Поселок Вапнярка возник в 70-х годах XIX в. Более 100 лет назад местность, на которой сейчас расположен посёлок, была покрыта лесом и кустарниками. Кроме жилищ одного-двух лесников, никаких зданий там не было. Своё название станция и посёлок получили от соседнего села Вапнярки, находящегося на расстоянии 14 километров.
26 мая 1870 г. началось регулярное движение пассажирских поездов через Вапнярку. После сооружения железной дороги открылись новые почтовые маршруты, один из них проходил от Тульчина к Вапняркe, которая в то время была небольшой железнодорожной станцией. Рядом с ней возник и посёлок. Когда в феврале 1899 г. проложили железнодорожную линию от Вапнярки к Христиновке, станция Вапнярка стала узловой. Вскоре здесь построили паровозное депо. К тому времени в депо работало 270 человек, часть из них жила в посёлке, остальные — в соседних с посёлком сёлах. С расширением станции значительно увеличилось число жителей посёлка. В начале XX в. в Вапнярке находилось 85 дворов и 750 жителей. В посёлке открыли почту, телеграф, аптеку, начала работать паровая мельница.
В 1919 г. в Вапнярке проходили тяжелые бои периода гражданской войны. Бои за Вапнярку 26—27 июля 1919 г. закончились победой армии УНР над РККА. В Вапнярской операции особенно отличились украинские артиллеристы — точной и быстрой стрельбой в контрбатарейной борьбе с бронепоездами противника, причём орудийная прислуга состояла в основном из канониров Черноморской флота. Наилучшим образом показала себя батарея легендарного сотника И. Шуры-Буры (в 1921 г. расстрелян под Базаром). Захват 3-й дивизией армии УНР станции Вапнярки улучшило общее положение украинских войск, которые планировали поход на Киев. За удачно проведённую операцию 3-я дивизия была официально удостоена названия «Железная». Полковник А. Удовиченко тогда получил телеграмму: «Сообщаю, что за высокую боеспособность и выносливость, за чрезвычайное рыцарство 3-й дивизии ей предоставлено название „Железная“. Именем Командарма поздравляю Железную дивизию и желаю ей дальнейшей боевой славы. Начальник штаба Армии полковник Тютюнник».
Позднее, осенью того же года, войска УНР под командованием Омеляновича-Павленко отбили под Вапняркой наступление белогвардейцев под командованием Розеншильда фон Паулина, но понесли тяжёлые потери.