До переноса столицы в Дижон в Боне была расположена основная резиденция бургундских герцогов. Город окружён почти полностью сохранившейся со времён средневековья каменной стеной и содержит ряд исторических памятников, в том числе и пользующуюся мировой известностью средневековую больницу «Отель-Дьё», где хранится полиптих Рогира ван дер Вейдена «Страшный суд», а также коллекция гобеленов XVI века.
Город возник на месте поселения кельтов, пришедших сюда с востока в V веке до н. э. Они назвали город «Белена» (фр. Belena) в честь почитаемой ими богини текущей воды Белоны (фр. Belonos).
Цезарь, завоевав Галлию, принёс сюда весь пантеон римских богов, в том числе и Аполлона, имя которого было созвучно названию города. Позже солдаты расквартированного здесь VIII легиона «Augusta» распространяли культ бога Митры, который, однако, не удержался.
В IV веке святой Мартин принёс сюда христианство. Разрушенные было укрепления города были восстановлены «на месте языческого святилища».
В V веке по замёрзшему Рейну сюда пришло германское племя бургундов, давших местности современное название. Их принцесса Клотильда вышла замуж за предводителя франков Хлодвига I из рода Меровингов, принявшего христианство. Кратковременное появление здесь арабов в VIII в. стало лишь эпизодом в городской истории.
Со Средних веков здесь сохранилась городская стена длиной около 2 км, а также многочисленные постройки XV—XVI веков.