Деревня Агафоново расположена на левом берегу реки Пахры примерно в 7 км к северо-востоку от центра города Подольска.
Согласно Всероссийской переписи, в 2002 году в деревне проживало 12 человек (4 мужчины и 8 женщин)[4]. По данным на 2005 год в деревне проживало 7 человек[5].