В 1858 году была высказана идея строительства железной дороги Саратов—Семипалатинск—Минусинск и далее до Амура. Потом министр путей сообщения Константин Посьет предложил построить железную дорогу Омск—Барнаул—Бийск. В 1887—1888 годах рассматривались направления Оренбург—Акмолинск—Бийск—Маньчжурия—Владивосток и Оренбург-Семипалатинск-Бийск-Кузнецк-Байкал. Все эти проекты не были осуществлены, так как шла ожесточённая борьба как по вопросу направления строительства, так и по вопросу его финансирования (строить дорогу за казённый счёт или отдать дело частному капиталу).
В 1903 году была введена в эксплуатацию Транссибирская магистраль. Однако основная масса грузов с юга Западной Сибири могла попасть на неё только в короткий летний навигационный период по реке Обь, а зимой товары могли перевозиться только гужевым способом. Отсутствие постоянной связи с рынком и невозможность быстрого оборота капитала тормозило развитие регионов и способствовало активности местных коммерческих кругов при обсуждении вопросов о железнодорожном строительстве.
В 1907—1911 годах на заседаниях городских дум Ново-Николаевска, Барнаула, Бийска и Семипалатинска был поставлен вопрос о строительстве новой железнодорожной магистрали. Главную роль в отстаивании проекта, выгодного алтайским городам, сыграл городской голова Ново-Николаевска предприниматель Владимир Ипполитович Жернаков, а основными оппонентами были деловые круги Томска, не желавшие уступить Алтаю зону экономического влияния к югу от Транссиба. На совещании с представителями Кабинета по выработке плана железнодорожного строительства в Томской губернии, которое состоялось в Томске в ноябре 1908 года, представители Томска высказались на направление Барнаул—Тайга, а представители алтайских городов — за направление Барнаул—Ново-Николаевск.
В 1909 году, после окончания работы Петербургской комиссии о новых железных дорогах, В. И. Жернаков послал в столицу «Соображения о стратегическом значении железнодорожной линии Семипалатинск—Барнаул—Бийск—Ново-Николаевск»; также он написал и отослал «Ходатайство алтайских городов перед Управлением Кабинета Его Императорского Величества о постройке железной дороги по маршруту Ново-Николаевск—Барнаул—Бийск—Семипалатинск».
В связи с тем, что служебные обязанности вынуждали В. И. Жернакова находиться в Ново-Николаевске, постановлением Ново-Николаевской городской думы от 19 июля 1910 года в столицу был отправлен инженер-строитель Сигмунд Феликсович Дунин-Марцинкевич «для всестороннего освещения вопроса о направлении Алтайской железной дороги путём личных бесед с членами законодательных учреждений и заинтересованных обществ и для участия в различных комиссиях».