В рамках муниципального устройства на территории Анапского района и административно-территориальной единицы, соответствующей категории города краевого подчинения Анапы, с 2004 года также существует единое муниципальное образование город-курорт Анапа со статусом городского округа.
Анапский район был образован 26 января 1923 года в составе Черноморского округа Кубано-Черноморской области. Первоначально в состав района входили следующие населённые пункты: г. Анапа, ст-ца Анапская, ст-ца Благовещенская, c.Виноградный (пос.Ленина) с. Варваровка, с. Витязево, ст-ца Натухаевская, с. Павловка, х. Псебепс, ст-ца Раевская (Красно-Медведовская), с. Сукко, с. Супсех.
С 16 ноября 1924 года — в составе Северо-Кавказского края, с 10 января 1934 года — в составе Азово-Черноморского края, с 13 сентября 1937 года Анапский район в составе Краснодарского края.
22 августа 1953 года в состав Анапского района вошли части территорий упразднённых Варениковского и Верхнебаканского районов.
12 января 1965 года город Анапа был отнесён к категории городов краевого подчинения и выведен из состава района, оставаясь его центром. Темрюкский район был восстановлен в прежних границах.
В 1982 году в состав Приморского района города Новороссийска были переданы Натухаевский, Мысхакский и Раевский сельсоветы.