Образовано по указу от 25 января 1780 года реформы Екатерины II в результате реорганизации Архангелогородской губернии. Наместничество состояло из трёх областей: Вологодской, Великоустюгской и Архангельской, делившихся на 19 уездов.
Открытие Вологодского наместничества произошло 30 июня 1780 года, при этом получили статус города: Грязовец, Кадников, Вельск, Никольск, Красноборск, Лальск, Усть-Сысольск. В соответствии со «Штатами Вологодского наместничества» от 29 января 1780 года была введена должность губернского прокурора, который назначался высочайшим указом по представлению генерал-прокурора, одобренному Сенатом[2]. 20 августа 1780 года издан сенатский указ об учреждении присутственных мест в Вологодском наместничестве. 2 октября 1780 года вышел императорский указ «О гербах городам Вологодского наместничества».
Первым генерал-губернатором, оставаясь при этом и ярославским генерал-губернатором, был действительный статский советник А. П. Мельгунов. Правителем Вологодского наместничества стал генерал-майор Г. Д. Макаров.
В 1784 году из наместничества было выделено Архангельское наместничество, которое в 1796 году преобразовано в Архангельскую губернию.
В 1785 году первым губернским архитектором был назначен Пётр Бортников (проработал до своей смерти в 1791 году), который выполнил проекты торгового центра на левом берегу речки Золотухи, ансамбля Каменного моста. В годы его работы строится целый ряд зданий, определивших современный облик центральной части города — дом губернатора (1786—1792), Ярмарочный дом (1789—1796), Каменный мост вместе с ансамблем окружающих зданий (1789—1791)[4].
В 1786 году в Вологде открыто главное четырёхклассное народное училище. Затем малые народные училища были открыты в Великом Устюге (в 1787 году), Тотьме и Сольвычегодске (оба — в 1788 году)[5]. На рубеже 1786 и 1787 годов в Вологде открылся первый публичный театр[6].