Гаплогруппа D (CTS3946) — гаплогруппа ДНК Y-хромосомы. Как гаплогруппа D, так и E содержат однонуклеотидный полиморфизм M168, который имеется во всех гаплогруппах, кроме A и B (см. группа CT), а также полиморфизм уникального события YAP, уникальный для гаплогруппы DE — общего предка D и Е.
Гаплогруппа D происходит от мутации Y-хромосомной гаплогруппы DE, произошедшей у мужчины, жившего предположительно 65,2 тыс. лет назад. Время жизни общего предка всех живущих носителей Y-хромосомной гаплогруппы D — 46,5 тыс. лет назад (даты определены по снипам компанией YFull[2]).
Крис Тайлер-Смит с коллегами считают, что гаплогруппа D образовалась в Африке около 73 тыс. л. н., а около 71 тыс. лет назад отделилась западноафриканская линия D0[1]. И гаплогруппа D, и гаплогруппа E содержат характеристику уникальный полиморфизм событий YAP, но показывают общее происхождение. Субклад гаплогруппы D1- M174 возник, с большой вероятностью в Азии, около 60 тыс. лет назад. Субклад гаплогруппы D1- M174 не встречается за пределами Азии. Гаплогруппа D2 была обнаружена незначительно в Африке и Передней Азии[3].
В настоящее время встречается с высокой частотой среди населения Тибета, Японского архипелага[10] и Андаманских островов, однако, в силу неизвестных обстоятельств, пока не обнаружена на полуострове Индостан. Айны в Японии, а также народы джарава и онге на Андаманских островах имеют почти исключительно данную гаплогруппу, хотя у айнов кроме гаплогруппы D1a2 (81,3%[11]) с частотой около 15 % также встречается Y-хромосомная гаплогруппа C3.
Также Y-хромосомная гаплогруппа D обнаружена с низкой или умеренной частотой у народов Центральной Азии и севера Восточной Азии, а также у китайцев-хань и народов мяо-яо в Китае и некоторых национальных меньшинств китайских провинций Сычуань и Юньнань, говорящих на тибето-бирманских языках и проживающих в непосредственной близости от тибетцев. Субклад D1a1a-M15, выявленный в популяции народа И (Ляншань-Ийский автономный округ) был разветвлением расширения тибетских групп с запада на восток на плато[12].
Гаплогруппа D также примечательна своей исключительной географической дифференциацией, когда определённый подкласс гаплогруппы чётко локализуется в какой-либо популяции, где большой процент лиц имеют гаплогруппу D: