Родился 2 (14) июля 1858 в Москве в квартире акушерки Н. Д. Ступиной (жены московского купца 3-й гильдии И. Я. Ступина). Поскольку мать оставила младенца, Ступины несколько лет воспитывали его в своей семье. Среднее образование получал в Орловской, а затем в 6-й Московской гимназии, которую все-таки не окончил. Но в 1876 году он выдержав экзамены на медицинском факультете Московского университета получил степень аптекарского помощника и возможность быть вольнослушателем факультета. Прослушав трёхлетний курс он сдал университетский экзамен на звание провизора.
В 1888 году по ходатайству физико-математического факультета Московского университета он был утверждён сверхштатным лаборантом химической лаборатории отделения неорганической химии — без содержания — проводил занятия студентов у профессора А. П. Сабанеева. В 1890 году «Русское общество акклиматизации животных и растений» за работы по исследованию пчелиного воска, его суррогатов и примесей присудила ему Большую серебряную медаль.
В 1891 году он защитил в Московском университете магистерскую диссертацию «Материалы к вопросу о молекулярном весе яичного альбумина».
В 1894—1900 годах — доцент химии и фармации в Юрьевском ветеринарном институте; начал читать курс органической и неорганической химии, а с 1895 года — медицинскую химию. Из-за трений на национальной почве в 1900 году он был переведён, после командировки в Германию, экстраординарным профессором в Томский университет — по кафедре фармации и фармакогнозии; с 1907 года — ординарный профессор.
В годы Первой мировой войны возглавлял созданную при университете комиссию по борьбе с удушливыми газами, завод по производству цианистого водорода, жёлтой кровяной соли и металлического натрия. По поручению Томской городской думы организовал получение аспирина, ксероформа, мышьяково-кислого натрия, цианистой ртути и хлороформа для нужд муниципальных аптек города.
В 1917 году вышел на пенсию, однако впоследствии продолжил преподавательскую деятельность: в 1923—1924 годах читал курс химии и заведовал лабораторией аналитической химии на физико-математическом факультете Томского университета; с 1924 года преподавал фармацию в Сибирском фармакологическом техникуме, одним из организаторов которого был.