Базилика в крепости «Гиссарлык» известна как «Епископская» и находится в северо-восточной части крепости «Гиссарлык». Она расположена на террасе, выходящей на север, с видом на город и всё окружающее поле.
Впервые раннехристианская церковь была раскопана, изучена и сфотографирована академиком Йорданом Ивановым в 1906 — 1912 гг., реставрация проведена в 2014 году.
Можно сказать, что раскопки этого места являются первыми археологическими в истории Болгарии. В первом исследовании в начале XX века план базилики был намечен только в фундаментах, кроме южной стены, которая сохранилась до 1,50 в высоту. По замыслу Йордана Иванова базилика имеет три нефа с притвором с запада и глубокую подковообразную апсиду с синтроном с востока. Его общие внешние размеры таковы: длина — 29,5 м (без апсиды), ширина — 17 м. С юго-востока находится прямоугольное помещение, служившее, вероятно, баптистерием. На восточной стене (южнее апсиды) есть дверь с гранитным порогом, вероятно, использовавшаяся жрецами. Стены здания смешанной конструкции — использовались камни и кирпичи, а также материалы из разрушенного языческого храма (Аполлона), построенного на этом же месте до строительства церкви.
Раскопанный археологический материал состоит из: монет, отчеканенных в период с конца II до VI века и XII–XIII веков (византийские коробчатые монеты); домашняя утварь; элементы костюма — пряжка типа «Сукидава» и другие; предметы оружия.
Во время реставрации в 2014 г. на месте баптистерия в восточной оконечности южного нефа располагался фонтан для ритуального омовения с небольшим прудом (использована старинная крышка саркофага). На наличие притвора с запада намекают узкие стены. Сама базилика спроектирована как театральная сцена, на её южной стороне создано около 300 мест. Это делает его похожим на амфитеатр, где проходят представления, концерты и торжества. Отсюда открывается прекрасный вид на город Кюстендил и его живописные окрестности. Рядом с базиликой находится лапидарий где представлены каменные изваяния и артефакты — базы, капители, колонны, эпиграфические надписи с базилики, предыдущего языческого капища и крепости. [1]