Агирре родился примерно в 1511 или 1518 году в Араотской долине (исп. Valle de Araotz), в баскской провинции Гипускоа (часть королевства Кастилии, сегодня Араотская долина, находится возле муниципалитета Оньяте, на севере Испании) в городке Оньяте. Он был сыном мелкопоместного идальго. О его юности и отрочестве ничего не известно. Агирре было двадцать лет и жил он в Севилье, когда Франсиско Писарро вернулся из Перу с сокровищами инков.
«Он был врагом добрых людей и добрых дел, в особенности презирал молитвы. И не позволял никому молиться в его присутствии. Когда он видел своих солдат с четками в руках, то отнимал четки и ломал, приговаривая, что не желает командовать солдатами-христианами или любителями помолиться… зато, если понадобится, его люди должны сыграть в кости с дьяволом, ставя на кон свои души. Он говорил своим товарищам… что земля есть удел, предназначенный для сильнейших, и что он знает наверняка: спасения не дано, а быть живым означает пребывать в аду; а раз он сам не может быть чернее ворона, он намеревался творить всевозможное зло и жестокости, дабы его имя звучало по всей земле и даже достигало девятого неба… мол, он покажет королю Кастилии завещание Адама, из которого будет ясно, кого именно небеса уготовили в наследники Индий.[1]»
Агирре появился в Новом Свете в 1534 году в составе экспедиции Педро де Эредиа, во время которой находился в отряде Алонсо де Эредиа. Когда Франциско Писарро вернулся из Перу с новостями о сказочных сокровищах, Агирре, которому тогда был 21 год, был в Севилье. Известие о большом количестве золота побудило его принять участие в экспедиции из 250 человек под командованием Родриго Бурана. Он прибыл в Перу около 1536 или 1537 года и вскоре стал известен своим насилием, жестокостью и мятежными наклонностями. Вместе с Кристобалем Вака де Кастро в 1538 году он участвовал среди других в битве при Салинасе.