Станица Богоявленская возникла в результате объединения станицы Кагальницкой к Траилинской в 1851 году[4].
Казачий городок Кагальник существовал ранее 1645 года[4]. Городок Траилин (Троилин), на месте которого находится станица Богоявленская, впервые упоминается в документах в 1669 году, что подтверждают «Донские Епархиальные ведомости» за 1893 год (№ 4)[3] (поэтому датой основания Богоявленской считается 1669 год). Второе упоминание — в показаниях атамана Фрола Минаева[5] в посольский приказ от 1 декабря 1672 года. В числе 52[5] городков атаман называет Троилинский[3]. После Булавинского восстания Траилин был уничтожен войсками Василия Долгорукова[4].
Донские казачьи городки представляли собой маленькие крепости, обнесённые стеной из двойного плетня, внутри набитого землёй. Как отмечал В. Д. Сухоруков, они стояли при больших реках для удобства промысла и для защиты от набегов[6][7]. Для городка выбиралось в военном отношении тактически выгодное место. По словам адмирала К. Крюйса, донские городки располагались в основном на речных островах[6][8].
Раньше река Кагальник двумя рукавами впадала в Дон, образуя остров. Во время восстания Степана Разина на острове останавливался его отряд, в 1952 году на этом месте были произведены раскопки: найдены посуда, оружие и другие предметы периода восстания. В настоящее время один из рукавов пересох, и острова как такового уже нет[3].
В XIX и начале XX века по Кагальнику ходили баржи и катера, гружёные хлебом[3]. Также в Богоявленскую везли на продажу лес[9]. Возле дома Макаровых, живших у самой реки, была пристань. Это место сохранилось, жители станицы называют его Макаркиной пристанью. Сейчас Кагальник обмелел и зарос камышом. В речке водится карась, лещ, окунь, сазан, судак, щука[3]. До революции семьи в Богоявленской заготавливали рыбы на целый год[10].
Деревянная богоявленская Христорождественская церковь[11] находилась на церковной площади, там же была одноэтажная церковно-приходская школа. Улицы станицы были прямолинейные, постройки в основном деревянные, часто крытые соломой. По воспоминаниям казака Стефана Ивановича Мусатова, в 1905 году Богоявленская сильно пострадала от пожара[10].