Село расположено на юге республики, у слияния рек Тойма и Алнашка. Через Алнаши проходит федеральная магистраль М7. В 12 километрах к югу от села находится одноимённая железнодорожная станция Алнаши.
Приход села Алнаши открыт по определению Священного Синода от 31 июля 1751 года и образован из селений Можгинского прихода. В 1761 году дана грамота на строительство деревянной церкви, которая построена и освящена 20 мая 1763 года во имя Святой Троицы. Село до 1791 года было в ведении Казанской епархии, а с 1791 года — перечислено в Вятскую[5]. При разделе Елабужского уезда на волости в 1796 году среди прочих образована Асановская волость, в состав которой вошло село[6], в 1895 году образована Алнашская волость с центром в селе Алнаши[7]. Указом от 14 мая 1815 года Вятская духовная консистория предписала начать строительство каменного храма. Петропавловский престол каменного храма освящён 1 октября 1822 года, Троицкий — 29 июня 1836 года[5].
По итогам десятой ревизии 1859 года в 62 дворах казённого села Алнаши (Троицкое) проживали 187 жителей мужского пола и 238 женского, размещалась становая квартира, торжок и работали две мельницы[8]. В 1867 году в селе открыта земская школа[9]. К 1897 году в селе проживало 804 человека[10].
В 1921 году при разделе Елабужского уезда Алнашская волость передана в состав Можгинского уезда Вотской АО[11]. В 1924 году при укрупнении административных единиц образованы укрупнённые волость и сельсовет[12], в 1929 году был образован Алнашский район и село стало районным центром[13][4]. В 1940 году была закрыта сельская церковь[5].