Гаплогруппа H — гаплогруппа Y-хромосомы человека. Скорее всего эта гаплогруппа возникла 48 500 лет назад восточнее от гаплогруппы G, и впоследствии оказалась на северо-западе Южной Азии, возможно, является наиболее ранним населением Индийского субконтинента. 45 600 лет назад гаплогруппа H-L901/M2939 разделилась на две ветви H1-L902/M3061 и H2-P96 (ранее F3). P96 ушла на Ближний Восток, где примерно 16 000 лет назад пережила бутылочное горлышко. Вместе с земледельцами гаплогруппа H2 попала на Балканы и в Средиземноморье. Доля носителей этой ветви нигде не была значительной, а после того, как в Западной Европе 4500 лет назад широкое распространение получила Y-хромосомная гаплогруппа R1b-L51, вообще стала очень редкой.
По данным компании YFull, гаплогруппа H происходит от мутации гаплогруппы HIJK, произошедшей у мужчины, жившего ок. 48 500 лет назад. Последний общий предок современных носителей гаплогруппы H жил 45 600 лет назад (даты определены по снипам)[1].
Ветвь H1-L902/M3061 была более успешная (H~ M2826/Z4221 не относится к ней). Более поздние пришельцы постепенно оттеснили её на юг Индостана, где она сохраняет существенную долю населения. В наибольшей степени встречается у коренных жителей Индии, а также у цыган.
H1a-M69/Page45 образовалась 44 000 лет назад. Последний общий предок современных носителей гаплогруппы H-M69 жил 37 200 лет назад[2]. Ветвь H1a-M69 и её субклады являются одной из наиболее преобладающих гаплогрупп среди популяций Южной Азии, особенно её потомок H1a1-M52. Ветвь H1a1a-M82 обычно встречается у цыган, которые возникли в Южной Азии и мигрировали на Ближний Восток и в Европу примерно в начале 2-го тысячелетия н. э., а также у кхмеров, которые попали под влияние индийского населения. Гораздо более редкая ветвь H3-Z5857 также сосредоточена в Южной Азии (образовалась 44 000 лет назад, последний общий предок современных носителей гаплогруппы H3 жил 29 600 лет назад[3]).
По данным компании YFull, гаплогруппа H2-P96 образовалась 45 600 лет назад. Последний общий предок современных носителей гаплогруппы H2-P96 жил 16 100 лет назад[4]. Ветвь H2-P96 была обнаружена в образцах древней ДНК на разреженных уровнях главным образом в Европе и Западной Азии. Она была найдена в образцах культуры линейно-ленточной керамики и в неолитической Иберии. Ветвь H2, вероятно, вошла в Европу в период неолита с распространением сельского хозяйства. Её нынешнее распространение состоит из различных отдельных случаев, распространённых сегодня по всей Европе и Западной Азии.
У цыган составляет около 60 %[5], что говорит в пользу гипотезы об их индийском происхождении[6]. Часто встречается в Индии (27 %)[7]. Видимо, она сохранилась от палеолитического местного населения, поскольку в некоторых поселениях достигает 35 %, но в высших кастах встречается реже (около 10 %)[8]. Также данная гаплогруппа встречается у калашей (20,5 %)[9], курдов из Туркмении (6 %), сирийцев (5 %)[10].