Мечеть построена зодчим Кербалаи Сефи-ханом Карабаги в 1868-1870 годах. Она имеет присущую мечетям карабахского региона организацию внутреннего пространства — членение каменными колоннами на двухэтажные галереи и использование купольного перекрытия. В таком стиле построены также мечеть в городе Барда (1860 г.), мечети Ашагы (1874—1875 гг.) и Джума (1768 г.), мечеть Говхараги в Шуше, мечети в городе Физули (1889 г.) и в селении Горадиз[1].
После взятия армянами Ходжалы 29 февраля 1992 года в Агдам было доставлено 200 тел[2], которых сначала разместили в мечети. Директор мечети Сейид Садыгов сообщал, что в мечеть было доставлено 477 трупов[3].
В ходе Первой карабахской войны город Агдам перешёл под контроль армянских сил. После захвата, как сообщают очевидцы, город подвергся разграблению, разрушению и пожарам[4][5][6]. Среди городских строений здание мечети является единственным уцелевшим зданием Агдама[7].
Вот как описывает мечеть Андрей Галафеев, побывавший там 7 сентября 2007 года:
Прежде чем посетить мечеть нам пришлось опять показывать документы военным, которые были очень любезны и даже настаивали на военном сопровождении для нас. Заверив людей в форме, что справимся самостоятельно, мы поехали осматривать мечеть. К счастью военные разрешили делать фотоснимки, но только мечети и ничего более. Поэтому никакой военной техники, казарм и прочих объектов я не снимал. Сама мечеть нам понравилась. Два красивых минарета, на один из которых мы аккуратно, по крутой, винтовой лестнице залезли и сфоткали соседний, второй минарет. Пол в самой мечети целиком загажен навозом крупнорогатого скота, который слоняется в дневное время по руинам Агдама[8].