Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Упрощенная схема синтеза и обработки мРНК. Ферменты не показаны.

Транскрипция - это первый из нескольких этапов экспрессии генов на основе ДНК, на которых определенный сегмент ДНК копируется в РНК (особенно мРНК ) ферментом РНК-полимеразой .

Оба ДНК и РНК являются нуклеиновые кислоты , которые используют пар оснований из нуклеотидов в качестве дополнительного языка. Во время транскрипции последовательность ДНК считывается РНК-полимеразой, которая производит комплементарную антипараллельную цепь РНК, называемую первичным транскриптом .

Транскрипция происходит в следующих общих шагах:

  1. РНК-полимераза вместе с одним или несколькими общими факторами транскрипции связывается с промоторной ДНК .
  2. РНК-полимераза создает пузырек транскрипции , который разделяет две нити спирали ДНК. Это достигается путем разрыва водородных связей между комплементарными нуклеотидами ДНК.
  3. РНК-полимераза добавляет нуклеотиды РНК (которые комплементарны нуклеотидам одной цепи ДНК).
  4. Сахарно-фосфатный остов РНК формируется с помощью РНК-полимеразы с образованием цепи РНК.
  5. Водородные связи спирали РНК – ДНК разрываются, освобождая вновь синтезированную цепь РНК.
  6. Если у клетки есть ядро , РНК может подвергаться дальнейшей обработке. Это может включать полиаденилирование , кэппинг и сплайсинг .
  7. РНК может оставаться в ядре или выходить в цитоплазму через комплекс ядерных пор .

Участок ДНК, транскрибируемый в молекулу РНК, называется единицей транскрипции и кодирует по крайней мере один ген . Если ген кодирует белок , транскрипция производит информационную РНК (мРНК); мРНК, в свою очередь, служит шаблоном для синтеза белка посредством трансляции . Альтернативно, транскрибируемый ген может кодировать некодирующую РНК, такую ​​как микроРНК , рибосомная РНК (рРНК), транспортная РНК (тРНК) или ферментативные молекулы РНК, называемые рибозимами . [1]В целом РНК помогает синтезировать, регулировать и обрабатывать белки; поэтому он играет фундаментальную роль в выполнении функций внутри клетки .

В вирусологии этот термин также может использоваться при обозначении синтеза мРНК из молекулы РНК (т. Е. Репликации РНК). Например, геном одноцепочечной РНК с отрицательным смыслом (оцРНК -) вируса может быть матрицей для одноцепочечной РНК с положительным смыслом (оцРНК +) [ требуется пояснение ] . Это связано с тем, что положительно-смысловая цепь содержит информацию, необходимую для последующей трансляции вирусных белков для вирусной репликации . Этот процесс катализируется вирусной РНК-репликазой . [2] [ требуется пояснение ]

Фон [ править ]

Единица транскрипции ДНК, кодирующая белок, может содержать как кодирующую последовательность , которая будет транслироваться в белок, так и регуляторные последовательности , которые направляют и регулируют синтез этого белка. Регуляторная последовательность перед кодирующей последовательностью (« перед ней ») называется пятью первичными нетранслируемыми областями (5'UTR); Последовательность после (« нисходящая » от) кодирующей последовательности называется тремя первичными нетранслируемыми областями (3'UTR). [1]

В отличие от репликации ДНК , транскрипция приводит к РНК-комплементу, который включает нуклеотид урацил (U) во всех случаях, когда тимин (T) мог бы присутствовать в комплементе ДНК.

Только одна из двух цепей ДНК служит шаблоном для транскрипции. Антисмысловая цепь ДНК считывается РНК - полимеразы от конца к 5' - концу 3' в процессе транскрипции (3' → 5' ). Комплементарная РНК создается в противоположном направлении, в направлении 5 '→ 3', что соответствует последовательности смысловой цепи, за исключением замены урацила на тимин. Эта направленность обусловлена ​​тем, что РНК-полимераза может добавлять нуклеотиды только к 3'-концу растущей цепи мРНК. Такое использование только 3 '→ 5' цепи ДНК устраняет необходимость во фрагментах Окадзаки , которые наблюдаются при репликации ДНК. [1] Это также устраняет необходимость в праймере РНК для инициации синтеза РНК, как в случае репликации ДНК.

Не -template (смысловой) цепь ДНК называется кодирующей нити , так как ее последовательность является такой же , как вновь созданной РНК - транскрипта (для замещения урацила тимин за исключением). Это нить, которая используется по соглашению при представлении последовательности ДНК. [3]

Транскрипция имеет некоторые механизмы проверки, но они менее эффективны и менее эффективны, чем средства контроля для копирования ДНК. В результате транскрипция имеет более низкую точность копирования, чем репликация ДНК. [4]

Основные шаги [ править ]

Транскрипция подразделяется на инициацию , ускользание от промотора , удлинение и терминацию . [5]

Инициирование [ править ]

Транскрипция начинается со связывания РНК-полимеразы вместе с одним или несколькими общими факторами транскрипции с определенной последовательностью ДНК, называемой « промотором », с образованием «замкнутого комплекса» РНК-полимераза-промотор. В «замкнутом комплексе» промоторная ДНК все еще полностью двухцепочечная. [5]

Затем РНК-полимераза с помощью одного или нескольких общих факторов транскрипции раскручивает приблизительно 14 пар оснований ДНК с образованием «открытого комплекса» РНК-полимераза-промотор. В «открытом комплексе» промоторная ДНК частично разматывается и является одноцепочечной. Открытая одноцепочечная ДНК называется «пузырем транскрипции». [5]

РНК-полимераза при помощи одного или нескольких общих факторов транскрипции затем выбирает сайт начала транскрипции в пузыре транскрипции, связывается с инициирующим NTP и удлиняющим NTP (или коротким праймером РНК и удлиняющим NTP), комплементарным последовательности сайта начала транскрипции , и катализирует образование связи с образованием исходного продукта РНК. [5]

У бактерий холофермент РНК-полимеразы состоит из пяти субъединиц: 2 субъединиц α, 1 субъединицы β, 1 субъединицы β 'и 1 субъединицы ω. У бактерий есть один общий фактор транскрипции РНК, известный как фактор сигма . Фермент ядра РНК-полимеразы связывается с бактериальным фактором общей транскрипции (сигма) с образованием холофермента РНК-полимеразы, а затем связывается с промотором. [5] (РНК-полимераза называется холоферментом, если сигма-субъединица присоединена к коровому ферменту, который состоит из 2 субъединиц α, 1 субъединицы β, только 1 субъединицы β ').

У архей и эукариот РНК-полимераза содержит субъединицы, гомологичные каждой из пяти субъединиц РНК-полимеразы у бактерий, а также дополнительные субъединицы. У архей и эукариот функции общего бактериального фактора транскрипции сигма выполняются множеством общих факторов транскрипции, которые работают вместе. [5] У архей есть три основных фактора транскрипции: TBP , TFB и TFE . У эукариот в зависимой от РНК-полимеразы II транскрипции существует шесть общих факторов транскрипции: TFIIA , TFIIB ( ортологTFB архей), TFIID (мультисубъединичный фактор, в котором ключевая субъединица TBP является ортологом TBP архей), TFIIE ( ортолог TFE архей), TFIIF и TFIIH . TFIID - это первый компонент, связывающийся с ДНК из-за связывания TBP, тогда как TFIIH - последний компонент, который будет задействован. У архей и эукариот закрытый комплекс РНК-полимераза-промотор обычно называют « преинициационным комплексом ». [6]

Инициация транскрипции регулируется дополнительными белками, известными как активаторы и репрессоры , и, в некоторых случаях, ассоциированными коактиваторами или корепрессорами , которые модулируют образование и функцию комплекса инициации транскрипции. [5]

Побег промоутера [ править ]

После того, как первая связь синтезирована, РНК-полимераза должна покинуть промотор. В течение этого времени наблюдается тенденция к высвобождению транскрипта РНК и образованию усеченных транскриптов. Это называется преждевременной инициацией и характерно как для эукариот, так и для прокариот. [7] Прерывистая инициация продолжается до тех пор, пока не будет синтезирован продукт РНК с пороговой длиной приблизительно 10 нуклеотидов, после чего происходит ускользание промотора и образование комплекса элонгации транскрипции.

Механически ускользание промотора происходит за счет сжатия ДНК , обеспечивая энергию, необходимую для разрыва взаимодействия между холоферментом РНК-полимеразы и промотором. [8]

У бактерий исторически считалось, что сигма-фактор определенно высвобождается после того, как происходит клиренс промотора. Эта теория была известна как модель обязательного выпуска. Однако более поздние данные показали, что после удаления промотора сигма-фактор высвобождается в соответствии со стохастической моделью, известной как модель стохастического высвобождения . [9]

У эукариот на промоторе, зависимом от РНК-полимеразы II, после клиренса промотора TFIIH фосфорилирует серин 5 на карбоксиконцевом домене РНК-полимеразы II, что приводит к рекрутированию кэпирующего фермента (CE). [10] [11] Точный механизм того, как CE вызывает клиренс промотора у эукариот, пока не известен.

Удлинение [ править ]

Простая диаграмма удлинения транскрипции

Одна цепь ДНК, матричная цепь (или некодирующая цепь), используется в качестве матрицы для синтеза РНК. По мере того как транскрипция продолжается, РНК-полимераза пересекает цепочку матрицы и использует комплементарность спаривания оснований с шаблоном ДНК для создания копии РНК (которая удлиняется во время обхода). Хотя РНК-полимераза пересекает матричную цепь от 3 '→ 5', кодирующая (не матричная) цепь и вновь образованная РНК также могут использоваться в качестве контрольных точек, поэтому транскрипцию можно описать как происходящую 5 '→ 3'. Это дает молекулу РНК из 5 '→ 3', точную копию кодирующей цепи (за исключением того, что тимины заменены урацилами, а нуклеотиды состоят из рибозного (5-углеродного) сахара, где ДНК содержит дезоксирибозу (на один атом кислорода меньше) в сахарно-фосфатном скелете). [ необходима цитата ]

Транскрипция мРНК может включать несколько РНК-полимераз на одной матрице ДНК и несколько раундов транскрипции (амплификация определенной мРНК), поэтому из одной копии гена можно быстро получить множество молекул мРНК. [ необходима цитата ] Характерные скорости удлинения у прокариот и эукариот составляют около 10-100 нт / сек. [12] У эукариот, однако, нуклеосомы действуют как основные барьеры для транскрипции полимераз во время удлинения транскрипции. [13] [14] У этих организмов пауза, вызванная нуклеосомами, может регулироваться факторами удлинения транскрипции, такими как TFIIS. [14]

Удлинение также включает в себя механизм корректуры, который может заменить неправильно встроенные основы. У эукариот это может соответствовать коротким паузам во время транскрипции, которые позволяют соответствующим факторам редактирования РНК связываться. Эти паузы могут быть характерны для РНК-полимеразы или из-за структуры хроматина. [ необходима цитата ]

Прекращение действия [ править ]

Бактерии используют две разные стратегии терминации транскрипции - Rho-независимое завершение и Rho-зависимое завершение. При Rho-независимой терминации транскрипции транскрипция РНК останавливается, когда вновь синтезированная молекула РНК образует GC-богатую шпильочную петлю, за которой следует цикл Us. Когда образуется шпилька, механическое напряжение разрывает слабые связи rU-dA, заполняя гибрид ДНК-РНК. Это вытягивает транскрипт поли-U из активного сайта РНК-полимеразы, завершая транскрипцию. В «Rho-зависимом» типе терминации белковый фактор, называемый « Rho », дестабилизирует взаимодействие между матрицей и мРНК, высвобождая, таким образом, вновь синтезированную мРНК из комплекса элонгации. [15]

Терминация транскрипции у эукариот менее изучена, чем у бактерий, но включает расщепление нового транскрипта с последующим независимым от матрицы добавлением аденинов на его новом 3'-конце в процессе, называемом полиаденилированием . [16]

Роль РНК-полимеразы в посттранскрипционных изменениях в РНК [ править ]

Изображение, показывающее РНК-полимеразу, взаимодействующую с различными факторами и ДНК во время транскрипции, особенно CTD (C-концевой домен)

РНК-полимераза играет очень важную роль на всех этапах, включая посттранскрипционные изменения в РНК.

