Юкон граничит: на севере — с морем Бофорта, на востоке — с Северо-Западными территориями Канады, на юге — с Британской Колумбией (Канада), на юго-западе и западе — со штатом Аляска (США). Примерно 1/6 часть территории Юкон находится севернее Северного полярного круга, в связи с чем там наблюдаются полярные дни и ночи. Бо́льшая часть рельефа — тундра и тайга. Площадь — 482 443 км², из которых открытые водные пространства занимают 8052 км² (1,7%).
Крайняя северная точка — 69°39' северной широты, южная — 60° северной широты ровно (около 850 километров по границе с Британской Колумбией); восточная — 123°48' западной долготы, западная — 141° западной долготы ровно (около 1032 километров по границе с Аляской).
Значительная часть Юкона является зоной вечной мерзлоты. Основные разломы — Денали (англ. Denali Fault) и Тинтина (англ. Tintina Fault).
Вулканы Юкона являются частью Тихоокеанского вулканического огненного кольца. Крупнейшее вулканическое поле — Аллигатор-Лейк, также частично на территории Юкона лежит вулканическое поле Врангель[англ.].
В Юконе, приблизительно на 66-м градусе северной широты, находится северная граница Кордильер — самой длинной горной системы в мире. Основные горные хребты Юкона:
Значительная часть Юкона находится в бассейне одноимённой реки. Озёра в основном небольшие, за исключением трёх крупных, находящихся на юге территории на границе с Британской Колумбией: Теслин, Атлин (исток реки Юкон) и Тагиш.