Database Вирус Возбудитель и анализ ресурсов (ViPr) [1] [2] [3] является интегративной и всеобъемлющей общедоступной базы данных и анализ ресурсов для поиска, анализа, визуализации, сохранения и обмена данными для вирусных патогенов в США Национальный институт Аллергия и инфекционные заболевания (NIAID) Перечень приоритетных патогенов категории AC для исследований в области биозащиты, а также других вирусных патогенов, вызывающих новые / возобновляющиеся инфекционные заболевания. ViPR - один из пяти центров ресурсов по биоинформатике (BRC), финансируемых NIAID , входящим в состав Национальных институтов здравоохранения (NIH), являющегося агентством Министерства здравоохранения и социальных служб США .
VIPR BRC | |
---|---|
Веб-сайт | www.viprbrc.org |
Семейства вирусов, охватываемые ViPR
База данных включает в себя ViPr геномы из этих вирусных семейств: Arenaviridae , буньявирусов , Caliciviridae , коронавирусы , Filoviridae , Flaviviridae , Hepeviridae , Herpesviridae , Paramyxoviridae , Picornaviridae , Poxviridae , Reoviridae , Rhabdoviridae и Togaviridae .
Типы данных в ViPR
Инструменты анализа и визуализации в ViPR
- BLAST: предоставляет множество настраиваемых баз данных ViPR для определения наиболее связанных последовательностей.
- Короткий поиск пептидов: позволяет пользователям находить любую пептидную последовательность, используя точное, нечеткое или сопоставление с образцом.
- Анализ вариации последовательности ([однонуклеотидный полиморфизм] SNP): вычисляет вариацию последовательности, существующую в указанных последовательностях.
- Инструмент для сравнительного анализа последовательностей на основе метаданных (Meta-CATS): автоматизированный сравнительный статистический анализ для определения позиций на протяжении множественного выравнивания последовательностей, которые значительно различаются между группами последовательностей, обладающих определенными фенотипическими характеристиками.
- Выравнивание множественных последовательностей: выравнивание небольших геномов, последовательностей генов / белков или больших последовательностей вирусных геномов с использованием одного из нескольких алгоритмов, наиболее подходящих для конкретной работы.
- Визуализация выравнивания последовательностей: использует JalView для визуализации выравнивания последовательностей
- Генерация филогенетического дерева: вычисляет дерево с использованием одного из нескольких доступных алгоритмов и эволюционных моделей.
- Визуализация филогенетического дерева: позволяет отображать метаданные штаммов на дереве с цветовой кодировкой с помощью программы просмотра Archeopteryx.
- GBrowse: обеспечивает возможность просмотра генома для больших вирусных геномов ДНК (Herpesviridae и Poxviridae) с интеграцией функций последовательности ViPR для вируса осповакцины
- Анализ типа варианта признака последовательности (SFVT): [4] предоставляет централизованное хранилище функциональных областей и автоматически вычисляет все наблюдаемые вариации последовательности в каждой определенной области.
- Трехмерная визуализация структуры белка: интегрирует файлы структуры белка PDB с функциями ViPR Sequence, когда это применимо, и предоставляет интерактивное средство просмотра трехмерной структуры белка с помощью Jmol
- Аннотатор генома (GATU): позволяет пользователям аннотировать новые последовательности генома, предоставленные пользователем.
- Определение генотипа и обнаружение рекомбинации: прогнозирует генотип для предоставленных пользователем последовательностей и идентифицирует возможные сайты рекомбинации для вирусов в семействе Flaviviridae
- Дизайн праймеров для ПЦР: позволяет пользователю автоматически прогнозировать идеальные праймеры на основе последовательности и заданных параметров.
- ReadSeq: преобразование между различными форматами последовательностей
- Инструмент отправки функции последовательности: позволяет пользователям определять функцию последовательности, заполняя веб-форму.
- Инструменты внешнего анализа: отображает список и описание сторонних инструментов для более специализированного анализа.
- Personal Workbench для сохранения и обмена данными и анализа
Рекомендации
- ^ База данных и анализ вирусных патогенов (ViPR)
- ^ Пикетт Б.Э., Садат Е.Л., Чжан Ю. и др. ViPR: также называется bacterioghoages открытой биоинформатической базой данных и аналитическим ресурсом для вирусологических исследований. Исследование нуклеиновых кислот, 2011 г. doi: 10.1093 / nar / gkr859
- ^ Пикетт Б.Э., Грир Д.С., Чжан Ю. и др. Ресурс базы данных и анализа вирусных патогенов (ViPR): комплексная база данных по биоинформатике и ресурс для анализа для сообщества исследователей коронавируса. Вирусы. 2012; 4 (11): 3209-3226 DOI : 10.3390 / v4113209
- ^ а б Норонья, Дж. М., Лю, М., Сквайрс, Р. Б. и др. Анализ типа варианта признака последовательности гриппа (Flu-SFVT): доказательства роли NS1 в ограничении круга хозяев гриппа. J Virol. (2012) 86 (10): 5857-5866. DOI: 10.1128 / JVI.06901-11
Внешние ссылки
- ViPR BRC
- Ресурсные центры по биоинформатике Страница NIAID с описанием целей и деятельности BRC