Изображение показывает, как CTD несет белок для дальнейших изменений РНК.

Как показано на изображении справа, очевидно, что CTD (C-терминальный домен) - это хвост, который меняет свою форму; этот хвост будет использоваться в качестве носителя для сплайсинга, кэппинга и полиаденилирования , как показано на изображении слева. [17]

Ингибиторы [ править ]

Ингибиторы транскрипции можно использовать в качестве антибиотиков , например, против патогенных бактерий ( антибактериальные препараты ) и грибов ( противогрибковые ). Примером такого антибактериального средства является рифампицин , который ингибирует бактериальную транскрипцию ДНК в мРНК, ингибируя ДНК-зависимую РНК-полимеразу путем связывания ее бета-субъединицы, в то время как 8-гидроксихинолин является противогрибковым ингибитором транскрипции. [18] Эффекты метилирования гистоновтакже может подавлять действие транскрипции. Сильные, биоактивные природные продукты, такие как триптолид, которые ингибируют транскрипцию млекопитающих посредством ингибирования субъединицы XPB общего фактора транскрипции TFIIH, недавно были описаны как конъюгат глюкозы для нацеливания на гипоксические раковые клетки с повышенной экспрессией переносчика глюкозы. [19]

Эндогенные ингибиторы [ править ]

У позвоночных большинство промоторов генов содержат островок CpG с многочисленными сайтами CpG . [20] Когда многие промоторные сайты CpG гена метилированы, ген становится подавленным (заглушенным). [21] Колоректальный рак обычно имеет от 3 до 6 мутаций водителя и от 33 до 66 мутаций путешественника или пассажира. [22] Однако подавление транскрипции (молчание) может иметь большее значение, чем мутации, в развитии рака. Например, при колоректальном раке от 600 до 800 генов транскрипционно ингибируются метилированием CpG-островков (см. Регуляцию транскрипции при раке).). Репрессия транскрипции при раке также может происходить за счет других эпигенетических механизмов, таких как измененная экспрессия микроРНК . [23] При раке груди репрессия транскрипции BRCA1 может происходить чаще за счет сверхэкспрессии микроРНК-182, чем за счет гиперметилирования промотора BRCA1 (см. Низкая экспрессия BRCA1 при раке груди и яичников ).

Фабрики транскрипции [ править ]

Активные единицы транскрипции сгруппированы в ядре в дискретных участках, называемых фабриками транскрипции или эухроматином . Такие сайты можно визуализировать, позволив задействованным полимеразам расширить свои транскрипты в помеченных предшественниках (Br-UTP или Br-U) и пометив иммуно-меченую растущую РНК. Фабрики транскрипции также можно локализовать с помощью флуоресцентной гибридизации in situ или пометить антителами, направленными против полимераз. В нуклеоплазме клетки HeLa ~ 10 000 фабрик., среди которых ~ 8000 фабрик полимеразы II и ~ 2000 фабрик полимеразы III. Каждая фабрика полимеразы II содержит ~ 8 полимераз. Поскольку наиболее активные единицы транскрипции связаны только с одной полимеразой, каждая фабрика обычно содержит ~ 8 различных единиц транскрипции. Эти единицы могут быть связаны через промоторы и / или энхансеры, при этом петли образуют «облако» вокруг фактора. [24]

История [ править ]

Молекула, позволяющая реализовать генетический материал в виде белка, была впервые выдвинута Франсуа Жакобом и Жаком Моно . Северо Очоа получил Нобелевскую премию по физиологии и медицине в 1959 году за разработку процесса синтеза РНК in vitro с полинуклеотидфосфорилазой , который был полезен для взлома генетического кода . Синтез РНК с помощью РНК-полимеразы был установлен in vitro несколькими лабораториями к 1965 г .; однако РНК, синтезируемая этими ферментами, обладала свойствами, которые предполагали существование дополнительного фактора, необходимого для правильного завершения транскрипции. [цитата необходима ]

В 1972 году Уолтер Фирс стал первым человеком, который действительно доказал существование терминального фермента.

