gamblin SJ, Smerdon SJ, Rittinger K (октябрь 2000). «Структура TPR домена p67phox в комплексе с Rac.GTP». Молекулярная клетка . 6 (4): 899–907. DOI : 10.1016 / S1097-2765 (05) 00091-2 . PMID 11090627 . 

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Лима Мде Ф., Элой Н.Б., Пегораро С., Сагит Р., Рохас С., Бретц Т., Варгас Л., Элофссон А., де Оливейра А.С., Хемерли А.С., Феррейра ПК (18 ноября 2010 г.). «Геномная эволюция и сложность комплекса, стимулирующего анафазу (APC) у наземных растений» . BMC Plant Biology . 10 : 254. DOI : 10,1186 / 1471-2229-10-254 . PMC  3095333 . PMID  21087491 .
  • Дас А.К., Коэн П.В., Барфорд Д. (март 1998 г.). «Структура тетратрикопептидных повторов протеинфосфатазы 5: значение для взаимодействий белок-белок, опосредованных TPR» . Журнал EMBO . 17 (5): 1192–9. DOI : 10.1093 / emboj / 17.5.1192 . PMC  1170467 . PMID  9482716 .
  • Whitfield C, Mainprize IL (февраль 2010 г.). «Мотивы TPR: отличительные черты нового экспортного каркаса полисахаридов». Структура . 18 (2): 151–3. DOI : 10.1016 / j.str.2010.01.006 . PMID  20159460 .
  • Крахлер AM, Шарма A, Kleanthous C (июль 2010 г.). «Самоассоциация доменов TPR: уроки, извлеченные из разработанного, основанного на консенсусе олигомера TPR». Белки . 78 (9): 2131–43. DOI : 10.1002 / prot.22726 . PMID  20455268 .
  • Schapire AL, Valpuesta V, Botella MA (сентябрь 2006 г.). «Белки TPR в передаче сигналов гормонов растений» . Сигнализация и поведение растений . 1 (5): 229–30. DOI : 10.4161 / psb.1.5.3491 . PMC  2634123 . PMID  19704665 .
  • Кортахарена А.Л., Реган Л. (май 2006 г.). «Связывание лиганда TPR доменами» . Белковая наука . 15 (5): 1193–8. DOI : 10.1110 / ps.062092506 . PMC  2242500 . PMID  16641492 .
  • Д'Андреа Л.Д., Риган Л. (декабрь 2003 г.). «Белки TPR: универсальная спираль». Направления биохимических наук . 28 (12): 655–62. CiteSeerX  10.1.1.313.8712 . DOI : 10.1016 / j.tibs.2003.10.007 . PMID  14659697 .
  • Гебл М., Янагида М. (май 1991 г.). «Snap Helix TPR: новый мотив повтора белка от митоза до транскрипции». Направления биохимических наук . 16 (5): 173–7. DOI : 10.1016 / 0968-0004 (91) 90070-C . PMID  1882418 .

Внешние ссылки [ править ]

  • Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс LIG_TPR
  • Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс TRG_PTS1