Амударьинский заповедник — государственный заповедник в Дарганатинском, Сейдинском и Фарабском этрапах (районах) Лебапского велаята Туркменистана, создан в 1982 году. Современная площадь Амударьинского заповедника — 49,5 тысяч гектаров. Он состоит из трёх участков, находящихся в трёх этрапах.
Территория Амударьинского заповедника включает часть акватории реки Амударьи, тугаи и участок пустыни Кызылкум.
В 1896—1897 гг. сановник Хивинского хана Имам Берды Наиб доставил в Дарганата двух молодых оленей (самца и самку) для выпуска в дарганатинские тугаи. Перед этим он собрал местных дехкан и запретил им не только охотиться на оленей, но и тревожить их чем бы то ни было. Олени размножились и расселились по левобережной долине Амударьи и даже перешли на правый берег в тугаи Топракгала. В этих местах на средней Амударье в 1941—1951 годах функционировал Дарганатинский заповедник. Его задачей была охрана бухарского оленя, с которой он успешно справлялся. В 1947 году стадо оленей состояло примерно из 100 голов, но упразднение заповедника в 1951 году привело к катастрофическому падению численности животного. В середине 1960-х годов бухарских оленей оставалось всего 13-15 голов.
Как водно-болотное угодье для пролётных и зимующих птиц, заказник потерял своё значение в связи с сильным сокращением площади озёр, и поэтому необходим пересмотр границ с учётом акватории Зеидского водохранилища.
В заповеднике в разное время проводились исследования по инвентаризации флоры и фауны беспозвоночных и контролю за состоянием позвоночных животных, особенно, рептилий и млекопитающих, в которых участвовали В. А. Кривохатский, А. И. Атамурадов, С. А. Букреев, В. В. Марочкина, Е. Н. Агрызков и др. В настоящее время на стационарах заповедника и за его пределами не прекращаются работы по мониторингу наземных позвоночных животных, особое внимание уделяется бухарскому оленю.
Рельеф обусловлен деятельностью воды и ветра (то есть водного и ветрового происхождения). Здесь хорошо выражены аллювиально-аккумулятивный, структурно-денудационный и дефляционный типы рельефа. У Амударьи резко проявляется динамичность речного потока, часто меняющего русло, намывающего новые берега в одном месте и разрушающего большие участки в другом.