Роджер Д. Корнберг получил Нобелевскую премию по химии 2006 г. «за исследования молекулярных основ эукариотической транскрипции ». [25]

Измерение и обнаружение [ править ]

Электронная микрофотография транскрипции рибосомальной РНК. Формующие рибосомных РНК нити видны как ветви от главной цепи ДНК. [ необходима цитата ]

Транскрипцию можно измерить и обнаружить различными способами: [ необходима ссылка ]

  • Анализ транскрипции кассеты G-Less : измерение силы промотора
  • Анализ обратной транскрипции : определяет сайты начала транскрипции (TSS)
  • Ядерный анализ: измеряет относительное количество вновь образованных транскриптов.
  • KAS-seq : измеряет одноцепочечную ДНК, генерируемую РНК-полимеразами; может работать с 1000 ячеек. [26]
  • Анализ на защиту от РНКазы и ЧИП-Чип из РНКПА : обнаружение активных центров транскрипции
  • ОТ-ПЦР : измеряет абсолютное содержание общей или ядерной РНК, которое, однако, может отличаться от скорости транскрипции.
  • ДНК-микрочипы : измеряет относительное содержание глобальных уровней общей или ядерной РНК; однако они могут отличаться от показателей транскрипции
  • Гибридизация in situ : обнаруживает наличие транскрипта
  • Мечение MS2 : путем включения в ген петель ствола РНК , такой как MS2, они включаются во вновь синтезированную РНК. Затем стволовые петли могут быть обнаружены с помощью слияния GFP и белка оболочки MS2, который имеет высокое сродство, специфичное для последовательности взаимодействие со стволовыми петлями MS2. Рекрутирование GFP в сайт транскрипции визуализируется как единое флуоресцентное пятно. Этот новый подход показал, что транскрипция происходит прерывистыми пакетами или импульсами (см. Транскрипционный пакет ). За заметным исключением методов in situ, большинство других методов обеспечивают средние значения клеточной популяции и не способны обнаружить это фундаментальное свойство генов. [27]
  • Нозерн-блоттинг : традиционный метод, и до появления RNA-Seq , самый количественный
  • RNA-Seq : применяет методы секвенирования следующего поколения для секвенирования полных транскриптомов , что позволяет измерять относительное количество РНК, а также обнаруживать дополнительные вариации, такие как гены слияния, посттранскрипционные правки и новые сайты сплайсинга
  • Одноклеточная RNA-Seq : амплифицирует и считывает частичные транскриптомы из изолированных клеток, что позволяет проводить подробный анализ РНК в тканях, эмбрионах и раковых опухолях

Обратная транскрипция [ править ]

Схема обратной транскрипции

Некоторые вирусы (например, ВИЧ , вызывающий СПИД ) обладают способностью транскрибировать РНК в ДНК. У ВИЧ есть геном РНК, который обратно транскрибируется в ДНК. Полученная ДНК может быть объединена с геномом ДНК клетки-хозяина. Основной фермент, ответственный за синтез ДНК из матрицы РНК, называется обратной транскриптазой .

В случае ВИЧ обратная транскриптаза отвечает за синтез комплементарной цепи ДНК (кДНК) геному вирусной РНК. Затем фермент рибонуклеаза H переваривает цепь РНК, а обратная транскриптаза синтезирует комплементарную цепь ДНК с образованием двойной спиральной структуры ДНК («кДНК»). КДНК интегрируется в геном клетки-хозяина с помощью фермента интегразы , который заставляет клетку-хозяин генерировать вирусные белки, которые собираются в новые вирусные частицы. В ВИЧ, после этого, клетка - хозяин подвергается запрограммированной гибели клеток или апоптоз в Т - клетках . [28] Однако в других ретровирусах клетка-хозяин остается неповрежденной, когда вирус выходит из клетки.

