Авиакомпания была создана в 1994 году на базе «Внуковского производственного объединения», одного из авиаотрядов советского «Аэрофлота». Унаследовав крупный парк широкофюзеляжных самолётов Ил-86 в количестве 18 штук, «Внуковские авиалинии» стали одним из крупнейших чартерных перевозчиков в России 1990-х годов, имели около 100 лицензий на выполнение внутренних и международных рейсов.
Основным акционером компании был «Российский авиаконсорциум». В 1997 году «Внуковские авиалинии» безуспешно пытались получить контроль над авиакомпанией «Сибирь».
После финансового кризиса 1998 года в 1999 году уже руководство авиакомпании «Сибирь» предложило собственникам «Внуковских авиалиний» сделку по поглощению авиаперевозчика[2]. Предложение было отвергнуто и в мае 2001 года «Внуковские авиалинии» обанкротились. Контроль над компанией получила «Сибирь».
Перед банкротством и поглощением «Сибирью» в 2001 году авиакомпания имела в собственности и аренде около 40 самолётов, в том числе: