Расположен на восточном берегу Азовского моря. К югу от посёлка протянулась 6,6-километровая Глафировская коса, которая отделяет Ейский лиман от Таганрогского залива. Косу завершают Птичьи острова.
Большая часть дорог Глафировки асфальтирована. Воды лимана летом прогреваются до +33 градусов. В 3,5 км к западу от Глафировки расположен остров Ейская коса (Зелёный остров)[2] с быстрыми и опасными течениями в проливе.
Село было основано в 1784 году в Ростовском уезде Екатеринославской губернии, после освобождения края от Османского владычества[3]. Своё название село получило по имени его бывшей владелицы — барыни Глафиры Романовой. Особенно интенсивно началось его заселение после 1810 года, когда сюда начали прибывать русские поселенцы — великороссы и украинцы. Здесь также оседали беглые крестьяне, казаки, немецкие поселенцы, армяне и греки[4].
По данным переписи 1897 года в Глафировке насчитывалось 510 дворов при общем населении 3368 человек (1742 мужчины и 1626 женщин)[4].