Некоторые эукариотические клетки содержат фермент с активностью обратной транскрипции, называемый теломеразой . Теломераза - это обратная транскриптаза, удлиняющая концы линейных хромосом. Теломераза несет матрицу РНК, из которой она синтезирует повторяющуюся последовательность ДНК, или «мусорную» ДНК. Эта повторяющаяся последовательность ДНК называется теломер и может рассматриваться как «крышка» для хромосомы. Это важно, потому что каждый раз, когда удваивается линейная хромосома, она укорачивается. С помощью этой «мусорной» ДНК или «крышки» на концах хромосом сокращение устраняет некоторую несущественную повторяющуюся последовательность, а не последовательность ДНК, кодирующую белок, которая находится дальше от конца хромосомы.

Теломераза часто активируется в раковых клетках, чтобы раковые клетки могли бесконечно дублировать свои геномы без потери важной последовательности ДНК, кодирующей белок. Активация теломеразы может быть частью процесса, который позволяет раковым клеткам стать бессмертными . Фактор иммортализации рака через удлинение теломер за счет теломеразы, как было доказано, встречается в 90% всех канцерогенных опухолей in vivo, а в оставшихся 10% используется альтернативный путь поддержания теломер, называемый ALT или альтернативное удлинение теломер. [29]

См. Также [ править ]

  • Жизнь
  • Клетка (биология)
  • Деление клеток
  • ген
  • генная регуляция
  • экспрессия гена
  • Эпигенетика
  • Геном
  • Центральная догма Крика , согласно которой продукт транскрипции, мРНК, транслируется с образованием полипептидов , и где утверждается, что обратные процессы никогда не происходят.
  • Генная регуляция
  • Длинная некодирующая РНК
  • Миссенс мРНК
  • Сплайсинг - процесс удаления интронов из матричной РНК-предшественницы ( пре-мРНК ) для создания информационной РНК ( мРНК )
  • Транскриптомика
  • Перевод (биология)

