Яркон течёт с юга на север, летом пересыхает. Хотя сегодня Аялон очень измельчал, ещё в начале XX века он разливался к весне, доходя до границ немецкой колонии — поселения темплеров, то есть заливая сегодняшний проспект Менахем Бегин. Сейчас на месте поселения темплеров находится армейская база Кирья и торгово-рекреационный парк Сарона.
Длина русла — 50 км, площадь водосборного бассейна — 815 км²[1]. Истоки находятся на западном склоне Иудейских гор, между мошавами Шо́реш[англ.] и Неве́-Ила́н[англ.][2]. Течёт через окрестности Лода, Аялонскую долину. Впадает в реку Яркон за 1,5 км до её впадения в Средиземное море; слияние двух рек находится в Тель-Авиве.
Западная часть бассейна сильно урбанизирована[1]. Раз в 4-5 лет река сильно разливается, что приводит к затапливанию жилых районов[1].
Арабское название — Вади-Мусрара (араб. وادي المصرارة)[1]. Ранее река официально носила это наименование. Еврейское название происходит от главного города колена Дан — Аялона, от которого получила имя и сама долина[англ.]. Аялон был главным городом колена Дан, до того, как филистимляне вытеснили это племя, вынудив его переселиться на север, в район современной Кирьят-Шмоны. Наименование Аялон встречается как в Танахе, так и в древних дипломатических документах — табличках Аль Амарны. В последних речь идёт о границе между хеттской и египетской державами. С Аялоном связано остановление солнца Иисусом Навином: «стой, солнце, над Гаваоном, и луна, над долиною Аиалонскою!» (Нав. 10:12). Сбросив ханаанеян с Иудейских гор, он гнал их через Саронскую долину и преследовал до Аялона.
На значительном участке перед слиянием с рекой Яркон русло реки Аялон совпадает с шоссе 20 — «шоссе Аялон», по которому, от перекрёстка Жаботински до слияния с рекой Яркон, проходит муниципальная граница между Тель-Авивом и Рамат-Ганом. На этом отрезке река заключена в бетонное русло между теми полосами дороги, что ведут на север, и теми, что ведут на юг.