Задачами ВМС Литвы являются защита территориальных вод, охрана и контроль экономической зоны, поисково-спасательные операции, поиск и обезвреживание мин и прочих боеприпасов, береговая охрана и защита судоходства.
ВМС Литовской Республики как род сил были образованы 1 августа 1935 года[1], когда единственный имеющийся у Литвы военный корабль «Prezidentas Smetona» (с лит. — «Президент Смятона») (бывший немецкий тральщик «М-59») был передан из Пограничной полиции в подчинение Министерства охраны края Литвы. 1940 году Литовская Республика была включена в состав СССР, в связи с чем «Prezidentas Smetona» вошёл в состав Балтийского флота ВМФ СССР и погиб в 1945 году, подорвавшись на мине у острова Аэгна.
Морские фузилёры — род сил (войск) в ВМС Литвы численностью в один батальон, выполняющий функции береговой обороны военно-морских баз, судов а также важных объектов побережья в интересах службы портовой и береговой обороны.
Впервые формирования морской пехоты сформированы в 1994 году и фактически ликвидированы в 1999 году.
Некоторые участки Балтийского моря все ещё опасны для судоходства из-за большого количества мин, оставшихся там со времен Второй мировой войны. Отряд водолазов-сапёров основном занимается уничтожением морских мин, боеприпасов и прочих взрывоопасных предметов (в том числе и самодельных) на суше и под водой.
Военные корабли и суда ВМФ Литвы имеют префикс LKL (лит. Lietuvos Karinis Laivas — Литовский Военный Корабль).