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c Эльдра П. Соломон, Линда Р. Берг, Дайана В. Мартин. Биология, 8-е издание, международное студенческое издание . Томсон Брукс / Коул. ISBN  978-0495317142
  2. ^ Кунин Е.В., Gorbalenya А.Е., Чумаков К. (июль 1989). «Предварительная идентификация РНК-зависимых РНК-полимераз вирусов дцРНК и их отношения к вирусным полимеразам с положительной цепью РНК» . Письма FEBS . 252 (1–2): 42–6. DOI : 10.1016 / 0014-5793 (89) 80886-5 . PMID 2759231 . S2CID 36482110 .  
  3. ^ «Нити ДНК» . www.sci.sdsu.edu . Архивировано 27 октября 2017 года . Дата обращения 1 мая 2018 .
  4. ^ Berg J, Tymoczko JL, Stryer L (2006). Биохимия (6-е изд.). Сан-Франциско: WH Freeman. ISBN 0-7167-8724-5.
  5. ^ Б с д е е г Watson JD, Baker Т.А., Bell С.П., Ганна А.А., Левин М, Losick РМ (2013). Молекулярная биология гена (7-е изд.). Пирсон.
  6. Roeder, Роберт Г. (1991). «Сложности инициации эукариотической транскрипции: регуляция сборки преинициационного комплекса». Направления биохимических наук . 16 (11): 402–408. DOI : 10.1016 / 0968-0004 (91) 90164-Q . ISSN 0968-0004 . PMID 1776168 .  
  7. Goldman SR, Ebright RH , Nickels BE (май 2009 г.). «Прямое обнаружение абортивных транскриптов РНК in vivo» . Наука . 324 (5929): 927–8. Bibcode : 2009Sci ... 324..927G . DOI : 10.1126 / science.1169237 . PMC 2718712 . PMID 19443781 .  
  8. Перейти ↑ Revyakin A, Liu C, Ebright RH, Strick TR (ноябрь 2006 г.). «Прерывистая инициация и продуктивная инициация с помощью РНК-полимеразы включают сжатие ДНК» . Наука . 314 (5802): 1139–43. Bibcode : 2006Sci ... 314.1139R . DOI : 10.1126 / science.1131398 . PMC 2754787 . PMID 17110577 .  
  9. ^ Raffaelle M, Kanin EI, Vogt J, Burgess RR, Ansari AZ (ноябрь 2005 г.). «Переключение голоферментов и стохастическое высвобождение сигма-факторов из РНК-полимеразы in vivo». Молекулярная клетка . 20 (3): 357–66. DOI : 10.1016 / j.molcel.2005.10.011 . PMID 16285918 . 
  10. Mandal SS, Chu C, Wada T, Handa H, Shatkin AJ, Reinberg D (май 2004 г.). «Функциональные взаимодействия фермента, улавливающего РНК, с факторами, которые положительно и отрицательно регулируют ускользание промотора с помощью РНК-полимеразы II» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (20): 7572–7. Bibcode : 2004PNAS..101.7572M . DOI : 10.1073 / pnas.0401493101 . PMC 419647 . PMID 15136722 .  
  11. Goodrich JA, Tjian R (апрель 1994). «Факторы транскрипции IIE и IIH и прямой клиренс промотора гидролиза АТФ с помощью РНК-полимеразы II». Cell . 77 (1): 145–56. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (94) 90242-9 . PMID 8156590 . S2CID 24602504 .  
  12. ^ Майло, Рон; Филипс, Роб. «Клеточная биология в цифрах: что быстрее, транскрипция или перевод?» . book.bionumbers.org . Архивировано 20 апреля 2017 года . Проверено 8 марта 2017 года .
  13. ^ Ходжес C, Bintu L, Lubkowska L, M Кашлев, Бустаманте C (июль 2009). «Нуклеосомные колебания определяют динамику транскрипции РНК-полимеразы II» . Наука . 325 (5940): 626–8. Bibcode : 2009Sci ... 325..626H . DOI : 10.1126 / science.1172926 . PMC 2775800 . PMID 19644123 .  
  14. ^ a b Фитц В., Шин Дж., Эрлих С., Фарнунг Л., Крамер П., Забурдаев В., Гриль С.В. (2016). «Расположение нуклеосом влияет на динамику транскрипции одиночных молекул» . Труды Национальной академии наук . 113 (45): 12733–12738. DOI : 10.1073 / pnas.1602764113 . PMC 5111697 . PMID 27791062 .  
  15. ^ Ричардсон JP (сентябрь 2002 г.). «Rho-зависимая терминация и АТФазы в терминации транскрипта». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Структура и экспрессия генов . 1577 (2): 251–260. DOI : 10.1016 / S0167-4781 (02) 00456-6 . PMID 12213656 . 
  16. ^ Lykke-Andersen S, Jensen TH (октябрь 2007). «Перекрывающиеся пути диктуют прекращение транскрипции РНК-полимеразы II». Биохимия . 89 (10): 1177–82. DOI : 10.1016 / j.biochi.2007.05.007 . PMID 17629387 . 
  17. ^ Cramer, P .; Armache, K.-J .; Баумли, С .; Benkert, S .; Brueckner, F .; Buchen, C .; Дамсма, GE; Dengl, S .; Гейгер, SR; Jasiak, AJ; Джавари, А. (июнь 2008 г.). «Структура эукариотических РНК-полимераз» . Ежегодный обзор биофизики . 37 (1): 337–352. DOI : 10.1146 / annurev.biophys.37.032807.130008 . ISSN 1936-122X . 
  18. ^ Информация о 8-гидроксихинолине от SIGMA-ALDRICH. Дата обращения: февраль 2012 г.
  19. ^ Датан E, Minn I, Peng X, он QL, Ahn H, Ю.Б., Pomper М.Г., Liu Jo (2020). «Конъюгат глюкоза-триптолид селективно поражает раковые клетки в условиях гипоксии» . iScience . 23 (9). DOI : 10.1016 / j.isci.2020.101536 . PMID 33083765 . 
  20. ^ Saxonov S, P Berg, Brutlag DL (январь 2006). «Полногеномный анализ динуклеотидов CpG в геноме человека позволяет выделить два различных класса промоторов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 103 (5): 1412–7. Bibcode : 2006PNAS..103.1412S . DOI : 10.1073 / pnas.0510310103 . PMC 1345710 . PMID 16432200 .  
  21. Bird A (январь 2002 г.). «Паттерны метилирования ДНК и эпигенетическая память» . Гены и развитие . 16 (1): 6–21. DOI : 10,1101 / gad.947102 . PMID 11782440 . 
  22. ^ Фогельштейна B, Пападопулос N, Velculescu В.Е., Чжоу S, Диас LA, Кинзлер KW (март 2013 г. ). «Пейзажи генома рака» . Наука . 339 (6127): 1546–58. Bibcode : 2013Sci ... 339.1546V . DOI : 10.1126 / science.1235122 . PMC 3749880 . PMID 23539594 .  
  23. ^ Tessitore А, Cicciarelli О Дель Веккио Ж, Гаджано А, Verzella Д, Fischietti М, Vecchiotti Д, Capece Д, Zazzeroni Ж, Alesse Е (2014). «МикроРНК в сети повреждения / восстановления ДНК и рака» . Международный журнал геномики . 2014 : 820248. дои : 10,1155 / 2014/820248 . PMC 3926391 . PMID 24616890 .  
  24. ^ Папантонис А., Кохро Т, Бабу С., Ларкин Дж. Д., Дэн Б., Шорт П, Цуцуми С., Тейлор С., Канки Й, Кобаяши М., Ли Г., По Х. М., Руан Х, Абуратани Х, Руан Й, Кодама Т, Вада Y, Cook PR (ноябрь 2012 г.). «TNFα передает сигналы через специализированные фабрики, где транскрибируются ответные кодирующие гены и гены miRNA» . Журнал EMBO . 31 (23): 4404–14. CiteSeerX 10.1.1.919.1919 . DOI : 10.1038 / emboj.2012.288 . PMC 3512387 . PMID 23103767 .   
  25. ^ «Химия 2006» . Нобелевский фонд . Архивировано 15 марта 2007 года . Проверено 29 марта 2007 года .
  26. ^ Ву, Т (апрель 2020 г.). «Секвенирование одноцепочечной ДНК с помощью кетоксала фиксирует глобальную динамику транскрипции и активность энхансера in situ» . Природные методы . 17 (5): 515–523. DOI : 10.1038 / s41592-020-0797-9 . PMC 7205578 . S2CID 214810294 .  
  27. Raj A, van Oudenaarden A (октябрь 2008 г.). «Природа, воспитание или случай: стохастическая экспрессия генов и ее последствия» . Cell . 135 (2): 216–26. DOI : 10.1016 / j.cell.2008.09.050 . PMC 3118044 . PMID 18957198 .  
  28. Колесникова И.Н. (2000). «Некоторые закономерности механизма апоптоза при ВИЧ-инфекции» . Диссертация . Архивировано 10 июля 2011 года . Проверено 20 февраля 2011 года .
  29. Cesare AJ, Reddel RR (май 2010 г.). «Альтернативное удлинение теломер: модели, механизмы и последствия». Природа Обзоры Генетики . 11 (5): 319–30. DOI : 10.1038 / nrg2763 . PMID 20351727 . S2CID 19224032 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • Интерактивное Java-моделирование инициации транскрипции. Из Центра моделей жизни Института Нильса Бора.
  • Интерактивное Java-моделирование интерференции транскрипции - игра о доминировании промотора в бактериальном вирусе. Из Центра моделей жизни Института Нильса Бора.
  • Коллекция анимации виртуальной клетки, введение в транскрипцию