Этот сезон проходил по схеме, схожей со схемой прошлого: 20 команд играют четыре игры 1/8-й финала, дальше следуют три четвертьфинала, два полуфинала и финал.
По ходу сезона в лиге состоялась смена редакторов. Андрей Чивурин и Леонид Купридо редактировали первую половину сезона и специальные мероприятия, а во второй половине сезона их заменили Дмитрий Шпеньков («Обычные люди», «25-ая») и Дмитрий Колчин («СОК»). Было объявлено, что уход Чивурина и Купридо из Высшей лиги не означает, что они прекращают работать в АМиКе — Чивурин продолжил редактировать Высшую украинскую лигу до её закрытия в 2014 году, а Купридо — Первую лигу до её переезда из Минска также в 2014 году, после чего он стал редактором новой Международной лиги КВН[1].
В сезон Высшей лиги 2012 были приглашены 20 команд, из них — 10 новичков, и 10 команд с опытом игры в Высшей лиге. Среди новичков выпускники Премьер-лиги КВН, Турнира ВУЛ и Первой лиги. Впервые в Высшую лигу попала команда КВН из Прибалтики — «Рижские готы», которые объединились с командами лиги «Рига» («Монро» (Москва) и Сборная Германии). Также участие в сезоне приняла новая Сборная Казахстана, в состав которой вошли участники команд «Каzахи», «Астана.kz» и «Спарта». В Высшую лигу вернулась команда КВН «Триод и Диод», пропустившая сезон, и финалисты сезона 2011 — «Парапапарам» и «ГородЪ ПятигорскЪ». В сезон также попали вице-чемпионы Премьер-лиги «Сега Мега Драйв 16 бит», ставшие самой малочисленной командой Высшей лиги: актёрский состав — три человека. Рекорд, установленный москвичами, продержался недолго — уже через два года в Высшей лиге появилась команда из двух человек.
Главными прорывами сезона стали «Сборная Камызякского края по КВНу», выигравшая свои две первые игры в Высшей лиге, получив максимальные оценки за все конкурсы; «Факультет журналистики» из Санкт-Петербурга, дошедший до финала, несмотря на очень неуверенное начало; и «Раисы» — вторая женская команда, попавшая в финал Высшей лиги. Помимо новичков из Санкт-Петербурга и Иркутска, в финале оказались пятигорчане и смоляне. Бронзовые призёры предыдущего сезона из Пятигорска на этот раз завоевали серебро, которое они поделили с «Факультетом журналистики», бронза уехала в Иркутск, а золотые медали выиграла команда из Смоленска.
Дополнительно в четвертьфинал члены жюри добрали команды: Ананас (третья игра), Днепр (вторая игра), КемБридж (третья игра), Факультет журналистики (первая игра), Сборная Чечни (четвёртая игра) и Парапапарам (четвёртая игра). Александр Васильевич Масляков дополнительно добрал команду Сега Мега Драйв 16 бит (первая игра). Таким образом, в четвертьфинал проходят 16 команд. Все команды, прошедшие собственными силами, начинают четвертьфинал с активом 0,1 балла.